190年，以吳佩孚為代表的直系，和以段祺瑞為代表的皖系，曾經發生過一場大戰，史稱直皖大戰，其結果就是皖系軍閥軍事潰敗，政治倒臺，段祺瑞和安福系退出了歷史舞臺。
相比北方的戰事連天，當時的南方也不是一片淨土，就在直皖兩系大打出手的時候，南部孫中山的護法軍政府，也面臨著不同派系軍閥之間的分裂，對抗乃至於刀兵相見。
早在護法運動時，孫中山和他影響控制下的南方地區的軍政實力派已經明確表示，並不承認袁世凱的帝國法統。這個態度在袁氏死後也延續下來，變成南方護法軍政府對北洋政府的不承認。這也導致了僵持多年的南北之間，打打停停的軍閥混戰。
孫中山作為革命者，一直以來掌握的只是理論武器和聲名威望，而沒有對軍隊的實際控制權，這一點在以他名義號召成立的護法軍政府成立的時候也是一樣。
即便孫中山貴為護法軍的大元帥，但是南方實際上是被兩派軍方分治的，一派是親孫中山的、以海軍為主要兵力的粵軍；另外一派是對孫中山心存芥蒂的、以陸軍為主要兵力的桂系。
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在孫中山自己的護法軍政府之內，還有桂系軍閥以陸榮廷為首的反對派存在。
在1916年，實力佔優的桂系軍閥甚至已經做出了排擠孫中山的政治動作，將以孫中山為核心的大元帥首領制，改成了七總裁合議制，以西南各省軍閥首領為總裁，架空了孫中山。此後孫中山也便辭職了。
粵軍和桂軍的矛盾，在孫中山走後一直不斷激化，終於在190年爆發了一場戰爭。當時，舊桂系與北洋直系軍閥聯絡，直系在北京驅逐皖系的段祺瑞，而舊桂系在廣東驅逐孫中山。
7月11日，直系軍閥與皖系軍閥在北方爆發了戰爭，史稱“直皖戰爭”。8月11日，舊桂系出動部隊進攻潮汕的粵軍，第一次粵桂戰爭爆發。此時受到攻擊的粵軍，名義上是孫中山領導，但孫中山此時不在軍中而是避居上海了。
戰事的發展並不如桂系的期望。親孫中山的粵軍還是有相當的戰鬥力，僅僅兩個多月，粵軍已經扭轉了戰局。桂系軍閥首領陸榮廷宣佈取消護法，與北京南北議和。
11月，桂系軍隊被趕出了廣東，第一次粵桂戰爭結束。此時孫中山從上海返回了廣州，宣佈重組護法軍政府，繼續護法運動。在這次戰爭中表現出色、居功至偉的粵軍大將陳炯明，也開始受到了孫中山的重點關照和培養。
孫中山致鄭愾辰信
孫中山領導的“護國”運動勝利後，北洋軍閥段祺瑞繼承袁世凱衣缽，繼續堅持獨裁賣國，反對《中華民國臨時約法》。孫中山高舉民主革命大旗，發動護法運動。
1917年8月，孫中山帶領鄭愾辰與部分國會議員離京南下，在廣州召開國會非常會議，組織護法軍政府，推選孫中山為大元帥。鄭愾辰被孫中山任命為大元帥府特別參議。
1918年5月，孫中山受到南方軍閥的排擠，最終辭去大元帥一職。鄭愾辰奉命留在廣州，堅持鬥爭。
1918年9月15日，孫中山親筆寫信給鄭愾辰，讚揚他“夙抱弘願，期於貫徹主義”；勉勵他“淬厲精神，團結同志，為正義而奮鬥”。信件全文如下：
慨塵兄鑑：
離粵以來，倐奄時月。遙想為國賢勞，旅祉安適，至以為慰。弟自避居滬上，默察今日國事人心之壞，不特少數暴戾恣睢者，放佚而無所憚，而大多數之國民，皆持一種苟安偷活之見解，惟知敷衍彌縫於一時，而不為久遠之計。此其弊，在於精神上無勇決之覺悟，於條理上無建設之計劃也。故甚欲暫時韜晦，潛心著述，於國民之意向，及建國之規模，有所啟發，冀得大多數之覺悟，謀將來之進行。
閣下夙抱弘願，期於貫徹主義。當此國會開議之際，四圍情狀，皆有風雨飄搖之懼。
深望閣下淬厲精神，團結同志，為正義而奮鬥。庶足以挽垂危之國運，振將死之人心。
臨穎無任拳拳之至，餘不一一。專此。敬候旅祺！
孫文啟九月十五日
此信原件雖已銷燬，幸好一份1946年“福清各界為推舉國民大會代表宣言”被儲存下來，其中附錄《孫中山致鄭愾辰信》全文，已被認定並收入即將出版的新《孫文全集》。民國史專家研究認定，這是一封極有價值的信，透露了在這個特殊時期，孫中山先生的兩個重要思想：一是從“知易行難觀”轉為“知難行易觀”；二是當時的行動策略為整理思想、整頓隊伍、準備再戰。而這兩個重要轉變，孫中山首先透露給了自己的摯友鄭愾辰。不到一年，孫中山“三民主義”思想便以系列文章形式出現，他還著手重建中國國民黨，推動“護法”鬥爭進入新階段。（未完待續）