此刻團藏的身後突然出現了幾個人，看著面前團藏的狀態，有人提議對著疾風施展進攻，這個時候團藏直接果斷拒絕，團藏比誰都清楚，現在這些人去找疾風就是一個字死。
這邊的疾風進攻過一次之後，感覺到自己身體的疾風完全承受不住自己身體的力量，疾風也是沒有想到現在的狀況，但是疾風一直強忍著，
因為疾風能夠清晰地感受的出來周圍有團藏的人，所以疾風不能夠露出任何的一點破綻，直接上來對疾風施展進攻，那個時候疾風真的是自找沒趣，更加重要的一點是什麼？
還有一個非常重要的問題，現在疾風根本就沒有可能在進行戰鬥力。
而站在一旁的佐助這一刻看著疾風的眼神真的是不一樣了，現在疾風的實力已經顛覆了佐助的三觀，要是以前佐助對於疾風的認知是什麼狀況，僅僅是一個優秀的忍者，知心的大哥，但是剛才的一刀，佐助雖然是站在疾風的背後，
但是這一刻疾風真切的感受到了死亡的恐懼，自己的周圍流動的氣流，彷彿一把巨大的飛刀，只要自己隨便一動，自己的身子恐怕就是身首異處，所以佐助在這一刻非常的震驚看著面前的一切，剛才疾風的那一擊絕對不是正常的人難以比擬的。
現在佐助算是真正的人知道疾風的實力，現在算是明白疾風對自己的認可或許真的可能實現。"疾風大哥，沒有想到你竟然會這麼強大？"
"強，這個世界沒有最強只有更強，你現在所見到的忍者太少了，等你長大之後會見到更多的強者，我只不過是滄海一粟。"雖然聽了疾風這樣說，但是佐助明白疾風的實力可能真的和自己的哥哥一樣強大，佐助明白那個人是團藏，是很有可能是和三代目一個級別，疾風自然是沒有去理會佐助在想些什麼，兩人加快腳步返回木葉，疾風感覺到自己身上的傷勢在不斷的加重，中途基本上是沒跑幾步就要咳嗽一下，疾風是儘量的剋制不讓自己的疾病發作，但是有些東西不是疾風能夠抵抗的了得，不過最後的結果還是非常不錯的，兩人最終安全的返回木葉。
這時大蛇丸注意到了一個正在崛起的神秘組織"曉"，於是派兜去調查底細。兜用雙面間諜的身份打入曉，成為了蠍的部下，並故意透露了大蛇丸的情報，吸引蠍和佩恩上鉤，其實大蛇丸打的是佩恩輪迴眼的主意。但佩恩的實力超乎想象，大蛇丸眼看玩砸，於是順勢請求加入曉，為組織效力，恰逢曉組織缺人，就收了這個危險人物，於是大蛇丸又多了個身份—曉組織的"空"。
或許是因兜的助力，或許是因曉組織的資源，這段時間，大蛇丸的科研取得了重大成果，不但穢土轉生之術接近完成，而且還開發了一種能夠奪取他人身體的禁術—"不屍轉生"，雖然這個術的CD長達數年之久，但憑藉這個術，大蛇丸已然實現了永生，可以說往後只要他自己不作死，就能夠用永恆的生命探尋他想知道的真理。
可惜理性與求知慾並存，當看到鼬的寫輪眼，他又按奈不住自己的慾望，正好擁有奪取他人身體的禁術，正好鼬又來到自己的面前，他想要立刻領略寫輪眼的風景。結果大蛇丸低估了鼬的實力，冒然發動的攻擊被鼬輕易反制，如果不是兜趕來救援，大蛇丸的永生之路恐怕剛開始就要夭折了。
擅自對同伴出手，這曉組織顯然是待不下去了，於是大蛇丸又叛離了曉，但很快就遭到了蠍和迪達拉的追殺。這一戰可以看作大蛇丸的一次實戰演練，這是他初次嘗試穢土轉生，復活了三代風影作戰，雖然效果十分完美，被復活者不但擁有靈魂和生前的力量，而且還有不滅之軀，但控制力卻不夠，會被輕易掙脫，於是大蛇丸在蠍和迪達拉面前遁走，進行穢土轉生之術的改良。
之後又過了數年的積累，大蛇丸實現了當年對兜說的話，他們建立了音忍村，培養了一批忍者，大多是各國流離失所的孤兒，因大蛇丸的意志聚集在了一起。大蛇丸給其中的精銳移植了地之咒印，也就是以君麻呂為首的"音忍五人眾"，再加上北方據點的重吾，南方據點的香磷，音忍村的實力迅速壯大，甚至成為了被各國承認的村子，出現在了版圖上，當然了，人們並不知道音忍村的首領是大蛇丸。
此時大蛇丸的穢土轉生之術也已改良完成，同時找了一個年輕貌美的女性進行了不屍轉生，大蛇丸的勢力達到了巔峰期，這時，他開始打木葉村的主意了。也許是為了報父母之仇，也許是與團藏有暗中交易，也許是想引發戰爭，讓自己的勢力崛起，也許只是想向世人展示自己的研究成果，出於種種目的，大蛇丸動用了全部力量針對木葉。他和君麻呂一起幹掉了四代風影，並用易容術偽裝，以風影的身份控制了砂忍的力量，趁著木葉中忍考試的契機，以參賽的名義，讓音忍和砂忍開進木葉村，而大蛇丸本人，喬裝打扮後，也終於出現在了鳴人、佐助的面前。大蛇丸此去木葉，除了守家的重吾和香磷，可以說是傾巢而出了，光是參加考試的就安插了三隊人馬，一隊音忍的炮灰，一隊偽裝成木葉的兜小隊，同時自己也易容後親自參加考試。
這就是他在劇中第一次登場的形象，多年之後重返木葉，他果然還是惦記著自己的學生紅豆啊。至於他親自參加考試、並遇到佐助顯然不是偶然，大蛇丸的轉生術使用間隔長達三年，此時已經到期，需要尋找下一個容器。大蛇丸對寫輪眼垂涎已久，在曉時就曾對鼬出手，奈何打不過，於是目光自然鎖定到了鼬的弟弟，年幼的宇智波家倖存者佐助的身上。大蛇丸此次木葉之行，很重要的一個原因就是為了得到佐助。
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中忍考試第二場，大蛇丸很快就找到了佐助一行人，僅憑眼神迸發的殺氣就讓他們無法動彈。以他的實力，要殺此時的三位主角易如反掌，但他並沒有這麼做，甚至在發現鳴人是人柱力後，看到九尾的查克拉洩露，他還在上面加了道五行封印。雖然對鳴人來說擾亂了他的查克拉，但對木葉村來說，加固封印顯然是一個有利的做法，如果大蛇丸真心想毀滅木葉，應該解放九尾，或是帶走鳴人才對呀。
中了封印術的鳴人失去了意識，小櫻也不是戰鬥型忍者，場上只剩下了佐助。佐助還有家族大仇未報，不甘心束手待斃，危機之下寫輪眼進化出了雙勾玉。大蛇丸饒有興致的測試了一番佐助的實力，這一段體術較量非常精彩，2003年的作畫竟有如此水準，這種人物略微變形，動作粗放得有些抽象，同時注重技巧與忍術、忍具配合的火影式打鬥風格，在這裡第一次呈現。但佐助的體術還是太稚嫩，很快被大蛇丸打趴，最後佐助利用起爆符製造機會，拉出鋼絲，用操手裡劍之術加火遁·龍火之術將大蛇丸釘在樹上，做了一道木炭烤蛇。
但這套華麗的操作並沒有實質作用，大蛇丸面不改色的掙脫了鋼絲，用束縛術輕易定住佐助，並在他後頸咬了一口，種下了咒印。這是理論生還率只有十分之一，實際生還率二分之二的天之咒印，寄宿了大蛇丸的靈魂力量，甚至可以從這個咒印中復活。面對全部倒地的三位主角，大蛇丸沒有再出手，而是離開了。
在大蛇丸休息時，另一位天之咒印擁有者，他在木葉時的徒弟紅豆找上門來。大蛇丸跟她打了個招呼："好久不見啊，紅豆。"但紅豆卻說："你已經是被通緝的S級叛忍，哪怕賭上性命，我也要在這裡打敗你。"大蛇丸淡淡的說："你辦不到。"
紅豆用潛影蛇手抓住大蛇丸，並結了雙蛇相殺之印欲與他同歸於盡，這時大蛇丸的聲音從背後響起："紅豆，你想自殺嗎？那是替身。"紅豆這才發現自己差點與一灘爛泥同歸於盡。在咒印的壓制下，紅豆只能跪地，大蛇丸走到她身前，親切的撫摸著她的臉頰，看來師徒久別，熱情如斯。
一番交流後，大蛇丸離開了，紅豆立刻會見三代火影商議對策，此時他們還不清楚大蛇丸籌劃了戰爭，因此只是加強了戒備，並沒有中斷這場各國大名都來觀看的盛會。
後在卡卡西封印佐助的咒印時，大蛇丸再次出現，可能是擔心自己未來的身體有什麼閃失。看到咒印只是被封邪法印抑制，大蛇丸放下心來，面對卡卡西"同歸於盡"的威脅，大蛇丸只是說："如果你能做到，那就試試。"便頭也不回的離開了。其實早在大蛇丸叛逃木葉的時候，還在暗部的卡卡西就曾奉命攔截他，他們之間有過一戰，那時大蛇丸無論實力還是氣勢，都徹底碾壓了卡卡西。這麼多年過去了，面對大蛇丸，卡卡西還是頗為忌憚。
之後，中忍考試第三場終於開始了，這也是大蛇丸計劃中發動進攻的時機。在這場考試中，大蛇丸偽裝成風影，堂而皇之的坐在三代火影身邊。大蛇丸對三代說："您的年紀也不小了。該早點決定下一任火影的人選了。"三代大笑著說到："我覺得自己還能再幹五年呢！"他沒有發現此時"風影"的眼神殺意已決。
比賽起初看起來一切正常，但暗中大批音忍和砂忍已在木葉村外圍集結，兜也偽裝成暗部，和其他音忍潛伏在會場，接下來到了我愛羅和佐助的比賽。
我愛羅正是大蛇丸行動的重要一環，原計劃是在比賽中釋放一尾砂之守鶴，並以此為訊號，裡應外合，一舉征服木葉。可是沒想到，比賽中我愛羅竟然被佐助的千鳥所傷，導致無法解放尾獸之力，不得已，大蛇丸只能跳過這一步，直接開始行動。隨著兜施展大範圍幻術，讓會場裡的普通人全部陷入沉睡，大蛇丸與三代火影四目相對，殺意奪眶而出。
一枚***在看臺上**，煙霧中，大蛇丸挾持了三代，跳上房頂，同時潛藏在四周的音忍四人眾立刻跟上，聯手施展四紫炎陣，將木葉的援兵隔絕在陣外，大蛇丸與三代形成了1V1的局面。這時兜和會場內潛伏的其他音忍全部露面，牽制住了卡卡西等人，而村外的砂忍通靈出三頭巨蛇，擊破了木葉的城牆，攻入村內，木葉村頓時全面陷入戰局。
此時三代終於識破了大蛇丸的身份，當年一時仁慈放走的愛徒，現在終於回來要取自己的性命，三代問他："為什麼要進攻木葉？你不是個會因怨恨而行動的人。"大蛇丸說："我看到會動的東西就覺得有趣，看到不會動的就覺得無趣。我想用摧毀木葉這陣風來轉動靜止的風車。"兩人間的決戰正式開始。
一番試探後，三代脫下了斗篷，已是全副武裝，看來三代預料到了今天可能會有戰鬥，而大蛇丸直接使出了剛完成的穢土轉生之術。隨著對方召喚出寫有"初"和"二"的兩具棺材，三代暗道一定要阻止第三具，第三具寫著"四"的棺材果然沒有召喚成功，不過這應該不是三代的作用，而是因為四代的靈魂已被封印，無法進行穢土轉生。
雖然四代沒有召出，但光是初代和二代就不是他能對付得了的，所幸大蛇丸的這次穢土轉生精度不高，與他們生前的實力相去甚遠。不過三代已經年邁，實力也是大不如前，以一敵三，無論忍術還是體術都全面落於下風。當三代被樹界降臨困住時，他用盡全力通靈出了猿魔王，雖然爭取到了喘息之機，但仍然毫無勝算。
性命的忍術！就讓我們的靈魂一起，在死神肚子裡永遠鬥爭下去吧。"