弘光五年十二月二十五日，南京內閣奉旨頒佈了對地方官制的改制方案，弘光改制正式由中央擴大到了地方；不過，地方官制改制還沒來得及進行，弘光五年便已經過去了，一切還留待弘光六年進行。
然而，正當朱由崧與妻兒、兄弟歡度新一年到來的時候，後庭傳來訊息，鄒太后突然臥床不起；朱由崧聞訊自是不敢怠慢，立刻結束了新年中的歡宴，第一時間安排太醫進行問診。
然而，太醫院的醫生根本治不了大病，因此鄒太后的情況很快出現了惡化。
不得已，朱由崧只能下旨招募各地名醫進京為鄒太后治療，同時還命令各地寺廟道觀為鄒太后祈福延壽。
就在朱由崧貌似孝順的為搶救鄒太后而努力的時候，內廠奏報琉球眾人以聞得大君為首的祝女行巫蠱事，詛咒大明皇室。
故意把髒水扣在琉球人頭上的朱由崧接到內廠奏報後“勃然大怒”，立刻命令刑部、錦衣衛夥同內廠查抄琉球郡伯尚質及一眾琉球郡爵的府邸，結果果然查出了大量符咒文書。
接著在審訊中，挺刑不過的琉球郡爵們對自己意圖復國的作為供認不諱，並承認了對大明皇室的詛咒；暴怒的朱由崧當即將鄒太后的病歸罪於琉球人的詛咒。
於是，尚質的爵位直接從郡伯降為了郡男，並遭到了軟禁。
牽涉其中的琉球郡爵全部流放黑龍江和流廆國，得聞大君等祝女被全部斬殺，琉球的神道系統為之土崩瓦解。
而就在朱由崧於南京展開行動的同時，琉球縣境內一眾抗拒王化的琉球舊臣也被抄家和流放，甚至另有超過三萬名的琉球百姓也稍後被強制從琉球遷出，分別遷往了唐、益兩藩及圖們江等地；至於強遷走的琉球百姓留下的土地、屋宅，則稍後被大明官府分配給了浙南、福建、乂安、贛南等地遷來琉球的無地百姓；僅此一變，大明百姓在琉球人口中便佔到了絕對多數，琉球也因此徹底成為了大明的國土，再也沒有誰能將其分離出去。
當然，琉球這件事本來就是朱由崧借題發揮，等該殺的殺了、該流放的流放後，鄒太后的身子骨也沒能緩過來，最終，拖到了當年二月十七日，挺不下去的鄒太后便駕鶴西行了。
鄒太后死後，朱由崧追封其為端誠孝德恪貞仁壽天惠恭皇太后，並由皇太子朱慈焈扶靈，護送鄒太后棺槨前往洛陽，與安宗慕天敷道貞純肅哲修文顯武聖敬仁毅孝皇帝（老福王）、孝誠端惠慈順貞穆符天篤聖皇太后一起合葬於熙陵。
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為了進一步表示自己的孝順，朱由崧還下令全國為鄒太后舉孝百日----當年安宗去世時，因為只是普通親王，所以沒有享受到國葬待遇，而朱由崧的生母姚氏去世更早，自然也沒能得到皇太后應用的待遇，所以，這次舉孝百日，實際還存在著彌補朱由崧當年遺憾的意思----大臣們雖然覺得誇張，但誤以為朱由崧在展現孝道，自然也是不好相勸的······
正當南京這邊忙著給鄒太后治病、治喪的時候，一度退縮至蘭州的順軍突然在弘光六年（永昌七年）正月初七日，大舉展開反攻。
實施反攻的順軍兵分三路，其中北路由劉希堯、李過率領，總兵力約六萬人，不過內中只有一萬人是戰鬥力較高的老營兵，其餘則是順軍強迫河西百姓組成的飢軍，其作戰目的也不是強行反攻靖虜衛及寧夏三衛，而是牽制靖虜衛一線的北路明軍。
中路順軍由劉宗敏、高一功率領，總兵力約五萬人，內中老營兵同樣只有一萬，其餘也都是飢軍，該路順軍的作戰目的是堵住巉口和高崖口兩個方向，不讓安定（定西）明軍直驅金縣（榆中）、蘭州，並牽制車道嶺以東的明軍中路軍，使之無暇增援南北兩個方向。
南路是順軍的主攻方向，由李自成親自指揮，其目的是奪回臨洮府城狄道----奪回狄道後，順軍向東可以威脅渭源及鞏昌府城隴西，向南可以順著洮水南下洮州衛和岷州衛，然後還可以經由岷州衛進入階州，再轉到衝向四川----重創明軍一部，並想辦法從明軍手中奪取必要的糧秣物資補給。
有人肯定會奇怪，既然臨洮如此重要，順軍之前為什麼輕而易舉的將其放棄！
其實這不難解釋：
當時順軍的兵力分散在靖虜衛、鞏昌府西部、臨洮府東南部，不集中是沒辦法捏成拳頭打回去的，所以順軍要退到蘭州進行集結和重整，並且當時順軍還沒有重建飢軍----李自成再次控制陝西後，一直是向把陝西當做爭奪天下的後方基地的，所以一直到鞏昌棄守前都採取飢軍戰術；當然，其實驅趕百姓至明軍陣前乞活也是一種飢軍戰術，但正版的還是在退到蘭州後，為了最後決戰，才重新撿起來的----李自成自付單純依靠軍心不穩的營兵是沒辦法跟氣勢如虹的明軍交戰的，因此，才試圖誘敵深入後，在蘭州城下用飢軍+老營，給明軍重現當年的人海戰術。
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可放棄狄道後，李自成很快發現，明軍沒有因為全勝在即而昏了頭，依舊採取穩紮穩打的戰術，毫無冒進的意圖，這就讓採取了錯誤戰術的李自成陷入窘境了----雖然在陝明軍的糧秣補給雖然一直有問題，但畢竟有大半個中國的支援，絕對比只有河西走廊一地的順軍能堅持的更久，如果依舊堅持蘭州城下決戰，順軍極有可能在決戰之前就因為糧盡而自行瓦解了----所以，始終無法說服一眾老兄弟、老部下接受西行計劃的李自成，才不得不做出了孤注一擲、實施絕地反攻的決定，這才有了如今反攻狄道的一幕。
為了實現在狄道城下殲滅明軍有生力量、開啟南逃東進道路的目的，南路順軍一共糾集了四萬餘老營兵和另外六萬飢軍，並且還動用了潛伏在明軍收容的河西難民中的間諜----以孩兒軍等間諜攻城是順軍的老把戲了，所以明軍一直有對內戰難民進行嚴格甄別的習慣，不過這一次順軍進攻前驅使了太多的難民前來乞活，這就導致了明軍各部在短時間內無力徹底完成清查工作，從而留下了隱患----因此戰鬥剛剛打響，順軍就順利的奪取了狄道以北要點結河關（臨洮縣辛店鎮附近）。
不過狄道既然是明軍南線兵團的駐紮地，一共擁有超過二萬兵馬----入陝川軍目前一共還剩下三萬三千餘人，但一部分調到了中路軍聽命，一部分在後方維持糧道，還有一部分又奉旨押解河西難民前往四川了，所以整個南線只有二萬出頭的兵力----在結河關損失三千人後，依舊保留有一萬七千餘有生力量（部分駐守在渭源、隴西），因此，一時半會，李自成也拿不下狄道城！