明弘光二十年、日本後西天皇寬文四年、西曆1664年七月十四日，大明特使抵達駿府，並於當日向駿府三人眾（注：城代、港代、町奉行）遞交了一份措辭嚴厲的國書。
在這份國書中，大明朝廷要求德川幕府立刻賠償日西聯合艦隊給新薛港造成的損失、嚴懲相關肇事人員、並宣告永遠放棄對方壺的殖民計劃和就此終止與西班牙人的貿易往來。
由於大明特使宣告自己只在駿府港停留五天，五天內幕府不做令大明滿意的答覆的話，他就會返回南京稟報，因此產生的一切後果由幕府承擔；所以，接到國書的駿府三人眾不敢怠慢，第一時間就派町飛腳把大明國書送往了江戶。
接到駿府遞送國書的幕府外交奉行、北之莊藩藩主松平光長看完國書後大驚失色，立刻向將軍德川家綱及老中會議進行了報告。
23歲的將軍家綱及一眾老中們也被這意外事件所震驚，但由於關鍵訊息的缺失，所以他們無法驗證大明方面說法的真偽，就只能先行決定派人前往駿府與大明特使溝通，然後才根據溝通結果給予答覆。
當然，由於已經被大明收拾過了一次，所以幕府方面極度擔心明軍會再次兵臨城下，以武力來討說法，因此，將軍家綱隨後立刻以前往日光東照宮避暑為名帶著大奧眾人離開江戶。
等將軍離開江戶後，留守江戶的老中會議隨即秘密頒佈了動員令，以組織“八萬”旗本和部分親藩做近期爆發戰爭的準備。
雖說動員令是秘密頒佈的，但大規模召集旗本和親藩武裝的動靜根本不能掩飾，再加上將軍突然離開江戶遁入內地，因此江戶居民立刻被驚動了，其中能跑的大名眷屬紛紛以陪同將軍前往日光的名義逃離江戶，而普通江戶百姓也慌慌張張的離開江戶逃入鄉下，由此上演了一出風聲鶴唳草木皆兵的好戲。
按下江戶一日三驚不說，被老中會議派往駿府的幕府外交奉行松平光長因為不會騎快馬，所以便乘坐了幕府建造的120噸級洋船【霞之浦】號連夜趕往駿府，但饒是【霞之浦】號的速度飛快，也將將在七月十九日早上才將松平光長送到了駿府。
注意到時間已經不太夠了的松平光長，顧不得一路上暈船嘔吐造成的身體損失，只是在城代家中洗了個澡、換了件衣物便約見了大明特使。
大明特使如約而至後，光長再三表示，大明方面是不是搞錯了，井伊直澄沒有那麼大膽子；然而大明特使提供了一份七十多人的口供，直接打臉了光長的說法；見大明死後有鐵證在手，為了避免問題擴大化，光長立刻根據老中會議的授權同意了向大明的賠償。
不過關於大明提出幕府賠償八百萬銀貫的要求，幕府這邊就只願意支給五十萬貫，因此需要松平光長去討價還價一番；此外，幕府也不太願意放棄與西班牙的海貿，更不願意放棄對北美洲的拓殖，所以，幕府能爽快答應的是對井伊直澄以下肇事者予以最嚴厲的處置。
但大明特使卻告知松平光長，【難波丸】號已經被大明水師擊沉、新大和領地也已經被明軍攻克，兩者的倖存者中，井伊直澄已經畏罪自殺，其餘人則被大明充作了苦役，所以大明所謂幕府嚴懲肇事者的要求，是要求幕府交出相關人員的家屬，以便大明向他們追責。
松平光長鬱悶的要吐血，就只能請求大明特使再給一些時間，讓他能通報江戶獲得必要指示；對此，大明特使頗有些通情達理的同意了；於是，松平光長便立刻將【難波丸】號、新大和島易手的訊息通報了江戶，並同時轉述了大明特使的要求。
把回江戶的信使送上【霞之浦】號後，松平光長忽然想到了什麼，便聯絡大明特使，要求大明水師手下留情，不要進攻半個月前離開日本，前往新大和島運輸移民及前往墨西哥貿易的幕府洋船【新伊達丸】號。
可這個要求被大明特使以無法及時聯絡方壺那邊為由給拒絕了，對此，已經透過部分大明海商瞭解到大明國內有所謂無線電報的松平光長恨得牙根癢癢，卻也只能自認倒黴。
正當松平光長極力壓抑內心不滿的時候，大明特使卻意外的給了幕府另外一個選擇。
舊話重提的大明特使暗地裡向光長表示，如果將軍家綱廢黜京都天皇世系，接受大明冊封、成為大明藩屬國王，那麼除了禁止日本在海外拓殖不能談外，其他都可以商量的。
茲事體大，松平光長只能跟大明特使申請更多時間與江戶溝通。
大明特使便給出了最後期限：限幕府於當年八月十五日之前，給出最後答覆。
既然時間還算寬泛，光長便試著與大明特使進行交流，就幕府取代京都朝廷可能引發的諸侯叛亂提出了擔心。
大明特使告訴光長，只要幕府同意廢掉京都的天皇世系，大明會協助幕府穩定日本的局勢。
光長便派人從陸路趕回江戶報告。
接到一前一後兩份報告的老中會議出現了嚴重的分裂，預計短時間內沒辦法取得一致結論，但大明特使給的最後時限也是無法拖延的，所以，一眾老中便急忙趕往將軍臨時駐蹕的戶田天滿宮----家綱雖然說要前往日光避暑，但實際只是把女眷限送往了日光，自己過了荒川後便停下來觀望江戶局勢----請求將軍決斷。
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家綱對於大明再三要求廢止日本舊皇統十分奇怪，因此根本不想答應大明的要求，但若是不答應大明的通牒，那麼戰爭無法避免，一旦幕府再度兵敗，只怕德川家就很難再壓制各地諸侯了，所以，幕府準備了兩套應對方式，大明可以在賠款等問題上進行商量，幕府寧可多賠一些錢，反之，就只能冒險答應大明廢掉京都天皇世系的要求了。
當年八月十五日，松平光長代表幕府與大明特使進行了最終談判，結果，大明特使寸步不讓，無可奈何之下，松平只能以幕府名義與大明簽署了《駿府密約》。
《駿府密約》規定，幕府就【難波丸】號事件向大明賠款五十萬銀貫，並承諾今後不再向美洲移民，當然最關鍵是，幕府保證在半年內廢掉京都朝廷，將軍家綱以日本國王的身份接受大明冊封，成為大明外藩；而大明則同意就此了結【難波丸】號事件及後續引發的明日衝突，不再追究幕府方面的責任、也不阻止日本維持與墨西哥的貿易······