明弘光十二年、西曆1656年九月二十三日上午辰時（09:00）前後，荷軍第3艦隊開始轟擊龍牙門海岸炮臺、巴淡島炮臺----由於荷軍第3艦隊艦船實在太多了，所以，荷軍只動用了22艘22~28炮的荷蘭武裝商船對龍牙門方向實施炮擊，另用20艘同等級別的荷蘭武裝商船對巴淡島炮臺實施炮擊，至於其餘34艘專業海軍戰艦和21艘荷蘭武裝商船只置於龍牙門-巴淡島-坦賓島之間海域，靜候鄭家水師主力----面對敵軍優勢炮火，鄭軍海岸炮兵予以了最大程度的反擊，但兩地炮臺總計28門大炮又如何是荷軍400餘門大炮的對手，因此，在經過一天的炮戰，鄭家在兩地的炮臺，相繼被對手打啞殼了。
九月二十五日，荷軍陸師開到柔佛城下，隨即其中8000人很快包圍了柔佛城，而另外10000人則開抵至柔佛水道邊，等待荷軍運輸船將其等運輸至龍牙門島上。
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為了阻止荷軍運輸船將柔佛方向陸軍運往咫尺之遙的龍牙門島，埋伏在柔佛水道中的鄭家水師大舉出擊，以17艘廣東米艇、12艘大趕繒船、4艘中趕繒船、7艘三十二槳船、8艘八槳船向荷軍出動的21艘阿拉伯槳帆船、12艘東非穆泰普船(mtepe)、8艘錫蘭yatradhoni船、11艘中式戎克船、27艘船載大交通艇、50艘中型交通艇發起了猛烈的炮擊和血腥的接舷戰，一舉擊沉擊毀了對手各型船艇40餘艘、俘虜了另外10艘，並迫使其他荷蘭船艇不得不倉皇的逃出柔佛海峽。
荷軍運輸船艇第一次進入柔佛海峽運輸己方陸軍的行動失敗後，注意到柔佛海峽中有鄭家守備船隊的荷軍指揮官立刻調動已經空閒下來的16艘武裝商船，從海峽兩端入口駛入海峽，籍此合圍鄭家近海船隊，一舉消除鄭家近海船隊對荷軍登陸船艇的威脅。
但鄭家船隊利用柔佛海峽極其狹窄----尤其是合適千噸以上級大船行駛的深航水道非常狹窄----的特點以及己方船小吃水淺的優勢，果斷的對荷軍武裝商船隊發起決死進攻。
經過一番異常激烈的炮戰、接舷戰後，鄭家水師這才以己方損失過半的代價，擊毀、燒燬荷軍武裝商船4艘、迫使荷軍編隊又一次逃出了柔佛水道。
不過實力雄厚的荷軍顯然對此次失敗還不至於，所以，九月二十六日、九月二十七日，荷軍又兩次派遣十艘以上規模的武裝商船編入衝入柔佛海峽與鄭家船隊作戰；最終以本傷人的荷軍以又損失了4艘、重創1艘武裝商船的代價兌光了鄭家在柔佛水道隱藏的全部近海戰船----打到最後，鄭家已經把俘虜的荷軍運輸船都用上了，但在敵眾我寡的情況下，最終損失殆盡----為己方登陸船團掃清了障礙。
從九月二十八日起，囤積在柔佛海峽邊的荷軍陸師主力開始登陸龍牙門島；而就在荷軍陸師登陸龍牙門島的同時，荷軍另外一支陸師開始了向柔佛城的總攻。
由於鄭家在接手柔佛城後，增設了不少防禦設施和炮位，所以，荷軍不敢貿然進攻，就只能以攻擊歐洲稜堡的方式----先挖掘壕溝，再動用攻城炮攻擊城牆----進攻柔佛城。
對於荷軍的攻擊方式，守備柔佛城的鄭芝虎根本看不懂，甚至還一度以為荷軍的目的僅是封鎖柔佛城，於是便興高采烈地的坐視了對手在柔佛城外挖掘壕溝的行動，滿心歡喜的給了荷軍2天挖掘壕溝佈設攻城炮的時間。
等到荷軍攻城炮開火了，鄭芝虎才覺察到了不妙，但為時已晚，守軍根本沒辦法頂著荷軍的槍彈出城奪取敵軍攻城炮、破壞敵軍炮兵陣地，因此，鄭芝虎就只能將錯就錯的依託柔佛城破損的城牆，與荷軍打一場血腥的守城戰了。
當然，九月二十八日當天，荷軍的炮火還沒有摧毀柔佛城的城牆，要到三天後，荷軍才轟垮城牆，然後展開了真正的進攻；所以，所謂的血戰，其實是後話了。
按下還沒有發生的柔佛攻城戰，水師這邊，已經從逃來的運輸船口中知道第2艦隊慘敗訊息----但不清楚第2艦隊是怎麼敗的----的威特·德·威斯海軍中將，非常急切的想要與明軍水師打一場決定性的海戰，可眼下明軍水師和鄭家水師主力都避戰不出，這就讓海軍中將心中充滿了不安。
所以，為了逼迫明軍水師與鄭家水師主力出擊，威特·德·威斯將軍一番斟酌後，做出了調動第3艦隊主力進攻新南安港的決定。
九月二十九日，荷軍第3艦隊兵鋒三路，北路24艘武裝商船自坦賓島與巴淡島之間水道衝入新南安灣，然後開到新南安港向鄭家水師留駐部隊發起了進攻；南路荷軍30艘武裝商船則繞經坦賓島東-東南海域，從新南安灣南部衝入，協同荷軍北路分隊掃蕩新南安灣中的鄭家水師；至於荷軍最後一支分隊，則以全部34艘專業戰艦組成，留滯於坦賓島東部海域，以靜待鄭家水師和明軍水師來援。
二十九日上午卯正（08:00）前後，荷軍北路分隊首先衝入巴淡島東部水道，然後一路摧毀鄭家設定在水道沿線的幾處小型炮臺，最終於當日午陣前後（12:00）衝入新南安灣內，並立刻與一早就接到通報的鄭家米艇和大趕繒船部隊展開了激戰。
戰鬥伊始，鄭家依靠設定在海灣內各島上的炮臺配合，打得還有聲有色----是役，鄭家投入了剩餘30艘米艇中的22艘、剩餘18艘大趕繒船中的12艘，另外還有2艘中趕繒船、2艘三十二槳船參戰，總計裝備各型火炮336門，再加上有海灣內各炮臺說裝備的19門大口徑岸炮助戰，因此並不遜色有著550多門火炮的對手太多，雙方還能有來有往的進行炮戰，並且鄭家水師也頗為驍勇，極力與荷蘭艦船展開接舷作戰，給予了對手一定的殺傷----但隨著荷軍南路分隊名下的30艘武裝商船於當日下午未末申初（15:00）時分衝入新南安灣南口，戰局便發生了陡然變化。