失去了400多門火炮後，荷軍49艘武裝商船就愈發擋不住船只總數、船上火炮數量都遠超過自己的鄭家水師主力艦隊的攻擊了，所以，打著打著，荷軍武裝商船隊也開始實施轉進了；由於鄭芝豹部是從新南安灣南口衝入了，因此，這些荷軍武裝商船便試著海灣北口逃去，當然也有些荷軍武裝商船慌不擇路，試圖從廖內諸島之間的狹小水道逃跑，但這些荷蘭武裝艦船與之前深入相同水道的荷軍運輸船一樣，很快在充滿暗礁的狹小通道中觸礁擱淺了；倒是乖乖向海灣北口逃跑的荷艦利用鄭家水師主力大半是慢速戎克船的機會，得以順利擺脫了少數鄭家軟帆船的追擊，然後逃生了。
第二次新南安灣之戰大體進行到明弘光十二年、西曆1656年十月四日下午未末（15:00）前後宣告結束的，在這次戰鬥中，鄭家水師擊沉擊毀荷軍武裝商船8艘、運輸船27艘，俘虜荷軍武裝商船3艘、運輸船23艘，自身只有2艘大鳥船受了重創及另有1艘同安船損毀而已，可謂是大獲全勝。
不過，當荷軍殘餘艦船逃出新南安灣，逃入龍牙門海峽相對開闊的水域後，鄭芝豹因為擔心荷軍主力艦船的出現----明廷向鄭家通報了荷軍的規模，並且鄭家在龜喀島、卡里蒙群島、丹絨比艾等地的海岸炮兵在毀滅前也通報了當面荷軍艦隊的實力，因此鄭家其實是知道荷軍第3艦隊大致擁有多少艦船的----選擇了見好就收，未能進一步擴大戰果。
鄭芝豹的擔心是可以理解的，畢竟荷蘭第3艦隊還擁有30艘專業海軍戰艦，其中甚至有10艘以上的三*級戰列艦，總裝備火炮在1500門以上，真要突然殺出了，並與之前潰敗的荷軍武裝商船隊來個前後夾擊的話，鄭家主力艦隊有可能轉勝為敗，丟掉了已經到手的大好局面，所以，現在該穩一把再說。
那麼，也許有人就要問了，第二次新南安灣海戰，荷軍主力艦隊為什麼沒有趕來參戰呢？
是沒有接到位於新南安灣裡的荷軍艦船及時通報嗎？
還是接到了通報，卻來不及趕到呢？
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其實都不是，事實上，在第二次新南安灣之戰爆發的前一天，荷軍主力艦隊已經與明軍水師主力幹上了。
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是的，鄭芝豹的通報船沒來得及溝通明軍主力艦隊，但明軍主力艦隊卻自己找上門來了，並很湊巧的與荷軍主力艦隊相遇，然後將對手故意引離了坦賓島以東海域，算是與鄭家水師打了一個極其默契的配合。
啥？椰城外海之戰九月十九日就結束了，就算明軍主力艦隊在椰城外海虛張聲勢了兩天，也應該在九月二十五日前全部回到了新邾港整休，為什麼之前不出兵援助鄭家，非要坐視鄭家有了相當損失後，才姍姍來遲呢？
這是明廷故意在削弱鄭家水師的力量嗎？
亦或是潘龍和之前與鄭芝豹不快，所以，坐視鄭家蒙受巨大損失！
要說朱由崧有沒有削弱鄭家水師意思，那肯定是有的，但絕不是現在；至於潘龍和與鄭芝豹的矛盾也沒有大到需要借刀殺人的地步；因此這些猜測都是無中生有，並不是事實。
之所以，明軍主力艦隊在消滅了荷軍第2艦隊後，沒有第一時間趕赴馬六甲海峽東段出口，與鄭家水師主力匯合，然後共同迎戰荷軍第3艦隊，主要是因為在椰城外海的作戰中，明軍水師主力艦隊消耗了太多的彈藥，需要等待後方運輸補給船隊送來補充的緣故。
對的，明軍水師主力艦隊的確輕輕鬆鬆的就戰勝了荷蘭第2艦隊，但問題是，明軍目前沒有穿甲爆炸彈等可以輕鬆打穿荷軍船體的彈藥，因此戰勝荷軍第2艦隊主要是靠熾熱彈燒燬荷軍船帆，從而在遏制了荷軍的機動能力後，再用榴霰彈以打死靶的方式造成荷軍水手傷亡，使之無力損管，要麼因此投降、要麼就只能坐視本艦被大火燒燬，亦或許無奈自沉的。
而這種戰鬥方式必然會拉長戰鬥時間，並消耗大量彈藥，因此，一場仗打完之後，明軍水師主力艦隊實際沒有足夠的彈藥來馬不停蹄的進行第二輪的戰鬥----通常來說，明軍艦隊中都會配屬運輸船，以便戰鬥後能快速補給，但這一次的情況特別緊急，軟帆船隊丟下了行動緩慢的運輸船隊，以本身能實現的最高速度實施了南援，這才勉強在第二次明荷戰爭前，趕到相鄰海域，進而能及時參與到阻擊荷蘭第2艦隊的作戰之中，但這麼一來，也導致了戰鬥結束後，明軍水師主力艦隊後繼乏力，只能無可奈何的幹等後續運輸船抵達的尷尬局面。
也就是千呼萬喚始出來的運輸船隊在九月二十九日順利抵達了新邾港，這才使得充分補給但要的明軍主力艦隊能在十月一日出航，並於十月三日抵達坦賓島以東海域，與敵第3艦隊主力編隊發生接觸，進而引誘該編隊向東遠離坦賓島東部海域。
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什麼？荷軍指揮官為什麼會追擊明軍水師主力艦隊呢？難不成他忘了己方的武裝商船隊還在新南安港內盤桓嗎？
首先，威特·德·威斯將軍注意到明軍水師這邊一共有18艘四級艦，這已經足夠引起他的興趣了；其次，威特·德·威斯中將並不認為己方近50艘武裝商船沒辦法應對明軍剩餘艦船----沒錯，荷蘭人或許能搞清楚鄭家水師的真實實力，卻沒辦法知曉分佈在北起鄂霍次克海、南至帝汶海的明軍水師的全部實力，因此，荷軍掌握的訊息是明軍一共就12艘西式軟帆船，如今出現了18艘，或可以說是在合理誤區內，所以，荷蘭人覺得這已經是明軍全部的西式戰艦了，剩餘的戎克戰艦再多，也一定不會是荷蘭武裝商船隊的對手。
故而威特·德·威斯將軍毫不猶豫的便對明軍水師主力艦隊展開了追擊，如此一來，便遠離了新南安灣戰場，失去了與己方武裝商船隊夾擊鄭家水師主力的機會，進而造成了第二次新南安灣之戰的慘敗······