由於北京失陷後，山海關明軍已經處於清軍與順軍夾擊的狀態，所以最初的時候，面對大順政權的招募，吳三桂奉總督薊遼保定軍務的王永吉、遼東巡撫黎玉田之命與之虛與委蛇，給李自成造成了其很快會投降的假象。
但當大順政權在北京展開追贓助餉行動的訊息傳到山海關後，尤其是吳襄也被順軍將帥勒索的事情傳到山海關後，王永吉、黎玉田、吳三桂、監紀同知（監軍）童揆行、山海關總兵高第等人便堅定了與順軍戰鬥到底的決心。
只是，當時順軍一路席捲大半個北中國，可謂是氣吞萬里如虎，所以，即便是遼鎮及山海關兵馬自詡為邊軍鐵騎也不敢直面其鋒芒的。
因此，為了避免李自成發現山海關明軍沒有投降之意後派大軍征討，王永吉等人討論之後，便提出了一個借師助剿、請清軍入關的主張，不過王永吉此時多生了一個心思，在山海關明軍高層得出一致意見後，他提議以吳三桂的名義與清廷接洽。
為什麼要用吳三桂的名義出面聯絡滿人呢？
第一，吳三桂與一早降清的祖大壽是有舅甥關係的，之前還有書信往來，讓吳三桂出面，可以透過祖大壽把建議直接送到清廷最高層面前，不至於中間耽擱時日。
第二，北京失陷前，崇禎皇帝雖然有與清廷議和的企圖，可始終未實現，所以作為地方文官的王永吉、黎玉田等人是不好在沒有得到中樞許可的情況下，自行其是的，而吳三桂卻只是一個“持勇少謀”的武將，如果由他出面引清軍入關，或許一樣或受到輿論抨擊，但日後卻是可以解釋的，也更容易獲得大明國內輿論的諒解。
所以，綜合考慮後，王永吉便把吳三桂給推了出來，讓吳三桂背了黑鍋----也許是覺得引清軍入關的責任實在太大了，吳三桂一個人背不動這個黑鍋，所以為了避免火燒到自己頭上，王永吉這個老狐狸還在寧遠軍副將楊坤、遊擊將軍郭雲龍賚書出關北上、向清廷借兵後，第一時間以到南方召集軍隊，會同吳三桂並清軍圍攻北京的理由，溜之大吉了。
在另一時空中，王永吉日後不斷試圖給自己洗白，甚至還讓友人吳偉業杜撰出了“慟哭六軍俱縞素，衝冠一怒為紅顏”的《圓圓曲》，籍此汙衊吳三桂是為了女人才背叛大明的，但問題是吳三桂是在擊敗李自成後，第一次見到陳圓圓的，所謂“衝冠一怒為紅顏”的事根本就不存在，因此，吳三桂可以說是被王永吉給坑到死了。
按下出了餿主意後立刻滑腳的王永吉不提，得知山海關明軍沒有按期易幟投降的李自成感覺到問題嚴重，便決定親率大軍前往解決；為了保證北京的安全，出發前李自成安排牛金星留守北京，並將原明大學士陳演等官員並勳戚大臣六十餘人在西華門外處斬，籍此避免明朝官員趁機搗亂。
四月十三日，李自成正式帶兵出征，劉宗敏、李過等重要將領隨行，並帶上了吳襄和崇禎皇帝的三個兒子。
李自成率部從北京出發後的第二天，東出求援的寧遠軍副將楊坤、遊擊將軍郭雲龍一行在翁後一帶（遼寧阜新附近）遇到了帶著大軍準備借明朝國內鉅變再次洗劫京畿的滿清攝政王多爾袞。
原本清軍此次入關作戰依舊是循前五次進攻關內的路線，準備繞過山海關，自薊鎮、宣鎮境內突破長城防線，殺入京畿的；眼下接到吳三桂“乞師”的要求，多爾袞大喜過望，當即調整進軍路線，直奔山海關而來。
不過清軍進軍的速度雖然很快，但由於臨時調整路線及寧遠明軍撤入山海關後沿途實施的堅壁清野，所以，直到四月二十一日，清軍前鋒才趕到了山海關外十五裡處，而此時，順軍主力也已經開到了山海關城下了。
當晚，吳三桂親自到清軍營地中與多爾袞見面，共同商議了如何應對順軍的作戰計劃。
根據吳三桂與多爾袞制定的作戰計劃，第二天，明遼鎮兵馬及山海關駐軍便與李自成率領的順軍展開了激戰；此役，順軍號稱十萬，具體兵力大約5~6萬的樣子，遼鎮和山海關兩部明軍的總兵力在4~5萬之間，再加上順軍連戰連捷，鋒頭正銳，因此“苦戰至日昳”、“三桂兵幾不支”。
在吳三桂和高第兩部即將崩潰之際，終於集結起足夠數量的清軍“乃分左右翼，鼓勇而前，以逸擊勞，遂大克捷”。
好在順軍當時的戰鬥力不俗，清軍又因為對松錦大戰中慘烈一幕心有餘悸，所以沒有敢逼著順軍窮鼠反噬，所以，李自成得以收拾殘部，退回永平。
只是，清軍雖然沒有立刻追擊順軍，但卻接管了山海關城並源源不斷的開來大軍，已經失去最後落腳點的吳三桂和高第只能聽從多爾袞的調派，以所部展開對順軍的追擊。
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發現吳三桂在順軍背後緊追不捨的李自成，便在永平城西二十裡的範家莊殺死了吳三桂的父親吳襄，然後帶兵匆忙退回了北京，但在李自成退回北京的路上，朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤等三位崇禎皇帝的皇子在亂軍中失散，從此人間蒸發----有傳聞說朱慈烺後來自行回到了北京，但被外祖父周奎獻給了隨後進駐北京的清軍，由此被清軍殺害了。
早在李自成於當年四月二十六日回到北京前，北京就出現了大量反順的揭帖，譬如，四月十四日，西長安街就貼出了“明朝天數未盡、人思效忠，本月二十日共立東宮為帝，改元義興”的所謂“私示”；又譬如，四月二十五日，又有人以吳三桂的名義釋出了“傳吳帥告示入城，諭眾以皆為先帝服喪，大兵入城，冠素者不殺”的告示。
北京城內反對者的活躍，讓李自成明白他已經無法有效的控制北京的局勢了，於是，便於當年四月二十九日，匆匆在紫禁城內的武英殿登基為帝，並在當天夜裡退出了北京城······