截止到清順治三年十二月初，清軍在山東的兵力一共有3.1萬餘人，分別由山東、登萊總督石廷柱（8000）、懷順王耿繼茂（9000）、漢軍廂紅旗固山額真金礪（5000）、漢軍正黃旗及漢軍鑲黃旗固山額真馬光遠（9000）統領。
其中石廷柱負責鎮壓濟南、青州兩府，耿繼茂部負責鎮壓萊州和登州兩府並堵防威海衛的明軍，金礪負責對鰲山衛的明軍實施盯防並協同石廷柱、耿繼茂兩部對青登萊三府南境的反清力量實施鎮壓；而馬光遠部重點針對在兗州西部及北直隸南境、武定府南境活動的榆園軍並其他一些反清武裝進行清肅。
至於統帥6萬大軍的濟爾哈朗，則除了在鄭州至徐州間長達350公里的黃河北岸設防外，還負責對大名、廣平、邯鄲、河間、衛輝、彰德、懷慶、潞安等地進行鎮戎，某種意義上，兵力還是十分緊張的，但由於北地的社會秩序還沒有恢復，手中罰糧的清廷無力將集中在北京周邊剩餘部隊調往南方，因此倍感力量不足的濟爾哈朗就只能指望陝西和河南的清軍能儘早撤出了。
濟爾哈朗的期望很快得到了部分滿足，這不，根據清順兩方達成的密約，李自成部遂於當年十一月中旬開入漢中府，並在清軍前腳離開漢中城半天後，就恰到好處的出現在了漢中城下，迫使原本準備豎起大明旗號的漢中官員轉而投降順軍。
而成功接手漢中府之後，李自成又在清軍的接應下馬不停蹄的接收了徽州、秦州兩地，並於當年十二月初假模假樣的奪取了鳳陽和鞏昌兩座府城。
李自成在陝西的威望還是比較高的，見他率部殺回陝西，原本只能在大明旗號下抗清的力量紛紛改變了旗號，宣佈效忠大順朝，並隨後率部向李自成主力靠攏，使得李自成部的力量迅速膨脹起來，一下子從原來的6萬人（精銳最多2萬）擴充到了20萬人，若是再連帶李自成從四川裹脅來的百姓，勉勉強強也能算是百萬之眾了。
對於李自成突然從四川殺回來，並一路勢如破竹，陝西境內的擁明武裝顯然驚愕到了極點，進而相當長一段時間內沒能有效的做出應對；而李自成顯然利用了明軍方面的混亂，在清軍心照不宣的主動撤退下，巡視席捲了整個陝西。
永昌四年正月初三，孟喬芳率部15000人退到了綏德州、葭州、保德州並榆林衛城，據上述州縣衛所“死守”，並隨後以避免更大的損失為由將其中10000人調回了山西；至於孔有德部，在經過了一番“拉鋸”之後，也於當年正月十四日放棄了西安，經同州一線東渡黃河，率部回到了山西境內。
孟喬芳部萬人、孔有德部萬人相繼退回山西後，已經就位的勒克德渾立刻率領上述兩部並晉南駐防的愛新覺羅·吞齊5000人回師大同，並迫使大同鎮總兵姜瓖率舊部6000人前往山東作戰，就此解決了山西方向的一個隱患。
排除了姜瓖部可能潛在的威脅後，清廷便以勒克德渾統兵10000進駐太原和汾州兩府、孔有德部萬人駐防大同府、孟喬芳舊部萬人駐平陽府和沁州直隸州，就此完成了，對除潞安府、澤州直隸州以外的山西全省的控制----由於，動輒幾十萬人的順軍暫時不會渡過黃河進攻山西，因此清廷認為區區3萬人馬就足以控制山西這樣的大省了。
由於清廷在南京釋放的煙霧彈以及博洛部依舊滯留在河南府，沒有同時撤過黃河的緣故，因此明廷是在明弘光三年三月初才由西廠偵知陝西的變故的，不過，在西廠探子向南京發回陝西變局的準確訊息之前，孫傳庭一早就發現了當面順軍的變化。
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然而孫傳庭的兵力僅有4.5萬人，在留下了兵馬守備重慶、瀘州等地後，機動兵力更是下降到了3萬出頭，且其中大部分是月餉土兵，因此即便發現順軍已經從合州、廣安等地撤退了，也僅僅只能追擊到蓬州一線，就再無力量向保寧府境內展開反擊了----後來，孫傳庭想辦法拼湊兵力，這才收復了保寧府城、巴州州城及巴州治下的通江、南江兩縣，但截止到當年十月前，孫傳庭部始終沒有能收復整個保寧府。
一直緊盯李自成動作，生怕李自成在四川逗留不去，進而跟自己爭地盤的張獻忠其實比孫傳庭更早發現李自成率部返回了陝西，但因為大西軍主力南下雲南後，張獻忠自率兵馬數量不過5萬，且成都周邊各地擁明反西的武裝鬥爭此起彼伏，因此，張獻忠只能眼睜睜的看著孫傳庭收復了涪江以東的州縣。
出於對孫傳庭部越過涪江西進的恐懼，也是被四川各地的反抗所激怒，張獻忠殘忍的下達了大規模屠殺的命令，結果不但參與抵抗的士紳和百姓被他殺的人頭滾滾，那些沒用參與反抗乃至於，與大西朝進行合作的士紳和百姓也被殺戮一空----內中就包括去年大西朝錄用的十幾名進士及被這些進士騙來成都的士紳。
張獻忠甚至還給遠在雲南的孫可望、劉文秀下達了屠殺軍中四川籍將士的命令。
在雲南境內招募（裹脅）了大量軍士的孫可望和劉文秀毫不猶豫的執行了張獻忠的命令，隨即，那些為大西軍流過血的川籍將士被孫可望、劉文秀兩人屠戮一空，可謂悽慘無比----這場屠殺其實給大西軍自身造成很大的麻煩，導致了大西軍在雲南部隊的骨幹力量被掃蕩一空，戰鬥力出現斷崖式下降的局面，使得大西軍無法進一步擴大在雲南的統治區域，徹底控制雲南一省，並讓雲南明軍有了喘息的機會，從而能捲土重來。
但屠殺並不能讓人服從張獻忠的統治，因此，當受到孫傳庭支援的四川擁明力量的反抗日益加劇後，張獻忠覺得在成都是待不下去了（與屠殺破壞了四川本地的農業生產也有一定的關係），所以，他被迫做出了，放棄四川，全軍轉入雲南的決定······