此時在日本東京一座小別墅裡，代號Bourbon的黑衣組織成員安室透正坐在一部臺式電腦前，非常仔細地用新安裝的GPS全球衛星定位搜尋軟體在搜尋著什麼，但是似乎沒有太大收穫。
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“神秘的島嶼，奇蹟島……”安室透用右手託著額頭，旋即又拿起面前的幾本圖書資料翻了翻，但依然是一無所獲，他不禁陷入了深深地思考中，“奇怪啊，為什麼在地圖上能找到的奇蹟島，卻無法用GPS軟體準確定位呢？”
正在這時，房間的門鈴響了，安室透警惕地看了一眼房間門，卻用很隨意地語氣問道，“請問是哪位？”
“是我，CokeGirl，MrBourbon!”門外傳來了一個活潑歡快的聲音。
（作者解釋：Coke，是美國英語口語對可口可樂的泛稱。）
安室透的表情立刻放鬆下來，他起身開門，只見站在門外的是一個黑色捲髮，十四五歲的少女，少女調皮地吐了吐舌頭，“透哥，今天學校放假，Sharon說你在這裡，我就過來看看，你別生氣啊。”
“我怎麼會生氣呢？”安室透的臉上還是一貫溫和的微笑，他從冰箱裡拿了一瓶可口可樂遞給黑色捲髮的少女。
正在這時，安室透的電腦桌上一個白色的像詞典般大小的電子設備發出了刺耳的尖叫，把兩人都嚇了一跳。
安室透立刻起身按停了那個電子設備，然後拿起那個電子設備遞給黑色捲髮的少女，“真純，你來的正好，組織新配備的這個電子地圖，我還不是很會用，你能幫我定位一下這個發信器的具體位置嗎？”
“組織這個新裝置的配置確實有待提高。”叫真純的少女接過電子設備研究著，“不過透哥，如果不會用電子地圖的話，你完全可以把它接到電腦上用GPS軟體來定位。還是你的電腦前些天被黑客攻擊，現在不敢用了？”
安室透嘆了口氣，“前些天的黑客攻擊確實讓我重新考慮我常用的電腦系統的安全性，在給電腦安裝上可靠的防火牆之前，我還是先不要把太重要的東西放到電腦上吧。而且現在我覺得電腦軟件也存在一些漏洞，剛在我用GPS軟體找了半天，也沒有找到一個小島的位置，問題究竟出在哪裡呢？”
“Don’torry.Justapieceofcake!（別擔心，這只是個小問題而已。）”看到安室透苦惱的樣子，真純試圖安慰他，“當初在美國的時候，有一位我很尊敬的偵探對我說過，當你的思緒陷入瓶頸的時候，就去洗澡或者睡覺，把一切都忘掉！”
安室透苦笑了一下，“說的確實不錯。可是現在還不到中午，沒有洗澡的必要吧，再說，我剛剛起來沒多久，現在也睡不著啊。”
“那我們來玩一個小遊戲吧。”真純說完從口袋裡拿出三張紙放到安室透面前，一張是有關風景的照片，一張是雜亂的畫了一些符號的信紙，一張是摺疊成心型的信紙，“給你分鐘，找出隱藏這三張紙裡的密信！”
安室透瞟了三張紙一眼，輕鬆地笑了笑，隨即拿起照片，從口袋裡掏出打火機炙烤照片的正面，很快照片的背面就出現了淺紫色的字跡。
“真厲害，不到三十秒就解決了！”真純嘖嘖稱讚。
安室透有些得意，“這個遊戲也太小兒科了吧，好歹我也是個偵探啊。”
真純一邊回憶一邊認真地說道，“不過我尊敬的那位偵探說，這個小遊戲雖然簡單，但是其中確蘊含了推理最基本的道理。重要的線索都不會直接出現在你面前，你需要揭開掩蓋住線索的迷霧，使事物顯露出原本的狀態，才能夠發現真相。”
“掩蓋住線索的迷霧？”這句話似乎啟發了安室透，他立刻拿起地圖，仔細檢視圖上的每一個資訊，繼續思考，“難道奇蹟島神奇消失的原因是……原來如此！”
他拿起電話撥了一個號碼，“是X研究所嗎，我找所長Rum……”
（作者解釋：Rum（朗姆酒），是以甘蔗糖蜜為原料生產的一種蒸餾酒，原產地在古巴，口感甜潤、芬芳馥鬱。與金酒（Gin）、威士忌（Whisky）、白蘭地（Brandy）、伏特加（Vodka）、龍舌蘭酒（Tequila）、中國白酒(Spirits)和日本清酒（Sake）並稱為世界八大蒸餾酒。在本系列柯南同人文中，Rum是組織某研究所所長。）
“等Rum調查驗證我的推斷還需要一段時間，現在終於可以休息一下了！”困擾已久的難題迎刃而解，這讓安室透心情大好，可以心情輕鬆地和真純聊天了，“話說你尊敬的那位偵探先生，該不會就是旅居美國著名的推理小說家工藤優作先生吧？”
“Bingo!真不愧是透哥，你是怎麼知道的？””真純一臉好奇。
（作者註釋：“Bingo”是流行與歐美國家一種有博彩性質的遊戲，遊戲中的成功者以喊“Bingo”表示取勝而得名，現在在英語口語中表示答對了,猜中了,或者是做到了某件事情的意思。）
安室透笑眯眯地解釋道，“很簡單，Sharon是工藤優作的夫人有希子女士的好友，像你這種《暗夜男爵》的狂熱粉絲，好不容易去了趟美國，能不纏著讓Sharon讓她帶著你去拜訪《暗夜男爵》的作者工藤優作先生嗎，而且你剛才‘掩蓋住線索的迷霧’這句話好像就是《暗夜男爵》某個故事的經典語句吧，話說我也是工藤優作的書迷哦。”
“太好了，透哥你最喜歡《暗夜男爵》系列的中的那個故事？你還有看過工藤先生其它的推理小說嗎？……”一談到自己感興趣的推理話題，真純就像一隻小麻雀一樣興奮地嘰嘰喳喳說個不停。
望著面前天真快樂的少女，安室透心裡感慨不已，大概誰都不會想到這個可愛的，喜愛推理的，自稱是“CokeGirl”（可樂女孩）的假小子世良真純，竟然會是國際犯罪團伙黑衣組織Boss的養女吧。只是對於這個養女，Boss採取了一種讓人匪夷所思的“無為而治”的態度，任由她像普通的小孩一樣成長，讀普通的學校，交普通的朋友，放假的時候跟著身為美國影壇著名女影星的養母Sharon去美國遊玩，對於她對推理的興趣和成為名偵探的理想更是絲毫不加以阻止或引導。
所以，即使身為Boss的養女，真純對黑衣組織的事情幾乎一無所知。她不知道她尊敬的養父是國際犯罪組織的首腦；不知道她喜愛的養母Sharon的另一重身份是黑衣組織的“千面魔女”Vermouth；不知道養父的部下，也是她的那些“好朋友”們和酒名一樣的代號，有著怎樣複雜而可怕的含義。
如果有朝一日，真純知道了這所有的真相，會變成什麼樣子？安室透不願意去做這種可怕的假設，他現在只想盡自己所能的去保護這個少女的天真和單純，遠離黑衣組織的黑暗與齷齪。這也是作為東京警視廳潛伏在黑衣組織臥底的安室透，和所有組織成員都小心謹慎地保持著距離，卻惟獨對真純毫不設防的原因。
她就像黑暗組織的一束陽光，他想保護她不被烏雲籠罩。
但是讓安室透沒有想到的是，幾年之後真純還是介入了他和戰友們與黑衣組織的對決之中，以一種讓他絕對意想不到的方式。
不過現在的安室透，只是放鬆而好奇地看著面前的少女，世良真純，這位Boss的養女，她到底什麼來歷？她的親生父母是誰？她還有其它直系親屬嗎？Boss對她的態度為什麼如此特別？……
思考著這一系列問題的安室透，不知不覺對上了世良真純那雙興奮的眼眸，那是一雙頗具特色的眼睛，細細長長的眼眸，墨綠色的眼珠，明亮而充滿智慧，這讓他不禁想起了有著一雙相似的眼眸的另一個傢伙，就是那個剛進入組織的新成員諸星大。
一想起諸星大這個傢伙，安室透就氣的牙根直發癢，就是這個傢伙，讓曾經是警校第一的自己栽了一個前所未有的大跟頭。他前些天侵入了自己的電腦，識破了自己警視廳臥底的真實身份，並以此為由要和自己進行“合作”，不但要不時和他“交流情報”，還要幫助他爭取組織的任務，讓他儘快在組織取得一定地位。
而安室透對諸星大的瞭解，僅僅是“極有可能是FBI潛伏在日本進行秘密調查的成員”而已。
“討厭的傢伙！總有一天我要把你的真實身份也挖出來！”安室透忿忿地想。
秀一一覺睡到下午三點，當他醒來回到駕駛室時，山田高興地告訴他，“諸星先生，目前航行順利，按照現在船行的速度，不出意外的話，今天傍晚我們就可以到達奇蹟島了。”
“是嗎，那太好了。”秀一嘴上這樣說，卻依然用謹慎的目光注視著暫時風平浪靜的大海，遙望著遠處若隱若現的陸地，喃喃地說，“要起霧了啊……”
秀一的擔心絕非沒有道理，雖然目前海上的風暴已經大大減弱，遊艇也即將抵達目的地，但是他們還面臨著另一個危機，那就是如何成功靠岸。一旦船被驟起的狂風颳得偏離了航向，撞到了海岸的礁石上導致沉船，那他們就會瞬間葬身魚腹。在擁有者豐富海上生活經歷的他看來，在無邊無際的大海賓士要比觸礁好萬倍，因為海浪雖急，總有辦法保護自己，至多讓船聽命海浪擺佈罷了，可是如果是風暴把船吹到岸邊一撞，那可就糟糕了。
更為不妙的是，風暴過後，海面上有了要起霧的預兆，一旦島嶼被霧霾籠罩，無法辨別方向，駕駛船躲避礁石的難度就會大大增加，更何況他之前有調查過，奇蹟島是一個極其特殊的“神秘之島”……
到了傍晚六點，遊艇離奇蹟島已經不到十海里了，船上的四人已經可以感覺到奇蹟島近在眼前，然而這時濃霧已經瀰漫開來，他們只能看到島嶼模糊的影子。為了保險起見，秀一把遊艇停在了原地，只張起三角帆，等待大霧散去。
（作者解釋：海里是航海度量單位，一海里約為1.8公里。）
終於一個小時之後，海風慢慢颳起，濃霧開始散開，在眼前的一切迅速的明朗當中，秀一看見了一片低地，在下風向大約三公里處。在三角帆的帶動下，遊艇正對著那片低地奔去，前面濁浪滔天，海浪高得出奇，秀一立刻明白浪頭遇到堅實的阻擋才會蹦得如此之高。
“天啊，諸星先生，有暗礁！”山田開始著急了。
“我也是這麼認為的。”秀一還是一如既往的平靜。“看來我們的生命是掌握在老天爺手中了，如果暗礁有缺口就能讓我們的船駛過去，如果不能將船對準那缺口駛去，那我們就完了。”
山田似乎不想這樣聽天由命，“此刻潮正高，也許我們能把船開過去。”
秀一看了看飛濺而起的浪花，淡淡地說，“你看那浪頭跳得多高，什麼船能闖過去呢？我們得另想辦法才行。”
這時預感到情況有些不妙的宮野姐妹也來到船頭，明美急切地問道，“我們能幫上什麼忙嗎？”
“祈禱。”秀一的回答很簡單，“祈禱我接下來的計劃能成功。”