一號基地內，一顆變異的土之靈魂樹在輪迴者們的瘋狂培育下開始快速生長，同時，這顆變異的土之靈魂樹還有一個伴生的蔓藤環繞在其身上。就算納威人也已經很難將其與自己的“聖母”靈魂樹與之聯絡在一起，這顆變異的土之靈魂樹已經朝著一個完全不同的方向開始進化。
喀秋莎在得到從納威人部落偷來的靈魂樹之後，就在全力的培育著她，一號基地內的納威人也是在這顆變異的土之靈魂樹的控制下才成功的加入到人類陣營。
經過這次戰爭，納威人已經很難想象自己將要面對什麼樣的敵人。
接下來的幾天，毫無疑問的進入了短暫的戰爭空白期，這顆星球在用自己的方式儲蓄著力量，準備第二次攻擊。輪迴者也已經收到了任務完成提示，主神空間已經提示輪迴者可以提前返回空間。很多輪迴者已經在人類基地兌換了各種聲望道具和裝備，同時，經過一次殘酷的戰爭之後，很多人獲得了大量的獎勵。當然，勝利伴隨著死亡，除了被派出去劫掠傑克·薩利的孩子的輪迴者，剩下的十幾名輪迴者在這次戰爭中損失了將近一半。
連續的陰雨天是輪迴者來到這個劇情世界第一次看到雨天，略帶酸鹼性的雨水讓露天在外的所有生物都難以適應。所有人類和輪迴者都躲入了室內或者屋簷下，就連一號基地內的納威人也不例外。很多輪迴者在接到主神空間的提示後，已經開始準備迴歸空間，只有少量的輪迴者決定留下。
其中，主線劇情任務三給輪迴者的任務時間是整整一個月，如果能守住這座基地，後期的獎勵將極其豐厚。可第一場攻防戰就已經讓大多數輪迴者見識到戰爭的殘酷，很多人在活下來之後，根本不願停留直接迴歸主神空間。
獵人和喀秋莎留了下來，因為，喀秋莎的轉職任務還出現了後續的變化，變異的土之靈魂樹只是其中之一。土之靈魂樹變異之後，成長期相當漫長，好在有大量的能量供應減緩了這個過程。在此之前，喀秋莎已經將自己的一部分獎勵交付給獵人，剩下的一張陣營轉換卡也被交給了喀秋莎。
吟遊詩人查斯特·貝南頓也留了下來，狼人阿甘和那位狂戰士都留了下來，這幾位強大的輪迴者對自己的實力有相當的自信。不管為了劇情任務獎勵，還是要證明自己的極限，他們都表現出強者的優點。
大雨接連下了三四天，第四天晚上，納威人的夜襲悄然而至。大量的飛行編隊和陸地編隊同時展開了攻擊，在傑克·薩利的帶領下，趁著夜色直接突入了一號基地內。一號基地的警報裝置刺耳的轟鳴聲根本趕不上從天而降的納威人的攻勢，很快，整個基地到處響起了的廝殺聲和槍炮聲。
一號基地的城外，已經集結了大量的納威人的各種部落的混合編隊，這群納威人學會使用了各種攻城器械。高大的城牆已經很難阻擋這群善於攀爬的納威人，在這次突襲中，只有零星的阻擊對準攻城的納威人。
很快，四處城門被開啟，接著，那些潘多拉星的猛獸在納威人攻開城門後開始侵入一號基地四處廝殺。各種大型野獸在基地內造成了極大的破壞，很多機械裝甲被肆意破壞。人類和輪迴者根本沒法造成有效的防禦。被撕開無數口子的一號基地彷彿被脫光了的少女，被納威人和野獸無情的玩弄。
輪迴者早就帶著被控制的納威人和一些野獸圍在了變異的土之靈魂樹附近。這裡有一些簡單的防禦工事，是最近幾天輪迴者和人類冒雨修建的。簡單粗狂的戰壕在這片區域四處都是，地面上被挖的坑坑窪窪，很多地方都埋藏了大量的陷阱。人類躲在一些不易發現的地方，被土之靈魂樹控制的納威人早就混在基地各處不見蹤跡。
很快，整座一號基地就被納威人和潘多拉星的猛獸給佔據，除了變異的土之靈魂樹附近。
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很多人類劇情人物在被突襲之後慌亂的組織防守，很多人退無可退被殺死在基地的各處，那些藏起來的人類被那些猛獸從藏匿點找出殺死。還有一部分人撤到輪迴者據守的地方，在輪迴者的庇佑下活了下來，其中邁爾斯·誇奇上校就是其中之一。
這位傳奇的上校駕駛著一架武裝機械裝甲，靈活的操作著四處大殺特殺，周圍幾乎沒有一合之敵。
很快，在變異的土之靈魂樹周圍到處都是納威人和潘多拉星的野獸，密密麻麻沒有任何空隙的將人類勢力團團圍困在其中。在整個包圍圈方圓幾百米內沒有任何這個星球的生物踏入，彷彿有什麼忌諱一樣。
很快，傑克·薩利騎著他的魅影巨獸蝠魟龍從空中的納威人群中脫穎而出，然後，對著圈內的人類喊道，“給你們一個投降的機會，馬上從這個基地離開，納威人將不再是你們的敵人”
“人類叛徒傑克·薩利，你現在已經成為了納威人的走狗了麼”
“邁爾斯上校，你難得不為這裡和曾經死去的人類懺悔嗎”
“哈？作為種族叛徒的滋味如何，聽說你已經跟那個納威女人有了孩子，傑克·薩利，你真是人類之恥”
“邁爾斯，今天你無論如何也走不出這座基地，納威人會為那些在這裡死去在族人復仇”
“傑克·薩利，你可以走過來試試，我在這裡等你”
傑克·薩利與邁爾斯·誇奇上校在互相擠兌，被圍困在絕境的輪迴者當然不會放棄對生的渴望，在唯一的變異的土之靈魂樹面前，喀秋莎拿出了那張從獵人得來的陣營轉換卡，直接使用。其他的輪迴者們因為判斷為隊友的情況，在支付了一筆輪迴點之後，也享有了的同等待遇。
“輪迴者使用五星R級道具陣營轉換卡成功轉換所在陣營”
“可選陣營，潘多拉星納威人勢力，納威人在潘多拉星的聖樹土之靈魂樹的庇護下生存在這片土地上已經上萬年，納威人是土之靈魂樹在潘多拉星上的代言人，輪迴者可以在納威人的勢力接取劇情任務”
“輪迴者劇情主線任務變更”
“請輪迴者在轉換陣營之後，找到土之靈魂樹接取主線任務”
幾乎同時，輪迴者變換了陣營之後，周圍的野獸開始變得暴躁起來，雖然，他們並沒有展開進攻。但變異的土之靈魂樹彷彿不再是敵人，可邁爾斯上校就沒那麼好運了。
周圍的人類劇情人物瞬間被四處跳出來的猛獸給拖入獸群，幾乎瞬間連渣都不剩。這時候，邁爾斯·誇奇上校才開始慌亂，舉世皆敵不外如是。
在這個過程中，邁爾斯上校看到自己的一個手下拿著一個巨大的包裹朝著自己扔了過來，駕駛著武裝機械裝甲的邁爾斯上校想都沒想就揮舞著手中的長槍砸了過去。
接著，一團血肉從裡面掉落出來，在一旁的傑克·薩利看到眼前的一幕瞬間暴走，整個過程幾乎在瞬間發生。所有人都沒有反應過來發生了什麼，戰鬥已經進入了白熱化。
傑克·薩利直接控制自己的坐騎魅影巨獸蝠魟龍從空中直衝面前的邁爾斯上校，成為魅影騎士的傑克·薩利，展現出極強的戰鬥能力。兩人瞬間打得不可開交，佔據空中優勢的傑克·薩利卻不要命的發動攻擊，一時間強大的邁爾斯上校也被壓制著毫無還手之力。
在這種戰鬥中，幾乎沒有任何懸念，佔據被動的邁爾斯上校天時地利人和一樣都沒有，被整個潘多拉星球最強大的勢力團團圍住的他，就算是神也要飲恨於此。
戰鬥持續了很長時間，所有納威人都沒有打擾這場戰鬥，傑克·薩利在付出慘重的代價之後，終於將邁爾斯上校的機械裝甲給徹底擊碎。隨後的戰鬥一邊倒的傾向了傑克·薩利，不過，邁爾斯上校強大的力量還是給予傑克·薩利的坐騎魅影巨獸蝠魟龍致命一擊。這頭強大的飛行魅影巨獸蝠魟龍在傑克·薩利殘暴的控制下最後與邁爾斯上校同歸於盡。