“儀制院，掌禮法之考訂修正、會同參與大明律之修訂、先帝實錄修訂······”
儀制院雖然用的是原來禮部儀制清吏司的舊名，但實際負責的內容與儀制清吏司有很大的不同，說白了，就是一個從老古董中尋章摘句的門面單位，絕對的冷曹，跟另一時空的政史辦性質差不多。
趙山說的有些口乾舌燥，便由李泰往下說道：“太醫署，掌醫學教育、考核、授級，掌各地醫院、醫館、藥鋪之檢核，掌藥性之研究、醫書修訂和採用及出版稽核，掌惠民藥局、養濟院、漏澤園。”
太醫署和太醫院不是一回事，前者是醫療管理機構，後者則是面對皇室、宗貴、重臣的醫療機構，而這一次朱由崧把民政日常救撫的一些工作也統一歸併給了太醫署負責。
李泰說完，李諳特別解釋道：“目下，大明醫生太少、醫生能力也參差不齊，百姓缺醫少藥，所以，有必要學習前宋之翰林醫學院之舊制，增強醫師培養和管理。”
其實之所以要對太醫署進行改制，一方面是為了增強民間的醫療力量，另一方面則是因為朱由崧一直以來都對太醫院不放心，需要用另外的力量加以牽制----之前，朱由崧一直以陳實功門下子弟經由管墨藝塾杏林堂建立起來的軍醫系統來為自己和家人提供醫療服務，但這終歸不是長久之計，得換個面目以方便出現，而太醫署就是一個不錯的馬甲。
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趙山跟著補充道：“預定設立醫童、醫生、醫師、醫官四級十一等，但醫官不是官員，只是擁有部分官員特權，並有進入太醫院任職的權利；另外，太醫署繼續設定醫學和藥學兩個部、並在醫學部之下繼續設有醫科、針科、按摩科、咒禁科等四科不變。”
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對於太醫署，馬士英等人是不在意的，所以就聽任朱由崧對其進行改造。
說完太醫署，接下來李泰提到了欽天監：“欽天監，掌天文、曆法之外，按皇爺的意思，稍後還要掌地質、化學、物理諸學問。”
按朱由崧的想法，應該直接建立一個大明科學院，但科學現在指的是科舉學問，所以不能亂用，就只能用欽天監的馬甲套一套了。
然而朱由崧只是想套馬甲，孫傳庭還是發出了疑問？“地質和化學？這是什麼學問？物理？格致萬物之理？陽明心學？陛下明鑑，用心學代替理學為國家根本之學，只怕會引起天下動盪啊！”
朱由崧笑了笑：“地質說白了是研究山河構成，然後知道這裡的土合適種稻子、那邊的土合適種麥，這邊山裡有什麼礦，這邊的水邊合不合適造橋；而化學，研究是事務變化、化生之理，泰西所謂鍊金士，但其真面目不是用什麼點石成金，而是研究金銀銅鐵之元素化合後的產物，譬如研究一種永不褪色的染料、研究怎麼提高鋼的硬度等等等等，雖與治國理政無關，但若是研究成果了卻是能提供某種為朝廷贏得厚利的產品，緩解朝廷財力不足的問題；至於物理，自然不是什麼理學、心學所謂的天道人心之理，乃是研究船為什麼會浮在水上、滑輪組為什麼會省力的人間原理。”
張國維脫口而出：“這有什麼用？”
說多了，這群人也理解不了，所以朱由崧簡單的一筆帶過：“用處大的很，至少能讓朝廷造出行的更快、載貨更多的船來。”
王燦成一皺眉：“陛下，這些小道實在不宜登上朝廷大雅之堂！”
朱由崧冷然道：“這些小道歸根結底就是兩個字，‘求富’，但‘求富’是小道嗎？朝廷若是富裕，則可施恩百姓，以舒緩民生，至不濟也不用再行加徵三餉之類的殘民之舉了，所以，這不是小道，而是為國為民之聖人之道，正所謂‘微管仲，吾其被發左衽矣’，若只是因為引申為求利或奪利而惡之，這是愚蠢的行為，顯然是聖人之書沒讀好了！”
朱由崧這麼一說，王燦成一下子啞殼了，朱由崧也不以為意，便衝著李泰看了一眼。
李泰會意，便繼續言道：“大理寺，負責審理官員、複核死刑、主導三法司會審及等級更高的圓審，提供特赦和大赦名單，參與刑部律法司組織的《大明律》中《刑律》的修訂和增補，解釋《大明律》並編寫《大明律》所涉及的各項律法的司法解釋及應用規範和應用範圍······”
朱由崧推行的這次官制改制實際只取消了禮部和鴻臚寺，因此從某種意義上來說，動的程度不算太大，但朱由崧的目的是建立更專業的政府機構，所以，在各部機構更定後，朱由崧還會進一步推行分路進仕，即法務官也好、財務官也罷，亦或是營建體系的官員，都應該在專業領域晉升，只是少量出挑的，才允許從條條轉入塊塊，而這種跨部門晉升的，將在一定程度後，調入詹事府，從而成為內閣的候補成員。
沒錯，朱由崧將改變非翰林不得入內閣的傳統----其實已經改了，這不，孫傳庭就不是翰林出身，但孫傳庭的境遇只是戰時特例，朱由崧想要的不是特例而是制度化！
李泰說完後，李諳說了結尾詞：“至於六科和都察院，就不說了，除了品階晉升、職權做了規範外，內部設定基本不變；當然，這些只是朝廷的相關改制，地方將在朝廷完成改制後再做相應的官制變動。”
馬士英想了想，言道：“臣懇請陛下容臣等回去考慮幾日！再做討論！”
朱由崧答道：“告訴你們，就是讓你們回去討論的，但也不要爭論不休，且給你們一個月的時間，一個月要麼用司禮監的方案，要麼你們拿出你們修正的方案來！”
馬士英瞅了瞅孫傳庭和張國維，見兩人都微微頷首，便應道：“臣等明白，稍後給陛下一個明確的報告······”
馬士英等人退了下去，朱由崧卻把孫傳庭給留下了······