有雲曦從中插上一腳，雲忍吃了個啞巴虧。畢竟，現在人證物證皆在，他們若是再無理取鬧，只怕全都走不出木葉村。
在簽訂了和平協議後，雲忍使團便趕緊灰溜溜地回到了雲忍村。
日向一族滿是歡喜。
"該死的千手雲曦！"團藏心中暗恨。
團藏雖然再次被三代任用，但三代並沒有給予團藏實權。若是只憑藉志村一族的那些忍者，還不夠雲曦塞牙縫的。
更何況，此事之後，日向一族也恨上了他。
"若是根部還在，我又何懼千手雲曦和日向一族！"
"宇智波一族的秘密我已知曉，但寫輪眼對外人的負擔太大，只有初代的細胞才能抑制住它的副作用，發揮出其真正的力量。"
"不過宇智波一族實力強大，得找個機會，一口氣滅了他們全族才行...這樣，我才能得到足夠的寫輪眼，才能找那千手雲曦報仇！"
團藏眼睛微眯，向他處走去。
...
4年匆匆而過，鳴人也上了一年多的忍者學校。有雲曦的照顧，他吃得好穿得好，也沒有受人白眼，在學校交到了不少朋友。不過他性子定不下來，在忍者學校的成績，也就是個中等層次。
雲曦在這4年中，很少出現在木葉村民、忍者的眼中。甚至連暗部的事情都撇在一邊，一股腦地交給了猿飛日斬和卡卡西。
只有穗奈香知道，雲曦並不是沒有出去，而是沒有人能發現他出去。雲曦在白天，都只是留下個影分身在家，本體卻是用飛雷神之術到村外的一處秘密基地去了。
這4年中，宇智波在某些有心人的挑動、逼迫下，愈發對木葉的高層不滿起來。
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終於，宇智波迎來了滅族的一天。
...
"宇智波將於今夜滅族。"
雲曦看著暗部傳來的訊息，嘴角泛起一絲微笑。
這些年，他沒有怎麼管過暗部，因此，團藏也重新掌控了不少的忍者。畢竟，當初有很多根部的忍者，是被直接收編到暗部中去的。
團藏以咒印控制忍者，但他不知道的是，他布在忍者身上的咒印，都被雲曦做了些許改動。
"終於等到這個時候了。"
"團藏，現在的話，你也該去死了。"
...
原根部基地中。
團藏身前擺著的是數雙三勾玉寫輪眼，另一邊的一個容器裡，浸泡的是一條白色的手臂。
團藏躺在桌子上，對身邊的醫療忍者說："開始吧。"
一旁佇立的醫療忍者準備為團藏進行手術時，一聲巨響傳來。
砰——！
團藏趕忙從桌上坐起，他沉聲喝道："誰！"
Biubiubiu——！
回應團藏的是一陣輕微的破空聲，數道細線極速朝團藏射去。
團藏迅速一跳，躲在了一根石柱後面。
"千手雲曦！"團藏恨恨說道。
雲曦從根部的入口慢慢走來，一臉笑意地看著團藏。
"咦，這不是初代細胞做成的手臂嗎？團藏你這傢伙，居然敢褻瀆初代火影的身體，看來，今日我只能除掉你了。"看到桌上的東西，雲曦故作驚訝道。
"哼！千手雲曦，想要除掉我，又何必找這麼爛的藉口？"團藏冷聲說道。
"不過，你是怎麼知道我在這的？守在外面的根部忍者呢？"團藏連連發問，雖然他想到了其中原因，但還是想從雲曦口裡得到證實。
聽到團藏的話，雲曦也正常地說道："呵呵，哪裡還有什麼根部的忍者？他們早就被編入暗部了好麼。你以為你那些小動作，真的能瞞得過我這個暗部部長？"
團藏臉色一暗，果然如他所猜想的那樣...但他仍保持冷靜，向雲曦問道："你為什麼之前一直沒有向我動手，偏偏等到現在才動手？"
雲曦面帶笑意，說："我想做好人，相對的，自然也要有人來做壞人了。"
團藏心中憤怒，但他還是強忍著說道："你既然知道光明的背面是黑暗這個道理，為什麼不理解我，還要處處阻我？"
"光暗相生這個道理，我自然是明白的。但是，你敢說自己的所作所為是為了木葉，全然沒有私心嗎？"
雲曦不屑說道："當初你分派任務給旗木朔茂，暗地裡卻通知砂忍，讓他任務失敗，名聲受辱，最後自殺身亡，你敢說這是為了木葉，而不是你私心作祟，想爭一爭火影之位？"
"大蛇丸在和你做完關於初代手臂的交易後，不肯與你聯合起來對付我，你馬上就讓人通知三代，將其逼成了叛忍。呵呵，別以為我不知道，初代的細胞是你提供給大蛇丸的，那些作為實驗體的村民，也有不少是你讓人抓去的！"
"這幾年，你在背後不停挑動著宇智波對村子的不滿，無非就是為了能滅掉宇智波一族，好奪取足夠的寫輪眼來對付我而已。讓我猜猜，你的依仗是伊邪納岐嗎？呵呵，蟲子就算多出了幾條性命，也一樣會被人踩死，不過是多踩幾下而已！"
雲曦每說一句，團藏的臉就更加陰沉一分，到了後面，陰到已經看不清臉色了。
在雲曦說完最後一句話時，團藏再也忍不住，怒喝道："千手雲曦，你真當老夫是好欺負的嘛！"
雲曦認真地看著團藏，說："沒錯，在我眼裡，你就是這麼好欺負。"
"千手雲曦，你欺人太甚！"
團藏躲在石柱後面，劃破指尖，使出了通靈之術。
煙霧散去，一隻十餘米高的長鼻夢貘出現在根部的基地。
哞——！
夢貘一出現，便朝雲曦張開大口，一股強力的吸力從它口中發出，欲要將雲曦給吞入口中。
"蜉蝣又豈能撼樹，給我吹吹風還差不到。"
雲曦滿臉不屑，雙腿站在地上，整個人如同立地生根，任憑夢貘張口的吸力有多大，都無法讓他動搖分毫。
嗖！
團藏的身影出現在雲曦身後，他手中拿著兩把苦無，苦無被他灌注了風屬性的查克拉，如同鐳射劍一般，足足延伸到了臂長。光是這一手，就足見團藏在風屬性查克拉的形態和性質變化上造詣不低，有著影級的戰力。
團藏將灌注了查克拉的苦無朝著雲曦扔去，借由夢貘的吸力，苦無的速度和威力已經達到了一個難以想象的境地！
緊接著，團藏迅速結印。只見他胸部鼓起，張口便吐出了幾道無形的氣團。
——風遁·真空連波！
團藏的風遁加上其通靈獸夢貘，可是連佐助的須佐都曾打破的，即使當時佐助的須佐，遠遠比不上宇智波斑的須佐，但也可見其威力。