由於呂宋戰事剛剛結束不久，明軍內洋、東洋、南洋、瓊海四路水師的主力目前尚且駐紮在呂宋境內，所以明廷透過無線電下達軍令還是很快能將其等調往東印度群島前線的，無非是軟帆船隊南下速度更快一些抵達勿裡洞島以東海域待命，淮丙船隊卻需要更長的航行時間，也許就會趕不上趟了，但無論如何，水師的調動要比向戰區增派陸師方便了太多。
沒錯，因為呂宋各島上仍有少量西班牙人遁入叢林負隅頑抗，且大量土著也不順從大明的統治、所謂邢藩兵馬及南長諸藩兵馬也沒有能編成並開往呂宋諸島接防，因此參加呂宋作戰的各支部隊很難立刻從呂宋各島的鎮戎任務中脫身，僅有南洋水師陸戰旅一支兵馬勉強可以抽調出來歸建----但也因為乘坐的是淮乙船、一般福船的緣故，歸建的速度並不快，與淮丙船隊一樣，有可能來不及趕上敵人的第一波攻擊----就只能由明廷從國內另行呼叫兵馬南援，可從國內調集陸師坐船千里南下參戰可不是那麼容易的事情，光一個運輸時間就讓人窒息，委實很難在荷軍發起進攻前佈置到位；如此一來，南洋方向在戰爭一開始的階段，就不得不在水戰陸戰兩方面都以弱敵強了。
是的，由於西廠落實荷軍來襲情報的時間是在荷軍進駐錫蘭休整三個月後，所以，期間荷軍已經基本完成了包括招募印度僱傭兵、後勤兵在內的對明開戰的一應準備，因此，荷軍並沒有給明軍從容排程的時間，在明軍水師接令南下後沒幾天就揚帆起航，從錫蘭直撲東印度群島而來了----在距離母國2萬多公裡外維持一支的數萬人海陸軍，是需要消耗天文數字的資金的，荷蘭人雖然是當世歐洲第一經濟強國，但也顯然無法如此揮霍，故而，一旦部隊休整完畢、作戰準備完成，荷軍便迫不及待的發起了總攻。
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艦隊浩浩蕩蕩的離開錫蘭後，很快抵達了阿鎮外海，在這裡荷軍進行了分兵。
荷軍指揮官威特·德·威斯將軍將所屬艦隊分成了3隊：
第1艦隊由4艘葡萄牙武裝商船、12艘荷蘭武裝商船、12艘英國武裝商船組成，這些武裝商船與另外2艘荷蘭雙桅信報船護衛著包括歐洲運輸船、阿拉伯槳帆船、東非穆泰普船(mtepe)、印度古吉拉特拿屋船（naos，又叫圓底船）、錫蘭yatradhoni船、中式戎克船在內的60艘運輸及船上4000名荷軍-印度僱傭兵的前往帝汶島，該艦隊將負責收復古邦和帝力，然後共同深入香料群島海域，襲擊往來中國船隻並嘗試攻打安汶；
第2艦隊由34艘荷蘭船----其中有4艘裝備52門火炮的三*級戰列艦（注：歐洲三*級戰列艦的標準是載炮64~74門，但荷蘭三*級艦噸位和載炮數量都較少，不過荷蘭三*級戰列艦所載火炮通常為42磅和32磅炮，火力相當猛烈）及8艘32~48炮巡航艦、20艘裝炮20~30門間的武裝商船、2艘雙桅信報船----2艘法國船、2艘丹麥船、1艘馬耳他船、1艘庫爾蘭船、1艘瑞典船組成，這些戰船及另外3艘荷蘭信報船護送著80餘艘運輸船及7000餘名荷蘭陸軍-印度僱傭兵準備經由巽他海峽直撲巴達維亞；
第3艦隊也是荷軍的主力艦隊，由97艘荷蘭戰船、荷蘭武裝商船和4艘雙桅信報船組成，內中有包括11艘三*級戰列艦、23艘巡航艦在內的34艘標準海軍戰船，以上這些荷蘭戰船護送著另外170艘運輸船及船上18000餘名陸師官兵進入馬六甲海峽，然後會首先收復了馬六甲港，再水陸並進，攻擊龍牙門島及周邊島嶼······
明弘光十二年、西曆1656年九月十一日，荷軍第3艦隊浩浩蕩蕩的駛入馬六甲港外海，並於同日進行了對陸炮擊及小艇登陸作戰。
見到荷蘭艦隊鋪滿整個馬六甲港外海，海量的荷蘭陸軍湧上陸地，柔佛蘇丹根本不敢調兵迎戰，於是在荷蘭艦炮向馬六甲陸地傾瀉炮火的第一時間，便向內陸逃去，因此，荷蘭人可以說兵不血刃的就佔領了馬六甲港。
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佔領了馬六甲港後，荷軍一面在港口重置炮臺、要塞，一面又迅速掃蕩周邊地區，從土著口中搶奪糧秣、馬匹，並隨後以主力沿海岸線開往柔佛。
不過鑑於明軍在奪取馬六甲港及巴達維亞過程中表現出來的驚人戰鬥力，荷軍陸師不敢輕易脫離艦炮的掩護，而受到行動相對緩慢的荷軍陸師的牽累，荷軍第3艦隊只能亦步亦趨，未能迅速以主力撲向龍牙門一線。
相比相對緩慢的第3艦隊，荷軍第2艦隊的行動速度就快了許多，當年九月十三日，該艦隊便抵達了賽爾通島以西地區，並在第二天上午07：00後，全力衝向桑吉爾島東北的巽他海峽出口。
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荷軍第2艦隊發起進攻時，明軍陸師根本沒有來得及開到桑吉爾島，因此在桑吉爾島建設炮臺阻敵的計劃徹底化為了泡影----其實朱由崧原本也沒打算真正在桑吉爾島建設炮臺，只不過希望透過某些渠道讓荷蘭人產生畏懼遲疑心理，以便明軍後續行動，但很顯然，朱由崧的計劃是失敗了，荷蘭人自持力量強大，不管不顧的實施了強行闖過巽他海峽的方案----並且此時，朱由崧計劃佈置在巽他海峽入口處阻敵的30艘淮丙船中的26艘尚在途中，顯然是來不及趕到並阻止荷軍艦隊衝入爪哇海了。
面對氣勢洶洶的荷蘭艦隊，明軍僅有的4艘淮丙船拼死進行了一番抵抗，雖然明軍擁有火炮質量上的優勢，但4:41，其中對手還有12艘專業海軍軍艦的情況下，明軍的抵抗只能是螳臂當車，最終，4艘淮丙艦在敵軍炮火的圍毆下，傷痕累累，就只能心不甘情不願的在獲得了擊毀、重創敵軍戰艦3艘的情況下，退往蘇門答臘東南角的吉打邦近海沙洲地區，並最後擱淺在沙洲上。
為了確保前裝線膛炮的秘密不被荷蘭人所掌握，4艘明軍淮丙船上官兵含淚燒燬了自己的軍艦，然後逃入蘇門答臘島暫避······