就在圓滿解決郵局大盜案件的第二天，11月7日，警視廳發生了一件大事。
一波剛平，一波又起。
這一天，阿笠博士帶著參與了郵局大盜案件的孩子們來到警視廳，作為證人做筆錄。
佐藤美和子警官帶著孩子們做完筆錄後，和高木警官會合，卻一起目睹了又一場爆炸——
白鳥警官在告訴高木爆炸案的始末經過後，在開車準備離開時，他的車爆炸了。
雖然白鳥任三郎很快做出了反應，但還是慢了一步，遭受了重創，因為急性硬膜下血腫而被送到了醫院搶救。
而他被送到醫院前最後留下的東西，則是一張紙，一張和三年前爆炸案事前收到的預告傳真一樣的紙。
三年前，警視廳也收到了歹徒的傳真，上面的內容是關於下次爆炸將要發生地點的暗號。
而一心為好友萩原研二報仇的松田陣平守在警視廳搜查一課，第一時間便破解了暗號，趕往暗號指向的摩天輪。
當他登上摩天輪，並且即將要熟練地拆除掉炸彈的時候，炸彈上的液晶屏卻突然出現了一行字。
【勇敢的警察，我要稱讚你的勇氣，讚美你……在這個炸彈爆炸的前3秒鐘，我會顯示一個提示，告訴你另外一個更巨大的煙火的位置，祝你奮鬥不懈……】
也正是因為這樣，松田陣平停下了已經完成一大半的炸彈拆除，守到即將爆炸的最後一刻然後被炸死，只為了將消息傳遞出去，保護無辜的民眾。
這件事也成為了佐藤美和子心中永遠的遺憾。
而這次貼在白鳥警官車內的紙上，則寫明了“比賽開始的訊號是在明天正午時分，結束是下午3點。”
整個警視廳都被排程了起來，以應對這一名喪心病狂的炸彈歹徒。
而在整整一夜的搜尋排查後，警方仍舊一無所獲。
就在距離爆炸時間越來越接近的緊要關頭，載著少年偵探團一行的高木涉受到了神秘柯學力量的指引，發現暗號中“登上染血的投手丘”指的就是東京塔。
等到他帶著孩子們趕到東京鐵塔的時候，便發現東京塔的電梯已經發生了一次輕微爆炸，現在無法執行。
當高木將這個狀況報告給佐藤警官後，三年之前的慘劇再次浮上佐藤美和子的腦海，她用命令的語氣讓高木在原地待命，等待她的到來。
因為她再也不想看到有身邊的人離她而去了。
在看到高木喬裝的模樣時，她之所以那麼激動，是因為她從眼前的高木身上看到了自己父親和松田陣平的影子，還有一個隱隱約約的死神正要收割高木的生命。
可高木在這時，卻正好聽到圍觀的人們正在討論說，有一個小孩子被困在了電梯裡面。
高木回想起由美對他說過的“你千萬不能讓美和子遭遇到任何危險”，這位被灰原哀稱為“濫好人”的警察終於下定了決心。
他決定不聽佐藤美和子原地待命的指令，自己一人先前往發生爆炸的電梯處，檢視情況。
而柯南自然也跟在他的後面，並囑咐灰原看好車和步美光彥元太三人。
結果，兩人剛剛把困在電梯裡的小女孩救出，藏在暗處、一直關注著現場狀況的歹徒便聽著新聞播報的情況，按下了手中的起爆裝置。
於是，和三年前松田陣平被困在半空中的摩天輪裡一樣，柯南和高木兩人如今被困在了東京塔的電梯中。
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而與那時一樣的，除了被困之外，還有著一個近在咫尺的炸彈。
這是一個連同整個東京鐵塔都會炸個粉碎的大型炸彈，因為剛才的爆炸產生的震動，啟動裝置的水銀杆已經開始了運作。
一個小時四十分鍾後，炸彈就會爆炸。
危急之中，由於稍微一點小震動就會引爆炸彈，而且炸彈旁還放置著歹徒安裝的竊聽器，柯南提出，要讓他來拆除這一枚炸彈。
時間一分一秒過去，爆裂物處理小組的人員也已經到達了電梯處，用繩子吊著用於拆除炸彈的裝置，放到了站在電梯頂上的柯南手中。
由於這枚炸彈的結構和前幾次的幾乎沒有差異，在警方專業人員的指示下，柯南很順利地進行著炸彈的拆除。
但是當時間還有五十多分鍾的時候，一行小字在螢幕上出現，映入柯南眼中，使得他當即臉色大變。
那是和三年前一樣的、惡魔低語一般的字眼。
【勇敢的警察……】
“高木警官，我有事情要跟你商量一下……”
……
灰原哀坐在副駕駛的位置上，身旁開車的是臨時被叫過來的千葉警官。
而後座上的光彥和元太一臉憤怒地抓住千葉警官的衣服向後扯，希望他能往回開。
步美眼含淚水，回頭望著東京塔的方向。
如今炸彈爆炸時間只剩下四分鐘，高木警官和柯南還是沒有從東京塔裡出來。
聽高木警官說過三年前事件的她已經大概猜到，今天彷彿就是三年前那一天的復刻一般。
那個對警方懷有強烈恨意的歹徒，當然不可能放過這麼好的機會。
她透過車窗看到佐藤警官幾分鐘前與被困在電梯裡的高木通話時的神情時，她就已經明白，那兩個被困住的人應該已經決定留在電梯裡，用自己的生命換來下一個爆炸地點的資訊。
經歷了這麼長的時間、形形色色的案件，江戶川柯南在她心裡也像是步美、元太、光彥一樣，是值得信賴的好友。
同時，也是和她有著相似遭遇的人，是一個有人在等待著他回去的傢伙……
下意識間，她拿出口袋裡的手機，在通訊錄中找到了一個電話號碼，撥了過去。
讓她沒想到的是，電話很快就接通了。對面傳來一陣嘈雜的聲音，似乎是在大街上。
她沉默了一秒，壓低聲音對電話那頭說道：“工藤他可能就要死了。”
“放心吧，那小子不會被炸死的，不用擔心。”
源槐峪的聲音傳來。
“你知道這裡發生的事？”灰原哀一愣，“你現在在哪裡？”
“我啊……”
源槐峪手握方向盤，看著昏倒在副駕駛座上不省人事的男子，愉悅的笑了。
“我就在這個炸彈犯的邊上。”
“先掛了啊。”
“我正要殺他呢……”