萬洪指揮著艦隊帆蓬全張，以最快的速度環繞鄭軍艦隊發起炮擊，雙方水兵拼命發射著炮彈，以求儘快消滅敵人。
復國軍水兵多是疍民出身，他們過慣了海上生活，不會出現在甲板上站立不穩的情況，缺點是從未操作過這樣的大船，即便訓練了幾個月也同樣不及鄭軍熟練。那些炮兵更是手忙腳亂，面對水性精熟打慣了仗的鄭軍處於絕對下風。
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幸好戰爭是最鍛鍊人的，在如此激烈的戰鬥中，新兵居多的復國軍水師在逐漸拉近素質的差距，至少心理上不再有初戰的惶恐。那些殺紅了眼的新手炮兵動作越來越熟練，情緒從慌亂到沉著，到最後就只剩下對開炮殺敵的執著。
林升本來看出對方新兵居多，無論射擊速度還是駕船轉彎的熟練程度都有待提高，但隨著戰鬥的進行，對方的射速卻越來越高，戰艦轉彎和風帆使用也漸漸變得靈活。更讓林升頭疼的是雙方艦船大小相差懸殊，雙方戰艦同樣的中彈數量，擁有更多儲備浮力的漳州級巡洋艦仍舊能夠穩穩得馳騁大洋，鄭軍戰艦卻在漸漸下沉。
萬洪的艦隊始終繞著圈子，發揮側舷火力炮擊，為了讓船頭面向對方，林升只能下了半帆，幾乎是原地兜圈子隨著復國軍水師移動。這樣做林升水師速度上的劣勢得到了彌補，但因為機動範圍小幾乎等同於固定靶，被命中的機率也大大增加。雙方打了半個多時辰，林升發現自己已經打不下去了。
此時鄭軍梅花陣的‘葉子’都快落光了，那些噸位較大的大熕船還能支撐，處於外圍的水艍船四艘戰沉，更小的黎繒船和烏龍船幾乎損失了三分之一。反觀對面的萬洪艦隊，雖然各個帶傷，卻只有一艘巡洋艦戰沉，一艘重傷退出戰鬥，另外五艘仍舊堅持著作戰，甚至連火力也沒有多少削減，照這樣打下去失敗已成定局。
“命令，全軍撤退。”林升思慮再三，最終咬著牙下達了命令。他不得不如此，若是繼續打下去，對方固然損失慘重到無法作戰，他手下這支水師也會全部折在此地。身為一名優秀的海軍將領，林升當然知道如果自己拼到最後，就算全軍覆沒也能讓主力艦隊完全掌握制海權，逼著對方不得不將沿海各地拱手讓出，但為了自己他卻不能這麼做。
以鄭軍的編成傳統，軍隊就是指揮官的私產，林升手下這支艦隊裡也多是林氏宗族。如果他的人全都葬送在此地，鄭軍固然會大勝，他卻將因為折損過多而勢力大衰，說不定會讓其他將領徹底吞併。
這就是鄭軍內部的現實，任何將領都不可能為了整體利益死拼，那等於是在拿自己和宗族的未來開玩笑。儘管林升輸得十分憋屈，儘管陸地上還有近萬己方大軍可能被截斷後路，他也只能選擇撤退。
林升將所有戰艦糾集在一起，排著防禦陣型向北而去。因為是主動撤出戰鬥，又有整齊的隊形，如果冒然追擊，萬洪會遭到不小的損失。事實上復國軍水師也快要到極限了，經歷了半個時辰的大戰，那些小炮艦還好些，巡洋艦都快變成篩子了。
見到對方退去，萬洪也收縮兵力，下令巡洋各艦立刻開始搶修，先用木板彌補漏洞，等回港再重新更換船板，那些受損較少的小炮艦則靠近海岸，利用艦炮對著岸上的鄭軍展開炮擊。
此時大多數鄭軍都已經進入了灌口鎮，在外面排列的都是鄭軍炮兵。剛才雙方海戰十分膠著，他們也沒有太在意，畢竟己方數量要比敵軍多了不少。誰知道林升當機立斷落跑了，讓這些鄭軍炮兵直接暴露在了海邊，等他們想要逃跑的時候，復國軍水師的炮艦已經衝了過來。
與復國軍水師火炮採用炮車加繩索緩衝不同，鄭軍火炮大多數都是固定炮位的硬連線方式，這就造成他們將火炮從船上拆下來以後，只能製作臨時炮架。這種炮架使用時很不方便，只能承受最小口徑的火炮後坐力，移動時因為沒有輪子，只能在拆卸後由士兵揹著走，這大大降低了他們的轉移速度。
等到鄭軍拆除了炮架準備轉移時，順風而來的復國軍水師已經到了近前，六艘炮艦一字排開，將側舷對準了鄭軍炮兵們，圓球形的炮彈如雨點般落下，毫無防護的鄭軍炮兵頓時損失大半。
眼看著必死無疑，誰還會去管那些大炮能不能安全轉移，他們紛紛扔掉火炮彈藥，掉頭向著灌口鎮的方向逃竄。僅僅持續了五分鐘的炮戰，對方在死傷三十多人後就跑了個精光，讓復國軍白白得了十七門上好的小口徑弗朗機炮，以及為數不少的彈藥，當然滯留在金門島和廈門島上的大量物資也白白便宜了復國軍。
解除了鄭軍的炮兵威脅，再進攻就不是海軍能做的事情了。萬洪艦隊本身受傷頗重，若再有鄭軍水師過來就麻煩了。因此在摧毀對方炮兵之後，萬洪只好調轉船頭，指揮艦隊向著東山島的港口返航，他們要面臨近一個月的維修才能重新投入戰鬥。
海上的戰鬥彷佛是另外一個世界的事情，這對苦苦堅守灌口鎮的第五旅沒有太大幫助，唯一的好消息就是鄭軍後援已斷，短時間內不會有增兵的可能。黃英指揮著部隊仍在咬牙堅持，他們在與鄭軍進行逐屋逐院的反覆搏殺，往往白天鄭軍依靠人數優勢奪去了一片街區，晚上黃英就會組織夜襲奪回來，雙方打了五天時間，黃英竟然奇蹟般得仍保有著半個灌口鎮的控制權。
負責指揮戰鬥的馮錫範相當頭疼，手下一萬大軍損失超過兩千，竟然沒有打下一個小小的灌口鎮，這讓他感到很煩躁。更煩人的事情是隨著林升的敗退，輜重也大多失去了。軍中已然斷糧，若不能儘快佔據灌口鎮，並在周邊城鎮蒐集糧草，鄭軍有餓死人的危險。