自1646年九月八日開始，完成了階段休整並等到了後方運上來的糧秣的孫傳庭、黃蜚兩部再次以水陸並進的方式向萬縣發起了進攻，袁宗第、辛思忠兩部雖然節節抵抗，但卻根本擋住不孫、黃兩軍的進攻，最終於當年九月二十六日這一天，丟掉了萬縣。
在孫傳庭和黃蜚兩部奪取萬縣的前一天，在達州等地擁明士紳、地主武裝的引領下，作為偏師的明軍馬得功部在奪取了豆山關後，開進了新寧（開江）縣城；受到馬得功部進駐開江的鼓舞，達州士紳驅逐了城內的小股順軍，宣佈與東鄉（宣漢）一起重新歸入大明的治下。
達州易手後，明軍便可以沿著銅鑼山與明月山之間的平原通道直撲大竹、鄰水，並對渠縣、廣安州及重慶府城形成威脅，因此李自成顯然不能坐視上述情況發生；然而，若是李自成抽調主力向達州方向反撲，又可能導致無法增援忠州方向，進而導致重慶門戶大開；故而對於下一步該怎麼辦，順軍內部產生了意見分歧。
其中劉宗敏、劉芳亮等人重提了率部返回陝西的主張，而高一功和李過卻覺得眼下張獻忠也沒有趕自己走，且四川的條件要比陝西好了不知道多少，因此能在四川維持下去。
李自成也深知要想恢復實力，就必須回陝西招兵買馬，但又捨不得四川的好處，正在患得患失之際，遵義方向的明軍曾英部又在綦江方向蠢蠢欲動；此外，忠於明廷的石柱宣撫司、酉陽宣撫司的土司們也接到了孫傳庭以東閣大學士、督師名義下達的召集令，屁顛屁顛的加入對彭水、武隆方向的進攻，又對涪州造成了威脅。
眼見得形勢似乎對順軍越來越不利，李自成被迫做出了放棄重慶，退守合州、順慶的決定，於是，經歷千辛萬苦後的明軍，遂於當年十月二十一日，兵不血刃的收復了已經空無一人的重慶府城及周邊同樣是十室九空的酆都、涪州、長壽、江津、梁山（梁平）等縣，並順勢奪取了還在張獻忠控制下的合江、納溪和瀘州等處。
得知明軍再次控制重慶府後，重慶府境內的墊江、璧山、永川、銅梁及順慶府境內的大竹、鄰水等縣也聞風而起，第一時間迴歸了大明的統治之下。
由於在雲陽、萬縣、忠州、酆都、涪州、長壽等地都留置了必要的防守兵力，由於向達州方向派遣了馬得功等獨立作戰的營頭，由於之前征戰的損失，因此在奪取重慶府城後，孫傳庭部的總兵力已經從最初的3.5萬人，降低到了只有2萬出頭，不過由於曾英部和酉陽、石柱等地土司武裝以及聞風而來的各地地主武裝的先後加入，孫傳庭部的實力很快得到了回覆，甚至進一步增強到4.5萬人的規模。
於是經過深思熟慮後，孫傳庭命令曾英率部7000進駐瀘州，以拱衛重慶上游方向，並留3000兵馬守衛重慶，自身帶著剩餘35000兵馬沿涪江北上，威脅合州一線。
面對孫傳庭的步步緊逼，李過提議聯合張獻忠部與孫傳庭進行大決戰，一舉打垮孫傳庭，徹底改變西南戰局；但劉宗敏等人根本不信任的張獻忠，並擔心為張獻忠做了嫁衣，因此他們針鋒相對的提出了順軍立刻北上，然後坐觀孫傳庭部與張獻忠交手的提議。
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李自成一時不能決斷，正在左右為難之際，率部在保寧州境內活動、順帶打探陝西形勢的劉希堯給李自成送來了滿清的接洽使團。
由是，在明廷派員與清廷使團在南京城外棲霞山展開第一輪接觸後第三天，清順之間的談判也在懷慶城內秘密展開了。
且與為了滿清是不是與大明對等的大國問題就爭論了三天的明清談判不同，堅韌不拔的李自成對面子問題根本不重視，因此清順談判進展的非常順利，從一開始就直指關鍵問題。
“對於貴國朝廷願意將狹西之地歸還我家萬歲的設想，本朝萬分滿意，但有一個前提條件，那就是本朝不會對貴國朝廷稱臣納貢。”代表大順朝與清廷方面談判的是李自成今年年初開科納士後考選出來的三鼎甲，雖說，這三位的文章是強差人意，但坐上談判桌後，倒也能侃侃而談。“並且本朝兵馬也不會聽從貴國的排程。”
清廷派來的首席談判張玄錫根據自己接到的指示，回覆道：“不稱臣納貢，不接受指令也不是不行，但我朝總不能白白把狹西讓給貴方吧，多少要給些體面的。”
大順朝的首席談判代表柳梁才冷笑道：“貴國真是白白的讓出狹西嗎？恐怕不是吧，是狹西百姓的反抗，讓貴朝疲於奔命，這才不得不請我朝去收拾爛攤子的。”
清廷的次席談判代表禮部郎中鈕鈷祿·阿保不動聲色的回應道：“貴方說的不錯，本朝的確是因為狹西民亂頻起，所以覺得狹西是雞肋了，但這並不意味著，本朝拿狹西的亂子沒辦法了，無非是殺光而已，甚至不用八旗兵馬動手，讓恭順王部出馬就可以了，本官以為，真要把狹西整個許給恭順王了，對我朝來說也是一樣的，但屆時貴方該如何自處呢？”
是的，清廷可以把陝西還給李自成，也可以把陝西交給張獻忠或孔有德，清廷是有選擇權的，但眼下的李自成卻是沒有，所以，請示了一番後，柳梁才奉命向張玄錫探問道：“貴使所說的體面是什麼？”
“第一，貴方主君要向我朝皇帝稱侄；第二，貴方保證，不窺視山西；第三，口外蒙古各部具都臣服我朝，與貴國之間衝突，當由我朝加以裁定。”
“太苛刻了。”大順朝談判副使汪江禹介面道。“除了第二條外，其餘兩條太過苛刻了，還望能有所修改。”
清廷方面問道：“怎麼改？”
“第一條，改為稱兄如何？第二條，裁定改為調解如何？”
張玄錫看了看阿保，阿保微微點了點頭，於是張玄錫便道：“也不是不能談的······”