宇智波斑為了實行月之眼計劃，將輪迴眼移植於千手一族的遠親漩渦一族的後裔——長門身上，希望日後長門能用外道·輪迴天生之術復活自己，而長門從此擁有了輪迴眼。
羈絆
哭泣的國家
第二次忍界大戰時期，兩名木葉忍者闖入長門家裡。誤以為長門的父母是敵人將其父母殺死。害怕的長門無意識開啟輪迴眼，將入侵者殺死。失去父母的長門從此過著流浪的日子...後來暈倒在路上被經過的小南救起，並把長門帶到了一個**裡結識了彌彥，同為戰爭孤兒的三人決定相依為命。[6]
一天三人走在路上險些被天上落下綁有**符的苦無擊中，隨後三人發現在不遠處雨隱之村的首領半藏正與三位木葉忍者（後來的木葉三忍）交戰。[7]當時淪為三大國主戰場的雨隱之村戰亂不斷。回去之後，長門和彌彥、小南為了得到力量使自己變強，能改變這個常期戰亂不斷的國家，決定跟之前和半藏交戰的三位木葉忍者學習忍術。於是三人一起開始踏上了尋找木葉三忍的旅途...歷經艱險，三人終於遇到木葉三忍。後來自來也決定留下照顧戰後孤兒，就當是對這個飽受戰火的國家的補償。
第二次忍界大戰結束後，雨隱之村還處於**時期，依舊有一些忍者為了搶奪食物財產甚至為了報復去騷擾雨忍村民，這段時間長門三人在自來也的教導下學習忍術。
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三年後，自來也看到三個孩子可以獨立了，把和平的重任託付給了長門就離開了他們。
摯友殞命
長大後的三人以彌彥為首創立了曉。立志不靠極端武力來創造世界和平，之後有許多人加入了這個組織，曉逐漸壯大並聲名鵲起。遠在木葉的自來也還偶爾聽到他們的戰鬥事蹟。中途宇智波帶土（此時身份為宇智波斑）曾經找過長門，並試圖拉攏長門等人，但被長門和彌彥拒絕。
被半藏暗算
當時的雨隱之村首領半藏受到志村團藏的蠱惑，害怕他們勢力的擴大會威脅到自己的統治地位，所以半藏欺騙他們說，想借用他們的力量，向火、風、土三大國提出和平的交涉提案（因為雨隱之村處在三大國的交接處，戰略地位非常重要，而且當時第三次忍界大戰十分激烈），彌彥答應了他的請求。
但是他們到了會談的地點，才發現這是個圈套，半藏勾結團藏，在會談地點埋伏，參與抹殺他們三個的還有木葉的暗部。半藏以事先擒獲的小南的性命作要挾讓長門殺了彌彥，彌彥為了救小南讓長門殺了自己。
在不知如何選擇之時，彌彥撞到了長門的苦無上，倒在了長門身旁。就當半藏要將他們全部殺死的時候，長門擋住了半藏的手下的所有攻擊，然後救下小南，雙腿中了半藏的火遁·起爆炎陣。眼見遭受欺騙，摯友又死在自己面前，在極度憤怒之下使用輪迴眼召喚出外道魔像，震驚了全場所有人。之後木葉的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取靈魂，半藏、團藏落荒而逃。
彌彥死後，長門成為了曉的首領，並使用輪迴眼製出了屍體傀儡佩恩六道，彌彥的遺體被長門製作成為佩恩六道之中的天道佩恩，用來統率曉組織。
青年長門
後來，半藏被長門控制的佩恩六道所殺，從此長門支配了雨隱之村。[9]
收集尾獸
宇智波斑死後，宇智波帶土（面具男"阿飛"）按照宇智波斑的吩咐和絕找到三人，自稱"斑"，試圖拉攏長門，但被彌彥阻止。彌彥死後，長門再次遭受失去重要之人的巨大打擊，他意識到之前找到的答案根本就一文不值。認定只要在這個被詛咒的世界，不會有真正的和平，人與人之間是永遠不會相互理解的，對和平的理解走上了極端。於是長門和宇智波帶土合作，計劃收集尾獸，開發新的禁術，製造尾獸兵器，獲得可以瞬間摧毀一個國家的力量，靠人類對那些痛楚的恐懼來抑制戰爭，以痛苦的方式引導世界，讓世界走向和平。曉也因此改變了性質，從原來的僱傭兵組織變成了一個由S級叛忍組成的邪惡組織。
與宇智波帶土合作
對戰自來也
自來也為打探曉首領的情報，潛入了雨隱之村。之後見到了佩恩及小南，這才知道原來曉首領佩恩是自己在第二次忍界大戰末期在雨隱之村所收的徒弟——長門。冷酷無情的佩恩已不再顧念師徒之情，師徒之戰一觸即發。自來也使出仙人模式，並召來兩位蛤蟆仙人（深作及志間仙人）相助，成功打敗了三個佩恩。但因之後不瞭解佩恩六道的能力，所以最終被佩恩六道打敗而犧牲。但最後自來也查出了佩恩六道及其本體的秘密（都是自己曾經遇到的忍者，佩恩六道均為傀儡忍者，受長門操控）。
摧毀木葉
佩恩六道襲擊木葉
佩恩和小南一起襲擊木葉捕捉九尾人柱力——漩渦鳴人。修羅道、畜生道、餓鬼道分為誘敵組；天道、人間道、地獄道和小南為探索組，開始了襲擊。[10]期間與卡卡西交戰[11][12]，並殺死了卡卡西[13]，在用人間道得知了鳴人在妙木山後[14]，控制天道來到木葉上空，然後用畜生道將修羅道、人間道、餓鬼道、地獄道還有小南通靈到木葉村外，不惜以縮短壽命的代價，執意使用神羅天徵將整個木葉隱村摧毀！之後佩恩六道與從妙木山趕回來的漩渦鳴人交戰。
佩恩六道被漩渦鳴人逐個擊敗後，鳴人在小南用紙製作的一棵大樹裡找到了佩恩的本體——長門，兩位預言之子終於相遇。[22]鳴人想要知道長門的過去，並想從長門的經歷找出和平的答案。[23]長門將父母之死及摯友彌彥之死一生兩大痛楚向鳴人講述後[23][7][24][25]，鳴人拿出了自來也寫的第一本書《毅力忍傳》。[25]《毅力忍傳》的寫作靈感來源於自來也的一個弟子，這個弟子正是長門。[9]經過一番談話後，長門被鳴人所感化，重拾少年時期的夢想[9]，放棄和宇智波帶土的原定計劃，用外道·輪迴天生之術復活了在佩恩一戰所死之人，將自己的意志託付給了鳴人後力竭而亡。
忍界大戰
第四次忍界大戰時期，長門被藥師兜用穢土轉生復活，並與宇智波鼬一起行動。後被兜控制與鳴人和奇拉比戰鬥。失去意識的長門，缺乏自主機動性。在吸收奇拉比的八尾查克拉後身體恢復了原來年輕的狀態，但由於腿上的傷，依然無法自如行動，兜便以通靈獸的輪迴共享視野彌補這一缺點，相繼捕獲鳴人與奇拉比，兩人危在旦夕。但最終卻因中了別天神而脫離兜控制、隱蔽起來的宇智波鼬從死角射出苦無破壞共享視覺共享而失手。之後長門使出地爆天星，鼬分析出地爆天星的特徵以及弱點並引導鳴人與奇拉比一起合力使用最強遠端攻擊忍術破解了地爆天星，隨即長門被宇智波鼬的十拳劍所封印。
穢土轉生
在臨死之際，長門恢復了意識，對自己的一生做了評價，充分認同師父自來也的第一部作品，給予了堪稱完美的評價；對自己的第二部作品給予了一般評價；並把希望寄託於鳴人，希望鳴人的第三部——完結篇，能夠完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。
最後，長門帶著希望，含笑而逝。首先，長門的目的是剝離鳴人體內的九尾，只要自來也還存在，那麼就會讓佩恩的失敗機率增加。大家不要忘了，自來也一個人就幹掉了兩個佩恩，要是他知道佩恩的情報，沒有被偷襲的話，他或許真的會逆襲。長門不希望自己的計劃出現任何的變數。
其次，他是為了防止情報洩露。如果長門單純只是不讓自來也幫助木葉的話，他完全可以選擇把自來也囚禁。可是他並沒有這麼做，就是因為他害怕有關自己的資料會流傳出去。自來也作為三忍，肯定有很多稀奇古怪的忍術。哪怕是把他綁起來，自來也或許都有辦法逃脫。所以，長門乾脆選擇快刀斬亂麻，直接殺死自來也以此來做到永絕後患。而且自來也其實也是比較決絕的，他有機會逃走，但是他為了獲取更多的情報所以才會選擇和佩恩死戰。只可惜他的這些情報並沒有為木葉提供多少幫助。
還有，長門並沒有大家想象的那麼善良。原來的那個長門的確是一個小天使，但是自從彌彥死去之後，原來的那個長門也死去了，現在活下來的不過是一個惡魔。當一個人真的舉起屠刀之後，他就很難再放下去了。自來也是長門和這世界之後的羈絆，當他殺死這個世界之後，他對這個世界就再約沒有懷念，而是可以安心繼續自己的復仇大計了。所以很多人說，長門是可恨的，同時又是可憐的。或許正是因為長門是那種純粹的人，所以他在正義陣營的時候才會非常的善良，而在化身為魔之後變得異常邪惡。
還有，就是劇情殺的因素了。其實從劇情上來說，自來也是完全可以不死的。但是為了營造那種悲涼的氣氛，為了促進主角鳴人的成長，所以自來也是必死的。他不是死在了佩恩的手中，而是死在了岸本的筆下。雖然很多人都希望自來也能夠活下來，看到鳴人成為忍界英雄。但是大家不得不承認，自來也在對戰佩恩的時候死去是最完美的。
為何長門在殺害自來也殺伐果斷，卻對雛田手下留情？難道插歪了？
相信大家都能領略到佩恩六道的殺伐果斷，這都是因為那些難以忘懷的經歷使他們成長，眾所周知自來也是佩恩六道的師傅，準確的來講是佩恩六道操控者長門的師傅，但是自來也的嘴遁不夠強，沒能引長門幾人走上正途，他們也是經歷了好幾個刺激，先前他們親眼目睹自己的母親被木葉忍者殺害，之後又看到自己的摯友彌彥倒在自己的懷裡，這致使他的內心想法也走上了扭曲。
因此他造出了佩恩六道，在曉組織一直貫徹的理念就是以戰止戰，佩恩這個名字就是意味著痛苦懲罰之意，而佩恩六道存在的意義就是為了讓痛苦的輪迴中孕育出長久的和平，讓世界感受痛楚，因此曉組織一直到現在，也都殘殺了很多忍者，他這是在用血肉鑄造和平，不過在佩恩殺害的的人民單上，卻對雛田手下留情，這又是為什麼呢？
在佩恩六道入侵木葉村的時候，木葉村的忍者盡數被佩恩六道殘殺，不過最終還是等到了鳴人出場，幾番戰鬥之後，佩恩六道只剩下天道一人，而鳴人則倒在地上，身上各處都插著黑棒，不過卻很巧妙的避開了要害，這也是為了抑制鳴人的行動，真正的目的是獲取九尾尾獸。
這時候日向雛田登場了，目的就是為了保護鳴人，明知自己弱小的實力卻依舊站了出來，明知道自己面對的是神，而自己卻毫不猶豫的邁前一步，在經過一段對話之後，操控天道背後的長門也明白了雛田的執著，幾番試探之後，也對雛田手下留情，有幾下應該不是插歪了緣故吧。
這其實是因為長門在雛田身上看到了自己和摯友的影子，這種不畏生死的意志也在彌彥身上看到了，當時彌彥死在自己懷裡的時候，也是為了大義犧牲的，當時他應該也想起了創辦曉組織的初衷，內心也是有一絲的動搖，之後長門復活木葉村的忍者，應該有一部分是雛田的功勞。
佩恩有一個比較有趣的設定，那就是6個佩恩居然都是自來也曾經認識的人，長門從小到大經歷的戰爭無數。死過的夥伴也不少，那為啥選這六個佩恩呢？如果選的是自來也不認識的人，自來也估計也猜不透佩恩一共有6個。不少人就猜測，那是不是長門有意戰敗而提前用這種含蓄的方式給自來也暴露自己的秘密呢？
個人覺得吧，這種猜想並不能成立。首先，佩恩為何要故意敗給自來也？對戰之時，他們二人人生觀是完全相悖的，自來也主張理想拯救世界，長門認為武力才能維護和平，雙方誰都沒說服誰，於是只能用拳頭維護自己的信念。長門對自來也可謂毫不留情，處處殺招，自來也亦是如此。更何況帶土還沒搞到九尾，長門有利用價值，帶土絕不可能與其翻臉。無論從哪個角度來講，長門沒有故意戰敗的理由。
其次，佩恩敗給自來也能得到什麼。長門接手曉是完成彌彥的遺願，彌彥理想派的結局他看在眼裡，此刻的他就如同前面說的，與老師的主張完全相悖，更何況自己在五大國犯了那麼多大案要案，別的不說，窩藏s級叛忍這一條五大國得輪流揍他，此時他戰敗給自己帶不來一點好處。從他接管曉那一刻起，註定無法回頭，要麼自己**掉計劃挫敗；要麼自己達成心願世界和平。從這個方面來看，也長門詐敗同樣不成立。
那為什麼長門要挑選自來也認識的忍者製作佩恩六道呢？答案很簡單，一個字，緣。當然這種緣並非單純地彩票機率一般的巧合，與自來也人生經歷有著脫不開的關係。自來也戰死之時已經五十四歲，除去前二十幾年的戰場生涯，其餘三十多年皆在忍界四處遊歷寫書。
三十年啊，就算一天走一里也足可以把五大國轉個遍，這麼豐富的旅遊經歷讓他得以結識更多優秀的忍者。從回憶來看，這些忍者均與自來也進行過交流，只不過他們心中沒有自來也想看到的改變世界的決心，因此才沒把他們放在心上。
不過這些被製成佩恩的忍者也並非等閒之輩，否則沒資格與老練的自來也相談甚歡。可以這樣講，即使長門用的不是這幾個人，自來也同樣能認出他們，因為他的人生經歷實在太豐富了！