不出所料，熬夜看比賽的小智，成功錯過了挑選初始神奇寶貝的時間。
穿著一身睡衣跑到大木博士研究所，小智的嘴裡嚷嚷道：
“大木博士，請給也妙蛙種子！！”
“小智，你怎麼現在才來！？”
“這個不重要，快給我妙蛙種子！！”
“寶貝球留在桌子上面，你自己去拿吧。唉～”
看完比賽，小智的心中全是在最後一場比賽中大發神威的妙蛙花。
“出來吧，妙蛙種子！”
“啊！？”
空空如也～～
“那小火龍也行，出來吧！”
“啊～～”
“傑尼龜！？”
“他們都已經被沒有遲到的人挑選走了。”
“那我怎麼辦，大木博士，你總不能讓我空著手出去旅行吧。”
“沒辦法，我的確準備了四隻神奇寶貝，不過最後這一隻有點問題。希望你能夠解決！”
大木博士按下開關。
“電氣鼠神奇寶貝，皮卡丘，就交給你了。”
“很可愛誒！哪裡有什麼問題！”
看著一臉傻笑的小智，大木博士再次嘆了口氣。
“寶貝球，圖鑑，送給你的餞別禮物。會去收拾好東西，準備出發吧。”
“出發吧，皮卡丘。”
小智伸手去抱皮卡丘，皮卡丘直接就是一個電擊出手。
“我說過了，這只皮卡丘有一點問題。”
頂著焦黑的臉頰，小智帶著皮卡丘走出大木研究所。
“把這只皮卡丘交給小智，真的沒問題嗎？”
“放心吧，他們一定會成為最好的搭檔。要相信小智，他對神奇寶貝的熱愛是肉眼可見的。”
太一從黑暗的角落中走了出來。
“希望如此吧。”
大木博士走出去研究所的大門，小智的媽媽正帶著一隊鎮民給即將出發的小智加油打氣。
花子還是成功將皮卡丘招惹生氣，生氣的皮卡丘發動電擊，將所有人籠罩其中。
“快使用橡膠手套。”
大木博士躲在門後面提醒小智。
就這樣，小智帶著不情不願的皮卡丘踏上了旅程。
……
烏雲大雨，小智騎著單車，載著皮卡丘正在躲避烈雀的追擊。
單車倒下了！
小智開始了他大義凜然的宣言。
皮卡丘為之感動，從小智的肩膀上面高高躍起。
“電龍，用充電。”
“嗚～～”
電龍揮動雙手，烏雲中的雷電被她引動，化為落雷打在躍起的皮卡丘身上。
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照耀整片原野的電光，烈雀被皮卡丘的攻擊震懾住了，紛紛落荒而逃。
太一來這裡的目的並不算單純為了小智和皮卡丘，也是為了一會兒路過，或者專程過來在小智面前露一下臉的鳳王。
太一這幾年在亞細亞島也算和洛奇亞拉上了關係，還主動做了一會婦科聖手，幫助洛奇亞夫婦成功誕下麟兒。
妙蛙花他們的成長，少不了洛奇亞在背後幫忙輸送營養。
成長起來的妙蛙花，返回她的家長濱海森林，開始打造屬於自己的王國，說不定以後濱海森林中也能擁有一個不思議花園。
所以太一來這裡等鳳王，就是想要和鳳王搭上關係，看看能不能給比雕他們也弄一個快車道。
“比雕，噴火龍，七夕青鳥，大嘴鷗。”
雨過天晴，一隻冒著金光，帶著七彩光尾的鳳王沿著彩虹飛了過去。
小智看了兩眼鳳王，還要帶著皮卡丘去神奇寶貝中心治療，就抱起皮卡丘朝著常磐市跑了過去。
“走吧。”
太一乘坐在比雕的背上，朝著鳳王的方向追了過去。
“鳳王！”
鳳王轉過頭看著追上來的太一，鳴叫一聲，詢問太一追上來幹什麼？
“我希望能將我這幾隻不成器的神奇寶貝，託付給你帶領一下，你有什麼事情也可以交給他們去做。”
“畢竟他們能在天上飛，做起事來不比你麾下的三聖獸差。只希望你能隨便指點一下他們。”
鳳王深深凝望了太一一眼，似乎看透了太一，答應了太一的請求。
“你們幾個跟著鳳王好好學。”
說著太一放出胡地，胡地也落在比雕的背上。也就是比雕的體型變大了很多，不然也站不下太一和胡地。
“胡地，瞬間移動。”
胡地登場，超能力控制太一和自己，瞬間移動出現在剛才小智站的那片草地。
看著前方的常磐市，太一喃喃自語：
“希望小智能夠擔負起重任吧。”
星野源不知道什麼時候出現在太一身邊。
“走吧，阿羅拉群島。”
“奈克洛茲瑪已經開始活動了？”
“沒錯，我們的人在究極空間裡面找到了兩隻小星雲，都是科斯莫古，需要你去使用源力控制器幫助他們成長。”
“就我抽取源力的速度，你覺得我有那個能力在奈克洛茲瑪發動攻擊之前，能夠抽取到足夠的源力供養他們成長為索爾迦雷歐和露奈雅拉？”
“先過去，等到了地方，你用源力控制器感知一下，就知道我說的是什麼意思了。”
說著星野源拿出源光權杖，直接帶著太一躍遷到阿羅拉群島的美樂美樂島。
“現在你可以試著感知一下了。”
太一拿出源力控制器，閉上眼睛開始感知阿羅拉群島的情況。
使用源力控制器，太一將自己的感知能力擴散到整個阿羅拉群島。太一發現，整個阿羅拉群島都被一股特殊的光能量所籠罩。
“這是！奈克洛茲瑪的力量？”
“沒錯。奈克洛茲瑪就是想要奪回這股力量，從而讓自己恢復全盛形態。”
“我們的計劃就是讓兩隻科斯莫古將這些力量吸收掉，這樣奈克洛茲瑪就沒有辦法將力量奪回去了。”
“這可是我想出來的辦法，你覺得怎麼樣？”
“的確不錯，將奈克洛茲瑪的力量集中在兩隻神奇寶貝的身上再好不過。但是你確定奈克洛茲瑪不能將力量在從他們身上吸收回去？”
“只要他們能夠將奈克洛茲瑪的力量吸收掉，這樣奈克洛茲瑪想要再奪回去就沒有現在這麼容易了。”
“雖然阿羅拉地區的人類和神奇寶貝一直在努力吸收轉化奈克洛茲瑪的力量，不過速度還是太慢了。”
“所以，我們只好出此下策。這兩隻科斯莫古畢竟是究極空間出來的神奇寶貝。”
“不是我們本土誕生的神奇寶貝，所以不能夠完全信任。只能等他們在我們的世界中誕生下新的後代，才算是徹底融入我們的世界。”