這次軍事會遠沒有一年前的那次緊張，但拖的時間更長，以至於大家又在乾清宮蹭吃了頓午飯。
由於大塊玻璃的出現，科學院在陛下的提議下做了個玻璃大棚，在裡面實驗種植一些西洋人帶來的植物和過季的蔬菜。
今天御廚出品就帶有這樣的色彩，也帶著朱由檢的目的。
菜式有土豆悶排骨、西紅柿炒蛋、玉米羊骨湯、還有飄著紅色辣椒的水煮牛肉、紅燒羊肉、白切雞、兩樣過季青菜等家常小菜，主食有米飯、麵食、還有一籃子紅色皮的疙瘩（紅薯）擺在上面。
這幾個菜一上桌，閣老徐光啟都見過，有些還是他要求推廣的，眼睛一亮，明白了皇帝的意思，也不多說，與內閣官員陪著皇帝坐著。
那毛文龍看著如此簡單的伙食，他一直以為皇帝都是山珍海味的；至少來個鹿唇開胃，再來個熊掌墊底，最後來個魚翅湯漱漱口，哪知是尋常物件；其實也不尋常，對於皇帝來說尋常而已。
他眼睛一紅，撲通一下就跪在地上，大哭道：“陛下！臣參內宮總管曹化淳欺瞞陛下，貪汙腐化，讓陛下吃如此粗鄙的食物。”
邊上正高興招呼各位大臣就坐的曹化淳愣在哪裡！根本就不知道怎麼回事，旁邊幾個禁軍武將知道毛文龍闖禍了，在那幸災樂禍的捂著嘴憋著笑。
朱由檢手裡拿著根紅薯，正準備就著紅紅的水煮牛肉下肚，聽到這話也愣在哪裡，疑惑的看著他。
王承恩出來將毛文龍扶起，輕聲說道：“毛大人，這話從如何說起，大明皇家從太祖時起就是這樣的選單，只有宮廷宴席時才會上珍貴點的食材；你還別說珍貴，今天有幾樣你就不一定吃過！快去嚐嚐！”
朱由檢這下明白過來了，原來是這麼回事，你怕不知道那些御廚挑剔吧！
別看著簡單，那羊肉是平常人吃的麼！那水煮牛肉可是小黃牛最嫩的部位，一頭牛的全在這裡了，還嫌不夠！朕都不敢說出去，怕被人打！
他看著坐得不遠的徐光啟，便說道：“徐閣老，你給毛大人和各位大人說說這頓飯的意思。”
說完也不管他們，忙著將自己碗裡快涼的牛肉送進嘴裡，一股辣味和牛肉勁爽傳來，這味道真沒得說；又吃了口紅薯，味道還是差了點，但是沒法啊！皇帝得做表率啊！要不怎麼推廣。
兩口吃完一個，示意邊上的曹化淳去裝了碗白米飯，不在那紅薯了。
徐光啟聽到吩咐，忙站起身行完禮道：“毛大人，您別看這幾樣普通物件，如今可能養活了多少大明子民？”
說著，他夾了快土豆，舉起來說道：“各位大人，此物是西洋人從地球另一邊的南美運過來的，叫土豆，也可以說洋芋頭；這個產量高，不太需要水，適合在北方旱地方栽種，可以做為主食直接食用。”
又夾起塊玉米，接著說道：“這個是玉米，和剛才陛下吃的紅薯，這三樣都是適合北方旱地的高產食物，今年已經在北京的皇莊獲得大面積推廣，明年準備在陝西、甘肅一帶推廣，這可比小米和小麥都高產啊！”
首輔沒見過西紅柿，便指著西紅柿炒蛋問道：“徐閣老，請問此為何物？”
徐光啟看著，有點尷尬道：“此物名為西紅柿，也是那美洲植物，是那傳教士帶來的，本官看著紅豔豔的喜氣，便栽培了出來放在家裡做盆景；一次陛下見到此物，大叫了聲便摘下幾個吃了，還說味道鮮美，最適合生吃或與雞蛋炒著吃或打湯；本官也嘗過，確如陛下所言。”
朱由檢或許是故意配合表演，讓曹化淳用勺子裝了點西紅柿，就著牛肉將一碗飯又吃的乾乾淨淨，然後將碗一伸，示意再來一碗。
朱由檢吃得高興，得意道：“你們啊！以為平時可以吃到這東西，美吧！快趁熱吃了，朕準備建一個大的玻
璃棚，在冬季種植蔬菜，到時看你們吃不吃，蔬菜的稅好像不高哦！”
曹變蛟早餓了，看著其他人不動筷子，也不敢亂動；聽到陛下的號令，忙把用勺扒了將近一半西紅柿到碗裡，又夾了幾塊牛肉美美吃了起來，幾個武將一看，忙進行了無聲的爭鬥中，幾下將那碗西紅柿炒蛋一空，不久又將目標對準了其它幾碗菜。
那群文官則慢條斯理的品著、慢慢嚥下，似乎在想這心思；在帝國的政治角逐中，文官落後了，他們中一些人好像有體會了。
一場別具一格的午餐就這麼結束，適當休息後，繼續開會。
最先定下來的是九邊改制問題，會議最後還是決定取消九邊各鎮，結合五軍都督府改制，在十月份中最後定製出來。
將軍隊邊軍改編為大明皇家陸軍，禁軍改編為大明皇家近衛軍、殿前直軍改為大明皇家衛隊；設定了服役期限，除了專業軍士和旅長以上可終生服役，其餘服役期滿可以選擇退役；其中普通士兵服役年限調整為五年，自願前提下可連續服役兩個服役期，不得超過三個服役期。
宣大及三邊總督區寧夏、固原、臨洮、甘肅、大同、太原鎮整編下來的除了一部分派往家鄉擔任基層管理人員、稅丁及巡防營，其餘約三萬調往在河套地區改為皇家屯墾軍團；餘下兩萬人編成輜重軍修建大同到集寧，榆林到鄂爾多斯到到九原的道路，回應了對歸化總督區個蒙古部（現在是蒙古各衛）承諾。
薊遼總督區整編下來的約三萬人調往朵顏衛故地方改編遼西屯墾軍團，餘下兩萬人改編為輜重軍，修建錦州到營州（現遼寧朝陽市）到赤峰（明大寧轄區）及密雲、遵化到承德到赤峰到通遼的道路。
大明皇家陸軍暫時編為三個軍，即：鎮西軍、鎮北軍、鎮東軍；十二步兵鎮、九個步兵鎮，總人數三十一萬兩千人，其中：步兵十七萬八千人，騎兵十三萬四千人。
鎮西軍：軍長徐應元，副軍長候世祿、黃得功，軍長駐地蘭州；
下轄皇家陸軍第二鎮（甘肅鎮）、第四鎮（寧夏鎮）、第六鎮（固原、臨洮鎮，改駐西安），皇家陸軍騎兵第一鎮（禁軍騎兵一鎮），騎兵第三鎮（附和浩特鎮），騎兵第五鎮（九原鎮），騎兵第七鎮（鄂爾多斯鎮）等三鎮步兵三萬六千人，四鎮騎兵四萬八千人，合計八萬四千人。
鎮北軍：軍長楊國柱，副軍長馬世龍、何可綱，軍駐地寧遠，除陸軍第一鎮調大寧，第四鎮調營州（朝陽市），其它駐地不變；
原寧遠鎮步兵與蓋州鎮整編改為四個鎮，楊國柱兼第三鎮總兵原總兵吳襄、調蓋州鎮旅長黃龍、擔任其餘兩鎮總兵，騎兵也改為兩個鎮，總兵分別為祖大壽、何可綱；
下轄：皇家陸軍第一鎮（薊州鎮）、第三鎮（寧遠鎮楊國柱部）、第五鎮（寧遠鎮吳襄部）、第七鎮（寧遠鎮黃龍部）、第九鎮（蓋洲鎮馬世龍部）、第十一鎮（山海鎮），皇家陸軍騎兵第二鎮（宣大鎮騎兵）、皇家騎兵第四鎮（寧遠鎮祖大壽部）、皇家騎兵第六鎮（寧元鎮何可綱部）、皇家騎兵第八鎮（蒙古歸附通遼鎮）、騎兵第十鎮（蒙古歸附長春鎮）等五鎮步兵七萬兩千人、五鎮騎兵五萬八千人，合計共十三萬人。
鎮東軍, 軍長曹文詔、副軍長孫祖壽、滿桂，軍長駐地南京，其它未變；
下轄皇家陸軍第八鎮(禁軍第三鎮)、第十鎮（禁軍第二鎮）、第十二鎮(禁軍第六鎮)、第十三鎮（禁軍第七鎮）、第十四鎮（禁軍第八鎮）及皇家騎兵第九鎮（大同鎮鎮騎兵）等五鎮步軍八萬人，一鎮騎兵一萬八人，合計共九萬八千人。
皇家近衛軍調整最大，那邊各軍全部劃歸皇家陸軍，各鎮主官調整也大，第一、三、四鎮原總兵調走後，從下面各旅長提升姚忠明、孫華寶、許文暢（杜撰的）擔任新的總兵。
最後整編為四鎮步兵六萬四千人、一鎮騎兵兵四萬人，合計十萬四千人。
負責北京周邊安全；軍長梁世勳，榮譽軍長朱由檢，副軍長周遇吉、毛文龍，軍駐地北京；
下轄近衛第一鎮（禁軍第一鎮）、近衛第二鎮（禁軍第四鎮）、近衛第三鎮（禁軍第五鎮），近衛第四鎮（昌平、宣府鎮步兵），禁軍騎兵第一鎮（禁軍騎兵二鎮），騎兵第二鎮（集寧鎮）。
這次更改軍制三大總督區總共裁減十二萬人，大大降低了軍費負擔。
同時三大總督區撤銷，孫承宗任直隸總督轄遼東、直隸、山西等兩省一邊，成為第一督臣；孫傳庭任江南總督，轄安徽、南直隸和浙江等三省，為第二督臣；洪承疇任陝甘總督，轄陝西和甘肅。
皇家衛隊是名稱改變，各衛都改編成甲等衛。
五軍都督府的改革也落地，從皇家陸軍、皇家近衛軍、皇家衛隊、東廠、錦衣衛、內宮各監及皇商抽調人員配合原有的合適組成了新的五軍都督府，辦公點從武英殿改到養心殿。
朱由檢掌管大都督府，親任大都督，大都督府成員有英國公張維賢、保定公梁世勳、內閣首輔李標、次輔李邦國、參謀本部督查盧象升。
下轄四部一處：參謀本部（督查盧象升）、軍法本部（督查文震明）、輜重本部（督查陳治寧（王府白戶））、裝備本部（督查孫元化）。
秘書處，主要處理下面四個本部上報奏本，處長由王承恩擔任。
朱由檢終於打造了明朝版本軍事委員會和總參謀部，大都督府是軍事委員會，下轄四部就是總參謀部。
大都督府如同內閣需定期舉行軍政會議，內閣首輔、次輔及兵部需參加，其餘各部視情況需要才會參加會議，到京述職的各軍軍長及總督均要參與會議。
隨著五軍都督府搬遷，內閣也將辦公點從文華殿移到乾清宮左側與奉先殿之間的德政殿，德政殿是由齋宮和周圍部分建築拆除和改建而成。
漕運總督府劃歸輜重本部管轄，運河沿線負責漕運的衛所兵被分成三塊，熟悉水手業務的被抽調到北洋水師，一部分部分組建了內河水師負責運河漕運與長江水道安全，還有部分和山東、直隸、浙江的部分衛所兵被整編稅丁調歸戶部管轄，剩下的老弱被送去個皇莊的集體農場安置。
各省設有五軍都指揮司負責管轄本省巡防營，人數五千到兩萬不等，合計二十萬人左右。
五軍都指揮司主要職責是負責本省制安安全、剿匪、招兵及兵站等工作；各軍設立專職參謀、軍法、後勤等司，各鎮設立參謀、軍法、後勤等處。
整編完成，皇家近衛軍駐地有稍微調整：近衛第一鎮、第二鎮駐紮北京，協助皇家衛隊守衛京城，第三鎮駐紮天津，第四鎮駐紮宣府；騎兵一鎮調山海關，騎兵二鎮在集寧。
這次軍制調整涉及的主要九邊的邊軍和禁軍體系，衛所體系尚未改革的還有四川、雲南、貴州和廣西四省，這四省還未做改制。
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備註：
1、
皇家陸軍全部按原禁軍模式整編，淘汰下來的武器裝備巡防營、屯墾軍、和長城沿線皇莊“自衛隊”，餘下部分準備出售給漠北蒙古及西域(現新疆)蒙古各部。
2、皇家陸軍步兵鎮中除由原禁軍各鎮改編的是三旅制約一萬六千人，其餘是兩旅制約一萬兩千人；騎兵鎮中第一、二、九鎮為三旅制一萬八千人外，其餘各鎮為兩旅制約一萬人。
3、此次整編主要是拆分遼東各鎮的實力，各鎮駐地如未說明即是未做調動。
4、四川、貴州兩省的土司動 亂——“奢安之亂”尚未完全平定，未做整編。