很快，四賊首級及洪承疇屍骨碎片就送到了享殿之前，望著那一顆顆猙獰的首級還有那幾乎敲成粉末的屍骨，朱慈炤又“撲通”一下跪倒在朱元章陵前，哭號道：“太祖皇帝，您看到了嗎？這便是禍亂我皇明江山的奴酋漢奸，臣向您保證，總有一天，臣一定會將更多的韃虜首級送到您的陵前……以慰我皇明列祖列宗在天之靈！”
祭拜大禮結束後，馬仲英及一眾文武百官遂將陳子升的屍體重新搬上轎輦，然後護衛著朱慈炤一起下了鐘山。
熟料監國儀仗剛剛抵達下馬坊時，錢孺怡、陳恭尹等江南士紳卻帶著無數的百姓跪在了石階前，齊齊拜伏於地，高呼道：“南都紳民百姓恭請監國殿下順天應人，克繼大寶，重肇乾坤！”
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祭拜孝陵，重登皇位之事，馬仲英早已向朱慈炤稟明過，但新帝登基，本有三請三讓之禮，故朱慈炤力辭道：“孤才淺德薄，實非承統之人，前者監國天南，乃是因為海內無主，孤恐將士離心，不得不為耳，如何能登大位，今唐、魯諸藩後人皆在，諸位何不從中挑選賢德，克繼大統。
錢孺怡道：“殿下乃是烈皇帝嫡親血脈，繼承我皇明大統，既合理法，又符天道，還請殿下憐惜我江南百姓，建極定基，重鑄皇明正朔。”
朱慈炤再辭道：“孤雖是烈皇血脈，然年近五旬，即位監國已是勉力支撐，如何能登大統，還請諸位紳民百姓體恤。”
馬仲英亦率隨行的文武大臣拜伏於朱慈炤前開口道：“殿下，漢高祖劉邦、唐高祖李淵都是五十餘歲方才建國登基，然後方能開創大業，今韃虜兇頑，禍延天下，殿下名為繼統，實為開創，監國天南以來，連續克復湘、贛、閩、浙及江南之地，東南半壁重光，全賴殿下之力也，望殿下以天下蒼生，國家社稷為念，即皇帝大位。”
“恭請殿下即皇帝大位……萬歲、萬歲……！”
馬仲英話音剛落，護衛在孝陵前的六千甲士均是半跪於地，齊齊高呼起來，周圍的士紳百姓亦是再度歡呼，那震耳欲聾的呼喊聲久久迴盪在太祖祖陵，迴盪在南都的上空，迴盪在金陵城內每一個百姓的耳中。
朱慈炤呆立了一會兒，終於扶起馬仲英道：“孤非貪大位，乃是為祖宗社稷、天下軍民百姓，不得已耳！”
跪在一旁的金光祖、錢孺怡等人大喜。一眾文武諸臣也迫不及待地將準備好的法駕滷薄擺出，恭請監國登龍輦，法駕滷薄是專供皇帝使用的最高等級的儀仗，其他任何人都無資格使用，朱慈炤登上這龍輦，那就代表他已經是新的大明皇帝了。
見監國永王登輦，鍾山腳下又響起一浪高過一浪的歡呼聲，這刻江南的百姓終於可以自豪地稱呼自己是一個堂堂正正的漢人，而不是受盡韃虜欺凌的亡國奴。
按大明會典例，監國殿下當齋戒三日，在禮部主持下親謁南都天壇、太廟、山川壇致祭，以示虔誠之意。隨後駕由大明門入宮、至文華殿省定詔草。
由於南都陷落多年，皇城又被滿人佔據，故爾皇宮多遭損壞，楚軍攻取金陵不過兩月有餘，兼之江右諸鎮又在敵手，故皇宮實在是破敗不堪，止三大殿尚存，內閣首輔金光祖雖加緊修繕，然作為皇帝居所委實有些寒酸。
朱慈炤卻不以為意，他對群臣說道：“孤在餘姚時，房不過三間草屋，今能迴歸皇城，已是得天之幸了，況如今戰事緊急，各處大軍都要錢糧補充，孤怎貪戀富貴，而不顧前方將士？”
訊息傳出，監國殿下賢德之名頓時不脛而走，江南百姓都以為有此有德之君承繼江山，大明中興是指日可待。
大明重立，新帝即位，堪定年號就成了重中之重的事情，新任禮部侍郎錢孺怡提議以“承武”為年號，取意為承繼皇明正統、堪定天下韃虜的意思。
“早在瓊州時，本帥已命人鑄造崇武通寶，殿下在廣州正監國大位時，分賞給兩廣百姓的便是這種大錢，還是用崇武為年號吧！”
“楚國公高見，這崇字用的當真是妙不可言，崇乃是烈皇帝年號的第一個字，用其做年號，豈不就是告訴天下人，我大明新帝乃是烈皇帝骨血嗎？下官淺薄了，幸虧有楚國公提點，方才撥雲見日”
錢孺怡慌忙改口，他這個禮部侍郎，乃是向金光祖行賄了五十萬兩白銀才弄到手的，金光祖是楚國公的心腹，他要想把這個官穩穩當當做下去，自然要緊緊跟上楚國公的步伐。
馬仲英說用崇武年號，其餘的內閣成員和六部九卿等官員自然無話可說，故爾當場就把年號事宜確定了下來，並著金光祖在新帝即位詔書上重新附署。
皇城之內，早設香桉酒果等物於奉天殿丹陛上。至登基之日，永王朱慈炤具袞冕服、至天壇行告天地禮畢。詣奉先殿、謁告畢。又御華蓋殿，文武百官各具朝服、入丹墀內序立。
鴻臚寺則引執事官進至華蓋殿接受百官朝賀。行五拜三叩禮。傳畢，贊執事官行禮。天子由中門出進奉天殿，升寶座。
馬仲英會同朱進瑜、朱術桂等宗室領百官出至承天門外、伺翰林院官詔用寶訖。錦衣衛於午門前候捧詔置雲蓋雲盤中、導雲輿至承天門、開讀行禮如常儀。
在朱慈炤踏上丹陛後，內閣首輔金光祖亦是緊跟皇帝身後踏上御階，面朝百官，展開手中詔書，念道：“奉天承運皇帝、詔曰：自古天地立極，不可隱晦日月；聖人出治，必先謹辨華夷。惟我太祖高皇帝龍飛奠鼎，昭宣鴻烈；成祖文皇帝南征北討，土夷賓服，列宗承統纘緒，涵育深仁……三百載治隆太平、庶黎鹹沐德澤；十七朝布澤覃恩，兆民俱沾雨露。奕世滋昌，重熙累洽。炎漢以來，治安之盛，唯大明矣！”
“自萬曆朝以來，關外東虜猖亂，老奴逞兇於遼左，洪太建國號偽清，胡騎飛渡，犬羊交迫，京畿淪於鬼域；中原流寇橫行，兵戈連年、民不聊生，遂有甲申之變，滇京之失。
“朕承皇天之卷命，列聖之洪休，屬以倫序，入奉宗祧。內外文武群臣及耆老軍民，合詞勸進，至於再三，辭拒弗獲，謹於今時祗告天地，即皇帝位。深思祖宗付託之重，實切兢業之懷，運撫盈成，業承熙洽。茲欲興適致治，必當革故鼎新。事皆率由乎舊章，亦以敬承夫先志。自惟涼德，尚賴親賢，共圖新治。其以明年為崇武元年。大赦天下，與民更始。今布瑕爾、鹹使聞之！”
詔書宣讀完畢後，百官立時三呼萬歲。典禮畢後，崇武皇帝遂命金光祖頒佈御旨，以封賞復國有功之上下臣僚。