王燦成之所以反對六科改制，主要是基於朱由崧對六科的定義，即六科應該是唐代門下省的再現，可問題是，唐代門下省是擁有拾遺補闕和諫議職責的，所以王燦成和吏科上下才明確反對六科被閹割了諫議權的改制。
但王燦成和吏科的反對無效，朱由崧堅持認為在唐代臺諫系統是門下省的一部分，如今既然門下省整體不存在了，那麼六科和都察院的職責就應該有分野，具體來說，也就是誰的事誰幹，不能一個部門鼻子眉毛一把抓，當然也不能一件事幾個部門來抓，結果政出多門。
見朱由崧打定主意要削弱六科，覺得給事中們升晉品級後，自己也未必會留在六科的王燦成便放棄了在六科改制問題上的糾纏，轉而繼續抓住朱由崧的話柄，針對改制後都察院權利被削弱的問題，提出了新的質疑。
朱由崧為了不造成弘光改制是自己一意孤行的印象，所以，經過思考，部分採納了王燦成和吏科的意見，同意都察院除了無權事先質疑朝廷政策外，可以在政策推行期間進行必要的監督，對政策具體實施階段的錯位現象進行彈劾，並在政策實施結果未能達到預期時，對推行政策及稽核政策的部門和官員提出質疑和彈劾。
當然，都察院在其他方面的監劾權依舊得以保留，但限制了風聞言事和隨意臆測，給予了獨立調查權，因此，都察院改制若是成功，將會是另一時空議會與檢察官的合體。
既然朱由崧在都察院改制方面部分接受了自己的意見，王燦成自然見好就好，沒有在欽天監改制問題上多做糾纏，只是建議朱由崧不要明確化學、物理等學科的真實面目，以免引起不必要的質疑，對此，朱由崧也是欣然接受的----欽天監的問題，固然是增加了儒學不以為然的一些自然科學，但士大夫無聊的時候也會研究雜學，還有人因此成了雜學大家，因此思想並未徹底僵化的明儒並不完全排斥新學科新知識。
鑑於王燦成和吏科已經接受了修正後的《官職改制方案》，於是，明弘光五年七月八日，南京內閣正式對外公佈了《官職改制方案》的全文，然後引來了新一輪的反對聲浪。
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是的，雖然軍機處的意見已經統一，各方面稽核《改制方案》全文後，依舊有很大的質疑聲，其中相當一部分官員認為此次改革太過重視財務問題且“無禮”，會造成朝廷失德、殘民以逞及禮崩樂壞的局面。
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兵科、工科的給事中們和都察院監察御史們更是全力反對朱由崧對自己部門限權，兵部也鬧翻了天，甚至公然預言將來會出現“五代”之軍閥割據、朝廷政令不出京師的局面。
對於再一次出現的反對聲浪，上一次根本沒有表態的朱由崧，這一次卻重拳出擊，幾個跳得最歡的刺頭，直接被轉任為了王府官----爵位改制後，國王、國公、國侯三級宗室依舊配屬有屬官----其中幾個犯了朱由崧忌諱、又把祖制扯出來說是的官員更是被直接派給了唐、益兩藩，然後十萬火急的被打發到了海外任職。
面對金剛怒目的朱由崧，大部分官員都被嚇回去了。
是的，名義上王府官也是朝廷命官，成為王府官後級別也沒降下去，但問題是在大明的政治傳統中，一旦成了王府官就等於在政治上被宣判了死刑----話說，以前的南京官或也算是政治流放犯，但南京官可不是終身被流放，至少還有機會被赦免，但成為了王府官，那除非有天大的機遇，否則一輩子就到頭了----而大部分官員爭來爭去不就是為了自己的政治前途嘛，所以，當發現朱由崧真的可能讓他們永遠坐冷板凳後，這些官員自然就偃旗息鼓了。
最後，雖然還有人繼續“威武”不能屈----其實文官集團天然擁護新設部門、增加官員編制，但個別人另有訴求也是可以理解的----且這批人以給事中、御史為主，但聲勢大不如前，所以，朱由崧只當是敗犬狂吠，根本不做理睬。
當年七月十七日，內閣正式向遞交了《官制改革方案·京官部分》，朱由崧第一時間予以批准；七月十八日，詔書送到六科，已經被當成叛徒的王燦成和吏科在詔書上副署，但其餘各科則一致駁回了詔書，對此，朱由崧勃然大怒。
隨即，內廠以貪腐、干預地方司法等罪名抓捕了禮科左給事中劉鰲及另外兩名兵科給事中、一名兵科給事中、一名戶科給事中。
朱由崧則以領導不力、放縱科員違法違紀為由，根據內閣的建議，免去了禮、兵、工、戶等四科都給事中的職務，將他們派到地方去擔任散州級別的知州。
要知道都給事中過去若是到地方任職，至少是四品起跳，運氣好的還可以直接擔任從三品的參政參議，現在只落一個從六品的散州知州，可謂下場慘烈。
有了前輩的前車之鑑，新任的各科都給事中、給事中們都噤若寒蟬，再也不敢對抗朱由崧了，由此，當年七月二十六日，《明定朝官新制詔》正式頒佈天下，弘光改制正式開始實施！
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既然一切都無法挽回了，那麼朝臣們的興趣重便轉到了個人位置上，但朱由崧並不給各人相互串聯遊說的機會，以加速改制為由，暫停了廷推，直接以上命的形式任命：
張國維連任吏部尚書、沈猶龍為吏部左侍郎、楊維垣為吏部右侍郎；
張縉彥連任兵部尚書、樊一蘅連任兵部左侍郎、杜秀文為兵部右侍郎；
阮大鉞為度支部尚書、練國事為度支部左侍郎、何楷為度支部右侍郎；
田仰為戶部尚書、夏萬亨為戶部左侍郎、孫嘉績為戶部右侍郎；
袁繼鹹為工部尚書、何吾騶繼任工部左侍郎、塗紹煃為工部右侍郎；
錢謙益為學部尚書、劉同升為學部左侍郎、越其傑為學部右侍郎；
左懋第為刑部尚書、楊文驄為刑部左侍郎、蘇觀生為刑部右侍郎；
路振飛為都察院左都御史、何騰蛟為都察院左副都御史；
劉正宗繼任大理寺卿、郭維經繼任大理寺少卿；
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李景廉為太僕寺正卿、林友蘭為太僕寺少卿；
畢懋康為太常寺正卿、文安之為太常寺少卿；
王永吉為鴻臚寺正卿、李清為鴻臚寺少卿；
錢位坤為理藩院院使、堵胤錫為理藩院副使；
解學龍為通政院使、梁以樟為通政院副使；
餘煌為翰林院學士；
黎元寬為詹事府詹事······