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明弘光十六年六月三日，在洛陽盤桓了近一個月後的朱由崧啟程繼續西行，並於當年六月二十日，進入了西安城。
朱由崧是有明以來，第一位巡視西安的皇帝，因此闔城歡慶，與有榮焉，不過朱由崧本身並沒有在意西安城內的歡欣鼓舞，剛剛進入由秦王別府改建的行宮，便迫不及待的召見了從西藏學成北返的哲布尊丹巴一世並達延鄂齊爾汗的特使勒勤臺吉。
和碩特人此來是因為與朵甘都司在領土方面的爭議----隨著梭磨宣慰司、雜谷安撫司的主動歸降，已經控制了嘉絨各部的朵甘都司這兩年繼續向西擴張，收攏了一大批雅礱江以東的藏部土司，並有繼續越過雅礱江，染指金沙江兩岸藏部的企圖，這就與和碩特汗國的利益發生衝突了，並且還導致了達延鄂齊爾汗的一些誤判，認為大明有可能想要顛覆和碩特汗國、攝取整個青藏----由於朱由崧目前還需要大明西部邊境的穩定，所以在召見勒勤臺吉時，朱由崧向和碩特人做了親口保證，保證約束朵甘都司的行動，禁止朵甘都司向雅礱江以西擴張。
雖然不確定朱由崧是不是在欺騙自己、欺騙和碩特汗國，但知道朱由崧能做親口保證已經是很不容易的勒勤臺吉還是在表面上接受了朱由崧的說辭，並向朱由崧承諾，只要朵甘都司不越過雅礱江設定羈縻衛所，和碩特汗國就不會向雅礱江一線調派軍力。
當然，朱由崧也知道和碩特人只是在自己面前說說而已，該派的兵不會少，但鑑於雙方尚能進行溝通，所以還是以滿意的樣子結束了接見；不過勒勤臺吉的使命到這一步還沒有徹底結束，稍後，他還跟隨扈大學士孫傳庭就和碩特汗國與大明的邊貿問題達成了共識，並約定雙方在青海東科爾寺及雅江扎嘎寺設立榷場，進行互市貿易。
如果說青藏是明廷下一步兼併的目標，朱由崧對和碩特人的態度是虛與委蛇的話，那麼對於哲布尊丹巴一世，朱由崧的態度就複雜了許多----儘管在外部壓力下，漠北各部也算比較服從的納入了大明邊地都司序列，但由於衛所制削弱了各部王公對部民的控制，因此漠北不是沒有潛在逆流的，所以，朱由崧需要利用宗教懷柔漠北各部；但哲布尊丹巴一世與土謝圖汗的關係太過密切了，未來一旦滿清的威脅消失了，哲布尊丹巴一世未必不會成為土謝圖汗手中整合漠北各部、反對大明控制的工具。
所以經過慎重的考慮後，朱由崧決定下幾手棋來防備可能的反噬。
這幾手棋包括：第一，以章嘉一世活佛阿噶旺羅布桑卻拉丹駐節赤峰，為松漠、饒餘及林北三都司境內藏傳佛教的宗教領袖；承認並追封阿嘉活佛的地位，並以之為朔方都司、北庭都司以及河西、隴西等地藏傳佛教的宗教領袖；僅以哲布尊丹巴活佛為金微、瀚海、燕然三都司的大呼圖克圖；
第二，包括章嘉活佛、哲布尊丹巴活佛、阿嘉活佛在內的明控區所有藏傳活佛都必須得到大明皇帝的冊封才能享有其宗教領袖的地位，換句話說，沒有大明皇帝的冊封，明控區內的藏傳佛教高僧不能自稱活佛或呼圖克圖----其實達&賴和班禪等在非大明控制區的藏傳佛教高位僧侶也要得到大明皇帝的冊封才能在法律意義上享有宗教領袖的地位，可問題是，眼下達&賴和班禪畢竟不在大明朝廷和大明軍隊的控制下，所以大明朝廷只能是在人家傳承發生變動後，發給追認文書了事，但在大明控制下的各活佛傳承那就是大明朝廷一言而決了。
第三，雖然目前大明還沒有控制整個青海，但關於哲布尊丹巴的轉世之身只能在青海、朵甘、隴西等地的藏族中選擇，而不準在喀爾喀人內部挑選，以避免土謝圖汗等喀爾喀上層操縱後世的哲布尊丹巴活佛。
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對於朱由崧這三手棋，哲布尊丹巴一世其實看的很清楚，心裡也很是不舒服，但哲布尊丹巴一世沒有與大明翻臉的實力，且朱由崧還拿出了二十萬貫體己為他在汗王山腳下修建駐節地大庫倫城及清修的額爾德尼召（光顯寺），已經是非常禮遇了，所以，哲布尊丹巴一世最終還是勉為其難的接受了朱由崧的旨意，承認了朱由崧的三條佈置。
等哲布尊丹巴一世退下後，朱由崧忽然想起來什麼，便把隨扈的東廠提督劉琛----今年年頭上李諳、王乾、田楷等老人因為年邁相繼退休了，朱由崧便藉機對內廷人事進行了一番調整，所以劉琛藉此機會轉任了東廠提督----叫了過來，向他詢問了白蓮、彌勒、玄鼓、羅、紅陽等邪&教目前在國內的散佈情況。
劉琛剛剛履職不久有些事情還不清楚，便緊急呼叫了西安守備內臣衙門的電報機向南京東廠本部詢問，由於相關資訊太多了，無法在電文中詳細回覆，東廠便派副千戶李參攜帶資料緊急趕往西安彙報。
而在李參趕至西安之前，劉琛向朱由崧做了簡單報告：“皇爺，奴婢查問了，建虜入關後，白蓮、紅陽、聞香、黃天等教都遭到了極大的打擊，信徒或使或離散，這些年雖然出現了死灰復燃的跡象，但比起崇禎末年卻是百不存一；至於已經南遷的彌勒教、羅教雖然在過去幾年沒有受到戰爭的衝擊，但其信仰者大多是貧苦百姓，因此其中很多人隨著朝廷拓殖海外，而離散，目前在國內的組織也大不如前了。”
“同樣的情況，還存在於大乘教，該教之前流行在雲貴川地區，但隨著當地百姓或為獻逆所殺，或隨著獻軍殘部南下緬甸，目前國內已經沒有了傳播跡象，倒是在緬甸生根發芽了。”
朱由崧眼眉一挑：“大乘教？”
“是！”劉琛知道朱由崧要問什麼，便主動回覆道。“大明存在過大乘教、西大乘教、東大乘教，雖然都是以大乘為名，但三教並非一體，其中東大乘教就是聞香教，西大乘教是京畿比丘尼的教派，而大乘教流傳於西南一隅。”
朱由崧點了點頭：“對於這些教派朝廷不能予以忽視，要隨時做好打擊準備。”
朱由崧說到這，頓了頓：“這次你說的不清不楚，且再準備一下，朕要聽東廠的具體方案。”
“是······”