因為他心慈手軟？別開玩笑了，他可是三代火影，那個拿寧次父親的命去和雲隱村交易的男人，團藏和根一旦不守規矩，他說圍就圍，說撤職就撤職。但日斬從來沒有因團藏作惡治他罪，只在他不聽話時才會敲打他—比如企圖行刺、私藏木遁忍者、提前對宇智波動手，這恐怕因為日斬和團藏根本就是一體同心的。
在宇智波滅族這件事上，日斬雖然口頭反對，但他的動作可不比團藏少：令止水監視族人，令卡卡西探查敵情；在宇智波即將叛變時，調集暗部大軍在第二時間殺到；之後又密會鼬，讓他去曉做間諜。最後鼬背上了血洗宇智波一族的罪名，被整個木葉通緝；團藏成了幕後推手，後被佐助追殺；而日斬作為時任火影，竟然能夠獨善其身、一塵不染，這都多虧團藏主動背鍋，又怎麼會重罰他？
村子是為消除家族隔閡而建立的，木葉容不下任何一個封閉、強勢的家族。柱間："無論是誰，只要敢與村子為敵，我就絕不原諒！"初代和二代火影的意志，日斬和團藏作為他們的徒弟，一脈相承。好人你來當，壞事我來做，有鍋我來扛，這就是團藏，黑暗中的另一個"三代火影"！
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"你是陽光下的火影，我是埋在土裡的根"，這句作者給他倆的定義再準確不過了。只是黑暗的價值在於襯托光明，團藏的價值必須透過日斬來體現。然而後來日斬為了村子犧牲了，團藏的黑暗也就失去了意義。
他想要效仿二代火影扉間老師，自己變成光，但他又沒有扉間、日斬那樣的勇氣，他早已被證明沒有成為火影的資格。因此當他放棄"在黑暗裡守護木葉"，把新任的五代火影綱手視為政敵，甚至把"為了村子"的底線當成謀逆的擋箭牌時，他就註定會失敗。
擁有"忍者之暗"威名的團藏，是如何從一個隱退元老，在追逐權力的過程中身敗名裂的？
從二代火影犧牲，到宇智波事件結束，正是忍界接連爆發三次大戰，木葉村外有強敵，內有叛亂的時期，村子需要一個能夠揹負黑暗，不擇手段剷除威脅的人。但隨著戰亂結束，不再有那麼多"必要之惡"需要團藏去執行了。宇智波滅族後，日斬解除了團藏火影輔佐一職，這本是他就此隱退的最佳時機，但多年後，隨著日斬在與大蛇丸的戰鬥中犧牲，一度銷聲匿跡的團藏再度復出了。
自從日斬當上火影，團藏在木葉村的地位一直都是一人之下，他偏執的認為能夠在歷次戰爭中保住村子，都是他"在黑暗裡守護木葉"的功勞，他不甘心作為根，揹負黑暗爛在土裡，他也想當火影，被刻在巖壁上沐浴陽光。年輕時的他離火影之位也不過是失之交臂，現在日斬死了，也該輪到他了。
但沒想到自來也突然迎回綱手公主出任五代火影，光明磊落的綱手對團藏這種陰險狡詐的人不屑一顧，他們二人從思想到做派，完全不合。比如對於佐助叛離木葉，投奔大蛇丸的事，這要放在以前，團藏早下令清理門戶了，但綱手對其網開一面，甚至沒有把他列為叛忍。
再比如對於九尾人柱力鳴人的安排，以團藏的主義，人柱力就是村子的兵器，應當嚴加看管，不許離開村子半步，但綱手把鳴人視為家人，不僅沒有限制他的活動，還放他去和曉組織戰鬥。團藏覺得綱手就是個感情用事的白痴火影，自己必須像以前那樣執行"忍者的鐵律"。
此時鳴人小隊正要去調查大蛇丸的情報，於是團藏請門炎、小椿出面，以保護人柱力為由，要安插一名部下過去。綱手面對自己爺爺委任的元老們，只好接受，而那名部下就是團藏一手帶大的佐井。佐井表面上是保護（監視）鳴人，實則攜帶了一封木葉暗部的絕密檔案，以此換取大蛇丸的信任，並伺機除掉他的轉生容器佐助，可謂一箭三雕。這的確是團藏的作風，心機重重、又不計代價。
但團藏做事一向不能如願，佐井不但任務敗露，還被鳴人的嘴遁所感化，看到回村後的佐井一臉純真的笑容，團藏意識到跟大和一樣，又白養了。
由於團藏盜取村子機密，還險些洩露給敵人，綱手將他嚴密監視了起來。團藏只能收斂行為，直到佩恩打進了木葉村。在這場關乎木葉存亡的危機中，團藏令手下的根組織按兵不動，他的部下勸他："如果村子滅亡，一切都毫無意義了。"團藏卻回答："為了讓我成為火影，這是必要犧牲。"他竟把村子的危難視作攫取權力的機會。最終木葉被夷為平地，他和根毫髮無損。
若說團藏此前的所作所為，出發點是"為了木葉"，那這次他無疑把私心遠遠擺在
在這場關乎木葉存亡的危機中，團藏令手下的根組織按兵不動，他的部下勸他："如果村子滅亡，一切都毫無意義了。"團藏卻回答："為了讓我成為火影，這是必要犧牲。"他竟把村子的危難視作攫取權力的機會。最終木葉被夷為平地，他和根毫髮無損。
若說團藏此前的所作所為，出發點是"為了木葉"，那這次他無疑把私心遠遠擺在了村子前面。不過團藏也未必是貪生怕死，視村子存亡於不顧，將其在佩恩入侵時做的所有事聯絡起來，會發現他也有一套自己的作戰計劃。
團藏首先掌握了敵人的情報，他知道來者是曉的首領，目標是九尾人柱力，而鳴人此時正好在秘境妙木山修習仙術。在他看來，只要敵人發現九尾不在木葉，自然會退去。當時木葉村的戰力並不集中，凱班、大和、紅豆等多名上忍都在村外執行任務，確實不宜和曉組織決戰。
然而戰鬥剛一開始，綱手便下令召回鳴人。團藏的計劃被打亂，於是找到門炎、小椿，請他們阻止綱手，但綱手沒有理會兩位元老的勸阻，她相信鳴人的力量，想讓他和村子並肩作戰。綱手的想法固然沒錯，村子的命運應該掌握在自己手中而不是敵人手中，但召回鳴人的舉措卻像是賭博，賭鳴人能夠戰勝敵人，一旦失敗就沒有退路。
而對於團藏來說，敵人是不久前殺害自來也的曉組織首領，實力之恐怖無法估量，鳴人只是個下忍小鬼，叫他回來豈不是白給？在不瞭解主角光環的情況下，團藏做出讓鳴人留在妙木山的判斷也很合理。
團藏作為"忍者之暗"，習慣了在三代火影時期擅自行動，面對綱手的無視，他暗下黑手，刺死了聯絡鳴人的青蛙。團藏："這樣一來九尾就安全了"，他自以為又是在"黑暗裡守護木葉"。
隨後團藏潛入地下，令根組織不要出手，按照他的設想，敵人很快就會發現九尾不在木葉，轉向妙木山，他捨不得讓自己的勢力上去當炮灰。他也不擔心村子會在短時間內被摧毀，綱手是日斬的徒弟，是他看著長大的，他很清楚她的能力："只要那個女人使出蛞蝓之術，大家就不會都死掉。"雖然難免會有傷亡，但對於不擇手段的團藏來說，這些犧牲正好可以作為問責綱手的藉口，團藏："為了成就我當上火影。"
但團藏做事一向不能如願，他知道敵人很強，可沒想到竟強到能將木葉瞬間夷為平地；他以為對鳴人封鎖了訊息，卻沒想到蛤蟆仙人正好來木葉買菜，直接把他通靈了回來；他更沒想到士別三日，鳴人竟然學成仙術，真的將佩恩打敗了。於是結果看上去，就像是團藏刺死了青蛙，耽誤了鳴人拯救木葉，導致村子幾乎被摧毀，但實際上後面的事沒有一件是團藏能想象的到的，他算是歪打正著的把鍋背上了。
戰爭結束後，綱手因解放陰封印，陷入了深度昏迷，木葉村不能沒有村長，於是團藏趁機當上了火影。打起來的時候沒他，打完了又出來拉仇恨，這劇情的確厚顏無恥。但團藏的字典裡從來就沒有"臉面"二字，他自負的認為只有他當火影，才能守護木葉、除掉曉組織、一統忍界。
不過團藏只獲得了大名的任命，尚未透過"上忍信任投票"，只能算"代理火影"，為了得到村裡忍者們的信任，他打算好好表現一番。正好此時雲隱村派來使者，說是曉組織的人抓走了他們的人柱力奇拉比，雷影正要在中立國召開五影會談，商議如何對付曉。團藏意識到這是天賜良機，倘若能在會談上取得成果，別說得到村裡忍者們的承認，就連一統忍界的理想也能一蹴而就。而他所依仗的，就是多年前從止水那裡奪來的，能夠在不知不覺間改寫他人意志的幻術別天神。團藏帶上了根組織裡最強的兩名部下，出發了。
在前往會談的路上，他們遭遇了敵國暗部的襲擊，從暗處走到明處，曾經樹立的仇敵自然會找上門來。這些炮灰僅僅充當了團藏初露實力的靶子，但還有一個致命仇家盯上了他，那就是宇智波佐助。此時佐助剛從帶土那得知，當年宇智波被滅族的大部分真相，他將全族的仇、哥哥的仇算在了木葉高層頭上，而首當其衝的就是團藏。在帶土的引導下，佐助正帶著鷹小隊襲來。
五影會談開始後，團藏表現的很低調，但其實他已經悄悄發動別天神，控制了會議的主持人，中立國鐵之國首領三船。在團藏的有意引導下，話題逐漸走向建立忍者聯軍，他適時丟擲了"曉組織首領很可能是宇智波斑"這個駭人的情報，其他四影果然被震懾，紛紛同意聯合起來對抗斑。只是群龍不可無首，該由誰來指揮聯軍？
三船在團藏的控制下提出了建議："風影太年輕，土影又太老。霧隱村曾被曉控制，難以信任，雷影太暴躁，不利於團結。"一圈排除下來，就只剩團藏了。
三船："如今曉的目標只剩下木葉的九尾，不如就讓火影來指揮聯軍？"團藏按捺住內心的狂喜，故作謙虛的說："那我就受之有愧了。"團藏畢竟善於玩弄權謀，這次五影會談，他的表演可以說毫無瑕疵。
只可惜團藏做事一向不能如願，水影的一名隨從，居然擁有木葉日向一族的白眼，而且恰巧在戰場上遇到過止水，一眼便認出了他的眼睛。團藏的陰謀被揭穿，頓時成為眾矢之的。
解開幻術的三船遺憾的說："就算你不用這種手段，我也多半會推薦你的。"團藏則說："多半可不夠，為了保護忍者世界，我什麼手段都願意用。"可惜這只是一句漂亮話，隨後佐助和曉闖入會場，團藏第一時間就趁亂逃走了。
然而他雖然擺脫了佐助，卻無法擺脫帶土。帶土以一條手臂的代價幹掉他身邊的兩名隨從後，將佐助和香燐放了出來，讓他親手報仇。面對包括"斑"在內的三名敵人，團藏單憑伊耶那岐，保住性命應該沒有問題，但他這次沒有打算逃跑，而是想將敵人一舉消滅，只可惜團藏做事一向不能如願。
這一戰主要是團藏和佐助的單挑，但帶土在一旁形成了很大的威懾，以至於團藏一直在保存實力，留著對付帶土；此外香燐對佐助重傷時的治療也影響了戰局。
戰鬥開始前，先看看雙方的實力。佐助不久前開啟了萬花筒寫輪眼，左眼是能從視點處引發黑炎的天照，除雷影外還沒有人能避開；右眼則是能夠控制黑炎變化的加具土命，並且他已經能夠使用外掛級瞳術須佐能乎。
但要說寫輪眼，團藏在數量上形成了碾壓，除了止水的眼睛，他的右臂上還移植了十顆寫輪眼，這都是當年宇智波滅族時，他從屍體上搜刮來的。為了能夠駕馭這麼多寫輪眼，他還在右臂上移植了柱間細胞，這是當年他和大蛇丸一起研究木遁的成果。此外團藏自身的風遁忍術也很強，其威力足以切開須佐，恐怕僅次於鳴人的螺旋手裡劍了。他甚至就連體術也還不錯，可以說是實力與外掛兼備的全能型選手。只是可能由於他很少親自動手，戰鬥技巧實在堪憂。
動手前，佐助問團藏："當年下令抹殺宇智波一族的，就是包括你在內的木葉高層嗎？"他要確認帶土說的是不是真的。團藏趁他說話間偷襲，但被須佐能乎一手擒住，他明白了佐助為什麼要殺自己，不過他以為是鼬洩的密。