嶧縣之戰，以明軍傷亡3700+（勇士營第二戰兵營3300+、燕山師400+）、清軍損失7500+的結果落幕了，對於這樣的結果，明清雙方都是不滿意的-----朱由崧認為歸真卿太過自信，才導致部隊陷入死地；濟爾哈朗認為馬光遠部在嶧縣城下耽擱時間太久，才會陷入滅頂之災----所以，大明這邊給予了歸真卿降級處分，勇士營第二戰兵營的番號也暫時被撤銷了，而清廷那邊則再一次剝奪了馬光遠的爵位，不過依舊讓其擔任漢軍鑲黃旗固山額真一職。
說起來，朱由崧和清廷都有些高高舉起、輕輕落下的做派，這是因為，對於朱由崧來說，嶧縣之戰畢竟是明軍獲得了最終的勝利，且勇士營第二戰兵營也的確堅持到了最後，這種頑強的精神應該獎賞，所以功過相抵之後，不宜對歸真卿處置過重----勇士營第二戰兵營的其他官兵都獲得了應有的獎勵----而清廷這邊如今還要用著漢奸，也是不能讓他們產生了惴惴不安的心理，所以要在懲罰嚴明的基礎上，網開一面。
一句話，追究責任是必要的，但更關鍵的是懲前毖後、治病救人。
然而明清雙方其實都不知道，嶧縣之戰的深遠影響才剛剛出現呢。
這不，在對於明軍出擊嶧縣，殲滅馬光遠部的意義判定上，清廷方面就有不小的爭議。
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其中有些有人認為即便明軍後來撤退了，但也可以證明，沿著運河北進，是明軍未來主攻的方向，所以要求加強在運河沿線的防禦；而另有一些人認為，明軍最終還是撤退了，因此不能排除明軍這次進攻是佯動，是想把清軍主力從黃河沿線吸引到運河沿線，從而掩護明軍在其他方向的突破。
以上兩者雖然彼此之間不能互相說服，但一致認定明軍在年內的確有可能實施真正的北伐，因此便與某些持嶧縣之戰證明明軍無力大規模北伐的人士產生了激烈的辯論；而在上述三種論調彼此攻訐的情況下，清廷內部還有第四種觀點，那就是某些人以明軍在威海、鰲山的行動為例，認為，在清軍主力南調後，明軍極有可能沿海路北上，直接在天津一線登陸。
對於這第四種論調，清廷內部大多數人是不信的，但由第四種論調引發的，對於明軍主力在山東鰲山或威海大舉登陸的擔心卻也沸沸揚揚的，進一步攪亂了滿清朝廷的輿論。
所以，之前接到黃河防線警訊後，重新把北調的5萬大軍派往大名一線的清廷，在經過反覆權衡之後，不得不擱置了年內出兵喀爾喀的計劃----清廷決定拖到南兵不耐嚴寒的冬季，再把5萬兵馬調回北京，然後在來年二、三月前，以京師八旗兵為主，頂著嚴寒去討伐喀爾喀人，這樣就能最大限度的利用冬春這一中國兵法上不宜作戰的季節······
“皇爺，吳三桂反悔了？”
朱由崧不動聲色的看了看神情沮喪的萬世，好整以暇的問道：“什麼原因？”
萬世答道：“三四月間，清廷判斷我軍不會繼續北伐，所以基於糧秣供應始終不足的原因，清廷秘密抽調了五萬兵馬返回京畿，但這五萬兵馬北調後，清軍在黃河一線的兵力就稍顯單薄了，所以，清廷才決定把吳三桂部調到山東參戰，以便把石廷柱、金礪等部抽調出來與馬光遠等部加強黃河方向的守備。”
萬世這是把前因後果都解說了一遍：“然而在黃河水師佯動後，清廷又迅速把北調的五萬兵馬派回了大名一線，但這麼一來，清廷勢必不能再派吳三桂去山東作戰，以免糧秣供應的窟窿越來越大，到最後不可收拾。”
“雖然在燕山師消滅馬光遠部後，清廷對於我軍是不是會在年內繼續北進產生了懷疑，但依舊沒有調回南線大軍，也因此沒有再調吳三桂南下，所以，吳三桂覺得事情還有緩和的餘地，所以準備先看一看，再做決定。”
這就是嶧縣之戰對明軍戰略產生的不利影響，真的只能說是牽一髮而動全身了。
“待價而沽罷了！”朱由崧冷冷的評價道。“不過遼鎮本來就是一夥商人，吳三桂的反應不奇怪。”朱由崧起身在室內走了兩步，隨即問萬世道。“買賣不成仁義在，暫時繼續維持住與吳三桂的聯絡，不能讓其徹底為建虜所用了。”
萬世應道：“是！奴婢這邊會繼續保持與吳三桂的接觸的。”
萬世退了下去，隨扈的御馬監掌印太監李保走進來報告道：“皇爺，接到北疆奏報，入夏之後，北疆勇士營第三營將針對吉林烏拉展開最後的強攻！”
朱由崧想了想，跟李保探討道：“勇士營第二戰兵營撤銷了，朕想依次為契機，對勇士營進行一下調整，即各地皇莊保民團、商棧保衛團全部納入勇士營序列，不過勇士營第一戰兵營要撤銷，其中威海守備營改為濟州師右廂旅第一、第二團，鰲山守備營改為濟陽師右廂旅第一、第二團，金過義手中的直屬部隊或改為濟州水師直屬戰兵營。”
李保考慮了一會後，言道：“回皇爺的話，奴婢以為各地皇莊保民團、商棧保衛團納入勇士營序列完全沒有問題，但撤銷了勇士營第一戰兵營，會不會給威海、鰲山兩地的守備帶來什麼不利的影響？”
朱由崧眼眉一挑：“你是擔心，金過義因此會懈怠了對兩地的救援？”
金過義也算是福王府海外王莊系統的老人了，所以，李保不敢輕易攻訐，只是以預設表明了自己的擔心。
朱由崧沉吟片刻後言道：“威海、鰲山兩地的支援實際是由寧虎和濟州水師負責的，金過義就算想出工不出力，也是由不得他的；不過你的擔心也不是沒有道理，這樣吧，同意濟州師右廂旅和濟陽師右廂旅各自擴編一個第三團；如此，就算濟州水師方面救援緩慢，也能抵擋一陣子了。”
朱由崧還想說些什麼，廊下有一名內侍大聲奏報道：“皇爺南京急報，昨夜宜妃娘娘順利誕下皇六女，奴婢為皇爺賀。”
頓時內外響起了一片為“皇爺賀”的恭喜聲，對此，朱由崧臉上掛滿了笑容······