轉過幾天，馬士英帶著一眾軍機處大臣，向朱由崧報告了稅制改革的進展：“陛下，臣等想盡辦法，仍有兩百萬兩的缺額。”
馬士英有些尷尬的說著：“所以，軍機處的建議是，今年減半發放養廉銀和養老銀，待朝廷財政充實後，再逐步加增到標準水平。”
朱由崧同意道：“這倒也是個解決辦法！”
實際上，朱由崧與軍機處在預算問題上是有分歧的----軍機處估算一兩年內，明廷的年開支在1500萬兩左右，五六年後，明廷年開支會逐步增加到2000萬兩上下；而朱由崧認為短期內明廷年支出應該在2200萬兩左右，五六年後，明廷的年開支可能增加到3000萬----只不過考慮到明廷現有的收入，不能涸澤而漁的朱由崧就只能暫時予以妥協。
只是同意歸同意，朱由崧隨即提出了一個很關鍵的問題：“但未來財稅增長能否跟得上朝廷支出的增長？”
這話，讓在場人很難接，說能吧，誰也不敢押上自己的未來前程，說不能吧，朱由崧這一關怎麼過呢！
見眾臣無言以對，於是，朱由崧拿出資料：“算上三餉，以萬曆朝清丈後的數字，朝廷田賦收入應該有一千八百萬兩以上，但這個數字，從來就沒實現過，收的最多時，也只有七成半，一般而言是六成五、六成八的樣子，也就是一千兩百萬兩上下。”
朱由崧看了看在場的官員，淡然的說道：“那麼朕就以一千二百萬兩為限，作為朝廷在關內收取的田賦總額，今後，關內開墾的土地多了，朕也不加徵，開墾土地少了，或遭災，朕就往下減，總之，一千二百萬兩田賦是上限，是總額，再多也不會收了；不過，朕考慮到地方上習慣懶政的積弊，對外宣傳還是要說徵一千六百萬兩的！”
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朱由崧說到這，嘴角浮出了一絲冷笑：“多少給地方緩口氣的餘地嘛，不能用考成法逼得太緊了，真要逼得地方不惜手段橫徵暴斂了，朕也是不忍心的！”
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別的大臣小臣還在品砸1200萬兩和實收七成半的數字，但田仰臉上已經一片苦澀了！
沒錯，朱由崧話說的漂亮，但到時候真收不上1200萬兩來，戶部將負主要的責任。
“有了這一千二百萬兩銀子打底，軍費是出來了，”朱由崧往下說道。“接下來大頭是六萬文武、二十萬胥吏及不下二萬生員、舉人、監生的俸祿、養廉銀和養老銀，司禮監粗算了一下，預估朝廷為此每年需要支出祿米一千五百萬石，戶部從哪裡保證這筆支出？”
現行鹽稅制度，可以保證明廷每年獲取130萬兩的收入，冶課和茶課加徵後，可以保證60萬兩的收入，雜課這邊不算罰髒銀，正常情況下可以提供20萬兩，也就是說，今後每年商稅至少要保證收到550萬兩！
啥？算錯了？宮廷不是還要貼補國家財政350萬兩嗎？
如此算下來，商稅一年只要收個200萬兩即可了？
對不起，你算錯了，須知道除了軍費及人員薪俸外，其他地方也是要用錢的，什麼行政法、備災金、河工銀等等等等，加起來也不是小數目！
朱由崧已經七折八扣了，還是得出了前期每年需要支出300~350萬兩的數字，這300~350萬兩的支出，完美的把內廷貼補費用給填進去了，根本就沒有一絲的餘量----這還是沒有計算，日後由國家財政負責京營、勇士營及三洋水師的情況，若是真算上了，那可不就是一年得有至少3000萬兩營收才能打平收支賬目嗎？
朱由崧說完了，在場的大臣小臣們也基本心算完了賬目，一個個臉色都十分的難看，顯然是不看好商稅增長的速度能保證到時候一年550萬兩的收入。
但未來商稅到底能收多少，收不齊會出現多大的窟窿，那都是未來的事，眼下最重要的是透過稅改方案，免得來不及夏收秋收時實施了----其實夏收已經開始了，但夏稅還沒有開始交----因此，最後還是首輔馬士英勇敢站出來緩和道：“陛下，國家用度吃緊，今後顯然更要減省支出才是！”
塔讀@ 朱由崧對於馬士英插諢打科的態度略有些不滿，但也沒有強逼文官集團，準備溫水煮青蛙的他順水推舟的說道：“之前卿等有提及過遷都之事，說起來，朕也想把國都遷回北京，但眼下看來，實不能也啊，所以，遷都之議，十五年後再說吧！目前還是維持北京行兵部、北京國子監以及奉天三行部的格局！” 朱由崧給了個臺階，馬士英立刻順坡下驢了：“臣領旨！” 朱由崧看向其他幾名軍機大臣：“若沒有其他的意見，那就準備擬旨吧！” 戶科都給事中章正宸、度支科都給事中諸懋源面色都有些掙扎，顯然他們也知道，自己萬一代表戶科和度支科透過了相關決議，士林的矛頭肯定會指向自己的，但若是不同意，朱由崧這邊又說不過去，難不成真想著去某家王府當個王府官嗎？ 故而，掙扎了一會後，也算是朱由崧親信臣子的諸懋源首先妥協了，只見他躬身應道：“度支科領旨！” 現在壓力都來到了戶科這邊，不過章正宸同樣不敢犯顏直諫，所以他咬牙切齒的跟著應道：“戶科領旨！” 馬士英立刻把相關檔案遞給了代表司禮監的盧九德，盧九德捧著稅改草案、養廉銀和養老銀草案、廢止優免和給予有功名但未出仕者錢糧的內閣呈文退出了乾清宮，去往了司禮監；稍後，司禮監會在這些檔案上批紅，並重新發回內閣，內閣拿到後，將擬寫頒告天下的詔書，詔書將送往戶科和度支科確認，若戶科和度支科不做否定，則在太常寺下尚寶司用玉璽後正式生效並詔告天下。 等盧九德離開後，馬士英請旨道：“陛下，稅改既然完成，臣請再次解散軍機處！” 朱由崧沒有接受：“還有學制改制呢，軍機處不用撤銷，改組既可！”