我是高中生偵探工藤新一，當我和青梅竹馬的同學毛利蘭去遊樂園時，目擊了黑衣人可疑的交易現場，當時我只顧著偷窺，不對，是偷看。卻忽略了從背後而來的另一個同夥。我被那個男人強灌了藥物，等我醒來時……
我的身體已經縮了！要是讓他們知道工藤新一還活著，不但我的性命難保，還會危害到我周遭的親人。在阿笠博士的建議下，我隱瞞了身份。當蘭問及我的名字時，情急之下，我化名為江戶川柯南。為了蒐集那些傢伙的情報，便住進了其父親以偵探為業的蘭家中。
雖然還沒有查到黑衣人的真正面目，不過，賭上偵探之名，我一定要跟他們做個了結。身體雖變，但頭腦一樣靈活，任何難題都能解開的名偵探！
我堅信，真相永遠只有一個！
可是，現在卻有一個神秘的人出現在我面前，他叫目暮星辰，是我的同班同學，也是目暮警官的獨生子。
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我曾拜託阿笠博士偷偷調查過他，如果不是有著完整的背景資料，我絕對有理由懷疑他和我一樣，是喝下藥物變的成年人。
在美術館殺人事件發生後，我找到他，希望他能給我個交代，結果卻收到他下達的戰書。
我一直認為所有的罪犯都應該受到法律的制裁，無論擁有多麼充足的理由，我們都無權剝奪他人的生命。但是目暮星辰這個傢伙卻要幫助真兇掩飾罪行。
我承認，有些人是值得同情，但是任何人都不能代替法律作出判決，既然你要貫徹你的信念，那我也要堅持我的意志。
來吧！我接受你的挑戰，看看誰能更早的找出真相。
……
一週前，毛利叔叔收到一封由剪報做成的匿名信件。
“下一個滿月的夜晚，在月影島上將會再次開始有影子消失，請你調查原因。麻生圭二。”
如果是以前，在溫飽線上苦苦掙扎，經常好幾個星期接不到一起委託的毛利叔叔必然會第一時間趕過去。但自從我幫他破了幾起案件，使得叔叔在圈內擁有了一定的知名度，所以現在他可以挑選自己喜歡的案件去偵察。
原本接到匿名信的毛利叔叔也沒當回事，他準備在週末去看衝野洋子演唱會，但一個神秘的電話改變了他的主意。
男人沙啞的嗓音從聽筒裡傳出：“距離滿月還有兩天，手續費50萬円已經全部都會進去了，你一定要來。”
“等……等一下，你到底是誰？”
“月影島的麻生圭二。”
完，電話就掛了。
我曾經對叔叔過，應該在電話上裝個來電顯示器，這樣可以查到電話的來源地，可是叔叔卻寧可用這錢多買幾瓶啤酒。
和他相比，我擁有許多阿笠博士特製的道具。
工欲善其事，必先利其器。難怪這麼多年過去，我已經成為日本警察的救世主，而叔叔還只是個把案件引向迷宮的糊塗偵探。
此刻，我站在前往月影島的船上，鹹鹹的海風吹打在臉上，對於一直住在大都市的我來，能和心愛的蘭一起來這種鄉下島，十分欣喜。如果沒有毛利叔叔當電燈泡就更完美了。
毛利叔叔了支菸，站在船頭抱怨道：“真是的，明明就可以去賞花，為什麼我名偵探毛利五郎非要到那種島去不可！”
別人聽叔叔的抱怨都會認為他是嫌路遠而不願意來，可是我卻知道，叔叔是嫌棄委託人麻生圭二，這個名字一看就是個男人。
你沒看出來嗎？叔叔是在用賞花比喻看美女呢！
登上島後，我們首先來到島上辦事處。從工作人員那裡瞭解到，這次事件的委託人麻生圭二早在十二年前就死了。
那是十二年前的一個月圓的夜晚，著名鋼琴家麻生圭二衣錦還鄉，在村裡的公民館舉行鋼琴演奏會。演奏會後，他卻突然殺死了自己的妻女，還放了火，在熊熊的火焰中好像是被什麼纏住的樣子，持續不斷的彈著鋼琴。就是貝多芬的鋼琴奏鳴曲“月光”。
聽到“死人”給自己寄信，毛利叔叔首先想到這是個惡作劇。
可我卻不這麼認為，沒有人會平白無故用50萬円來開這種玩笑，更何況信件上的郵戳也是來自影月島。
偵探的直覺告訴我，這趟月影島之行會很有趣，我潛藏在體內的偵探血液已經開始沸騰。
在我和蘭的勸解下，毛利叔叔決定先去麻生圭二的死亡的公民館看看。
路上，我們經過一家診所，遇到一位叫做淺井成實的可愛姐姐，她是這座島上的醫生。
從她那裡得知，目前月影島上正在選舉村長。三個候選人分別是漁民代表清水先生，現任村長黑巖先生，還有島上最大的資產家川島先生。而且今晚在公民館，將舉行前任村長龜山勇先生三週年忌辰的法事。
來到公民館，我首先大致觀察了一下地形，發現公民館建在海邊，後門面向大海。
在館內轉了一圈，我們來到一個空曠的房間，裡面單獨擺放著一架略顯老舊的鋼琴。
正當蘭想觸碰一下鋼琴的時候。一個戴著眼鏡的中年人走進來阻止道：“這是麻生先生死亡當天在演奏會上所彈的被詛咒的鋼琴……”
原來不單單是麻生先生，就連前任村長龜山勇先生死前也是用這個鋼琴彈奏“月光”。
真是可笑，我可是學過唯物主義，怎麼會相信這種騙孩的東西！
接著我親手彈了幾下鋼琴，發現鋼琴的音色完全沒有問題，感覺就像是近期有人專門對其進行過除錯，一也看不出十幾年沒使用的樣子。
中年男子自稱是現任村長黑巖的秘書平田先生，他看到我彈鋼琴的舉動，變得十分緊張，“客氣”的將我們請出房間，鎖上房門，要求我們在玄關等待法事的結束。
在通往玄關的路上，我們又一次遇到成實醫生，她作為前任村長屍體的檢驗者，特來拜祭。期間還給我們介紹與他同行的村長候選人——漁民代表清水先生。
法事漫長而又繁瑣的進行著，我坐在玄關等待，並思考案情。
十二年前死者寄來的信件，被詛咒的鋼琴。我預感會有大事要發生。
這時，公民館內突然傳來一陣鋼琴演奏聲，我雖然不擅長唱歌，但是卻能聽得出，這鋼琴聲是貝多芬的月光奏鳴曲！
我下意識的抬頭仰望星空，看到一輪滿月正高高掛在天際。
不好！我急速的往鋼琴房跑去，卻還是晚了一步。
三位村長候選人之一，島上最大的資本家川島先生就這樣一動不動的趴在傳中被詛咒的鋼琴前。