收復臺灣，是崇禎帝朱由檢在“國際友人”面前誇下的海口，估計那幾個正在忙著為大明教育和曆法做貢獻的傳教士早忘記了。
崇禎帝朱由檢一直記得，平定遼東後，就一直在謀劃這事，終於在鄭芝龍北上的時候，時機成熟了。
他動了！
派出了藏在身邊已經很久的一把尖刀——曹變蛟。
同時開始整編大明水師，崇禎三年正月，五軍都督府下令在參謀本部下成立了陸軍司令部和海軍司令部，配備了專門的參謀人員負責兩部的工作。
海軍的正式成軍，表明原來的水師已蛻變為與陸軍齊名的軍種，擺脫了原來附屬的地位，大明開始走向深海。
大明皇家海軍下轄北洋、南洋兩個艦隊與皇家海軍陸戰隊，分別以潘雲龍、鄭芝龍、曹變蛟為提督；兩洋艦隊以舟山群島為界，北為北洋艦隊轄區，南為南洋艦隊轄區。
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皇家海軍以上古神獸“三足烏”為守護神，以紅金兩色三足烏為原型，周邊配以藍白波紋半環繞為徽章，寓意海軍環御四海，守衛大明；服裝採用深藍色為制服主顏色，軍旗是藍底紅金兩色三足烏、軍旗下邊配白色海波紋。
北洋艦隊包含主力艦隊和四個分艦隊。
主力艦隊承當對外防禦與進攻作戰，必要時與南洋艦隊組成為大洋艦隊，北洋艦隊提督為總指揮，駐地依然是威海和旅順，配備新制的“定遠級”、“伏波級”及“海燕級”等船型。
四個分艦隊主要承當近海防禦，主要對付走私，類似現在的海上警備隊，駐地分別是：天津、青島、上海、寧波等四地，主官從南洋艦隊抽調了洪旭、甘輝（鄭芝龍部將），另兩個是山東、浙江水師軍官，主要是原水師的近海福船和蒼山船等船型。
南洋艦隊同樣包含主力艦隊和四個分艦隊。
主力艦隊任務一樣，駐地是廈門、九龍，基本還是鄭家原來的艦船，但人員如同各部整編一樣，與北洋艦隊的對調了一半。
四個分艦隊駐地溫州、福
州、南澳和香山（珠海），主要是原福建、廣東水師戰船，軍官也主要是原水師軍官。
皇家海軍陸戰隊做為海軍單位，同樣以上古神獸“三足烏”為守護神。
以紅金兩色三足烏腳握交叉鋼槍為原型，周邊配以藍白波紋半環繞為徽章，寓意海軍環御四海，守衛大明；服裝採用深藍色為制服主顏色，軍旗是藍底紅金兩色三足烏足握交叉鋼槍、軍旗下邊配白色海波紋。
提督為曹表蛟、副提督戴敬林，陸戰隊總駐地在上海；下轄四個鎮、一個總部直屬旅，每鎮三旅編制。
第一鎮總兵戴敬林，鎮駐地在天津，三旅分駐紮天津、威海、旅順。
第二鎮總兵王大海，鎮駐紮地青島，三旅分別駐紮上海、青島、濟州島。
第三鎮總兵劉興祚，鎮駐紮地福州，三旅分別駐紮寧波、福州、廈門
第四鎮總兵陳繼盛，鎮駐紮地九龍，三旅分別駐紮南澳、九龍、廣州
海軍整編動作最大的兩洋人員混編，當然也就淘汰一部分不合適在新式軍隊在待下去的人。
而鄭家既然支援整編，也不會搞小動作，朝廷對過往的行為也是睜一隻眼閉一隻眼，兩邊默契的整編著大明皇家海軍。
鄭家聯合其它福建海商組成了福建商會，參與了福建、廣東鹽業貿易，當然也可以進行海外貿易，但這次得按規矩繳納關稅。
大明皇帝都繳稅，更何況地方豪強。
對鄭家而言，現在的南洋艦隊水手拿朝廷俸祿，這個錢省了用來繳關稅，怎麼算都是划得來；不光軍餉不用出，戰船也不用自己造、自己修；商會以後只造商船，這個算盤還不會算麼？
當然也有一些小頭目如李國助(李旦之子)自願解甲歸田，朝廷也封了不花錢的子爵、男爵，讓他們安心去做富翁。
朝廷也不是不講道理，不是一毛不拔。
為提高南洋艦隊戰鬥力，朝廷準備在崇禎三年中，在廣州建設煤鐵聯合企業和兵工廠，同時新建福州馬尾、廣州兩
家大型船廠，使得能造大型海船的船廠達到五家。
皇家為建設這些工廠、海港，加上廣東、福建、杭州等三省的海防建設，前後投入一千萬兩白銀，花費肯定不會小；部分裝置需要從京城、金陵的機械廠製造，路途遙遠，這些工廠和碼頭直到崇禎五年中才大致完成建設。
至於整個大洋艦隊在亞洲是不是霸主不好說，在東亞的海面肯定是！
大明以前要面對的外部、內部的不同勢力太多，一直沒騰出手來；現在北方平定，南方最大的海盜集團也徹底投降整編，就該東亞霸主出手收拾那些不聽話的四海蠻夷。
海軍的建設不是一撮而就，同樣在中世紀的大明更是如此，丟棄的東西要撿起來更不是那麼容易；皇家南京龍江船廠前後花費了兩年時間，才回到以前的一半水平，現在主要負責“伏波級”軍、民船隻建設。
整個船廠一片繁忙的景象，六個船塢都是忙碌的工人，有兩艘“伏波級”剛下水，船臺馬上被兩艘民用的大海船龍骨給佔據了，配備十二門退役火炮，單價要三萬兩白銀。
這是皇商的訂單，屬於優先考慮級別，普通人還買不到帶火炮的武裝商船。
皇家天津船廠現在只有四個千噸級船塢，兩個更大的兩千噸級船塢還在建設；天津船廠收羅了全國不少能工巧匠，目前能同時建造兩艘“定遠級”戰船；離同時開工建造四艘還需要時間，更別說要建造還在設計中的排水量達到兩千噸的二級風帆戰列艦。
皇家上海造船廠就更加不堪，和皇家山東蓬萊船廠一樣，只能造些八百噸左右“海燕”級軍民船隻。
架構是搭配起來了，連皇家海軍軍官學校也在天津建立起來了，大型海船也是每年十艘建設著，離形成真正的戰鬥力還差得遠，還有很遠的路要走。
合適的船員不夠！合適的工匠也不夠！
不夠勢力南下呂宋和西洋人爭奪南中國海霸權，但打打身邊的敵人還是足夠了，綽綽有餘。