一場合興泰成立以來的最大危機在合興泰各家的努力下，終於化於無形。京師不少訊息不夠靈通的人還在瞪大眼睛靜待事情的發展哪，等到幾個月後才發現好像此事從來沒有發生過一樣。一時不由感嘆合興泰勢力的強大。
合興泰眾人卻明白，此事可以這麼容易的化解主要還是對方沒有再出招，這也讓大家很疑惑：難道真是孫有明自己的主意？只是想搏個名聲？但是以合興泰為為跳板怎麼算都得不償失啊。不管怎麼樣，眾人還是決定加大對京師的關注力度。
此事對趙永泰沒什麼影響：一來他知道己方政治勢力的強大，二來他對這個也沒什麼辦法，對這種事兒，還是那些老薑拿手一些。而且現在的合興泰也不是隨便可以拿捏的，實在不行自己發動一場資產階級革命也不是什麼大不了的事兒，以現在護衛隊的武力，南京附近的軍隊都不夠看。
早在六月中的時候，梵蒂岡的主教任命就到了：任命鄧玉函為台州大教堂的主教。本來梵蒂岡想派個職業主教過來，但是因為趙永泰的限制條件，梵蒂岡只能暫時就近任命一個。隨船而來的還有15名新派過來的傳教士。
雖然梵蒂岡的任命來了，但是因為此時朝廷正在注意著合興泰，所以大教堂的建設被推遲了。現在傳教士們對這裡都很喜歡，而且趙永泰已經同意他們在這裡傳教了。來了大明多年，他們對大明的政府也有所瞭解。所以在趙永泰解釋了之後，大家也沒有提出抗議什麼的。再加上對他們來說，現在每天的工作和傳教已經佔用了他們的大部分時間，他們暫時也沒有足夠的時間來設計建造這座大教堂。
七月中，在確認了皇帝的注意力徹底移開了之後，趙永泰召集了台州所有的傳教士和教徒，宣佈開始建造台州大教堂。現在在台州的已經有了6名傳教士，第二批人是在三月初抵達的。得到訊息的傳教士們擠出了大量的時間來設計這座東方的第一座大教堂。合興泰給他們劃的地在城西0裡處，雖然有點兒偏，但是足有十畝，傳教士們都很滿意。
八月底，第三批傳教士5人也到了台州，他們是在天主教中國教會知道台州開始正式修建大教堂之後召集的在華人員，其中就有湯若望。趙永泰對湯若望的熱情讓其他人都很奇怪，不過這總是一件好事不是嗎。傳教士對此很高興：這位在台州很有地位的少年與鄧玉函、湯若望親近，那他們以後的傳教工作就能更順利。
因為在台州的傳教士人數達到了6人，還有不少的中國教徒。所以在九月，趙永泰要求所有傳教士加入書院，並改組書院的術理分院為物理分院、化學分院和生物分院。三個近代主要科學門類正式在東方確立。
經過幾年的規劃調整，仙台書院已經開始轉型為一個正式的書院。書院的教室和宿舍低價提供給在書院的求學人員和教員，其他人員則需要提供高額的租借費用。現在書院的正式學員已經突破了一千人，教員超過一百人。書院的數學、醫學、術理分院在江南地區已經頗具名氣。
書院實行三、六年制，正常畢業為三年，如果三年不能畢業則推遲到六年。六年後還不能畢業則被強制結業。書院畢業人員可直接加入合興泰商行，這一點兒是吸引不少學子正式加入書院求學的主要原因之一。明智學堂畢業學生從崇禎元年九月開始，可繼續就讀於書院中除經書以外的所有分院。
李時珍的兒子李建元在崇禎元年八月加入了書院的醫學分院。在此之前，趙永泰以書院的名義宣佈將以《本草綱目》為基礎加入西學以著出更加系統詳細的醫學著作。此舉吸引了不少民間的名醫加入。
九月，趙永泰以方便醫學分院學員實習的名義，建立了仙台杏林醫館。醫學分院的教員和高年級學員都要到館裡輪值。由於醫館的收費低廉，受到平民百姓的青睞。後來因為名氣越來越大，也漸漸有一些富戶到醫館求醫。
一開始，各地慕名前來的中醫與傳教士中的西醫互不對眼，基本上沒什麼交流。看得趙永泰很是鬱悶：我成立醫學院和醫館就是為了讓你們交流，你們現在連話都不說，那交流個屁啊。後來他想了一個辦法，在醫館的正堂貼了一張大大的評比表，將每名醫生的大名都列在上面。這名醫生醫好病人就在其名字下面用硃砂寫正字，沒醫好就用墨寫正字。統計數據在每個月月底的分院大會上進行通報。並以此作為每月的獎金發放標準。
這樣來刺激雙方的比鬥情緒。只有在鬥起來了之後，雙方才能發現對方的優勢和己方的弱勢。而後就可以以開會或者其他形式來要求他們進行交流。一旦開了頭，以後就好辦了。
一開始，找西醫看病的人基本沒有，大明的老百姓還是相信自己國家的東西。要不是還有幾個教友找他們，他們在前兩個月的成績就會是零。在連續兩個月被學員們以異樣的眼神看待後，幾個西醫終於決定不再等待，要主動出擊。就開始在醫館門口攬客，這樣一來把看病的人更嚇著了，哪有人聽說大夫會在門口逮著人要求看病的，肯定是騙子。結果招攬了幾天，幾位西醫還是沒有一個人接到一位病人。
直到有一天，一名工匠不小心腿被砸斷了，前來就醫。幾位坐堂的中醫都說這腿肯定廢了，要病人和家屬做好心理準備。結果一直在一旁觀看的菲利普斯大喜過望，跑出來跟那個傷著說他們能夠幫助他，雖然不一定能夠恢復原樣，但是至少還能走動。
這位傷者和家屬本來聽到大夫都說他的腿廢了，只覺得前途一片黑暗，正在為以後的日子犯愁。突然聽到有人說能保住他的腿，也不管洋人不洋人了，立馬就同意了。在台州，你只要還能幹活兒，商行都會有合適的活兒給你，這樣就能獲得工錢，但是不能幹活那就沒人管你了。現在能保住這條腿那就還能獲得以後工作的機會，就算是工錢少點兒的掃地，也總比什麼活兒都幹不了強不是。
幾位西醫終於等到了病人，而且還是那些拿草根樹皮糊弄人的傢伙們不能治的，頓時打起了十二分的精神來對待這場手術。病人只是大腿骨折斷，還好沒有粉碎性骨折，手術進行得很順利。一個月後，西醫們開始對病人開始恢復性訓練。現在病人已經可以下床了，這表明病人的腿確實保住了。一時間西醫們名聲大噪，來看病的病人絡繹不絕。讓人數眾多的中醫們既嫉妒又有點兒好奇：看來那些洋人們的醫術也不是那麼一無是處嘛。
不過西醫們也沒高興多久，因為他們發現許多病症他們以前根本沒有見過，這使得他們無法判定病症，也就無法對症下藥。
在幾次的錯診以後，被趙永泰叫過去大罵了一頓。隨後，趙永泰在醫學分院的月底大會上宣佈：以後醫館的醫治必須由兩方人員一起進行，並且執行錯一罰十的制度。也就是說，他們錯診一個，相關人員的統計數據上就要減少十個醫好的資料。同時，為了防止他們怠工，還規定了每個月的最少醫診人數。低於這個數目，當月獎金扣罰。
對於這些大夫來說，獎金還是小事兒，關鍵是名聲會受損。所以大家也算是開始了非正常的合作。
正式開始合作之後，雙方才開始發現對方的好處。
某次，菲利普斯他們又要做一場手術，是手臂骨折。李建元就建議他們先給病人灌麻藥，上次那個斷腿的病人在手術中的慘叫讓中醫們記憶猶新。菲利普斯他們以前不知道什麼是麻藥，待李建元解釋了之後，大喜過望。所以此次的手術室裡比較安靜，只有菲利普斯給李建元介紹的聲音和一些器械發出的聲音。由於病人沒有掙扎，所以這次手術做得又快又好，又安靜。雖然他們作為醫生已經習慣了手術時病人的呻吟和掙扎，但是沒有人會喜歡。所以這次的手術經歷讓他們都很愉快，原來手術也是可以做得很輕鬆的。隨後菲利普斯他們就決定以後將麻藥的使用加入到手術的程式中。
這次的合作讓菲利普斯和李建元建立了友情，李建元也因為參加了他們的手術過程對西醫感興趣起來。經過這次之後，雙方的合作多了起來，也更具有誠意。也終於開啟了中西醫合作的大門。對此趙永泰還以書院的名義對幾人進行了公開表揚，當月還加了不少的獎金，理由是他們促進了醫學技術的進步。
同時醫學分院還宣佈要整理出版醫學大事記，裡邊將記載自古以來東西方所有對醫學的發展產生重大影響的事件。而這次在手術中使用麻藥也將被收錄其中。
熟話說不為良相即為良醫，現在的中醫多數都是落第的士子，他們對名聲也是非常看重的。實際上，大多數人對名聲都是很看重的。
醫學分院整理出版醫學大事記實際上就是要出醫學史。能在史書上留名，而且還是以推動了醫學發展的身姿留在史書上，這無疑讓所有的醫生都嚮往不已。
趙永泰出了這一招，立刻讓雙方的合作變得密切、主動起來。那些老中醫明白：要想自己獨立作出什麼重大的事件無疑是很困難的，但如果像李建元一樣改進西醫無疑是一種比較簡單的方法。當然，用西醫改進中醫也不是不可以接受的。而對於傳教士們來說，麻藥使他們看到了中醫的神奇，再加上留名史冊的誘惑，也讓他們明白合作對他們來說是有利無害的。
看到雙方的合作關係迅速變得親密無間，趙永泰得意之餘又有點兒感慨：早就應該想到名對這個時代的人的吸引力了，早出這招就不用什麼獎懲規定了。
崇禎二年十月二十七日，後金兵分三路，一路攻入大安口，；一路攻入龍井關，一路攻入洪山口，兵圍薊州府，十一月，京師戒嚴。
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十二月，宣大總督及宣府、保定、河南、山東、山西巡撫都奏請率師入衛。山西軍因欠餉發生譁變。其他四方援兵也因缺餉在地方大肆劫掠。
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