時間到了建安四年（199）這個時候孫策已經控制了原來揚州六郡中的三個郡，將丹陽郡，吳郡，會稽郡都牢牢控制在了手裡，除此之外，當時九江郡還在袁術的手中，廬江太守則是袁術麾下大將劉勳，豫章郡則由華歆守護。
而孫策在做大之後，也開始準備為自己的父親孫堅復仇，討伐荊州的行動已經有所展開。
另一方面在劉繇、袁術先後死後，形勢也發生了很大的變化，廬江太守劉勳曾經吞併了袁術的舊部，加上旁邊還有名士劉曄的幫助，其勢力大增，孫策也是對其深以為患。
【討伐劉勳】
劉勳，字子臺，琅邪人，袁術麾下大將之一，袁術曾經把許諾給孫策的廬江太守之位給了他，和曹操是舊交。
建安四年（199），孫策受朝廷的命令準備再次討伐袁術，恰逢其病逝，其麾下土崩瓦解，後劉勳吞併袁術餘黨，勢力大增，被孫策用計除去。
據《江表傳》記載，當時孫策被下詔和司空曹公、衛將軍董承、益州牧劉璋等人一同討伐袁術和劉表。孫策剛剛組織軍隊討伐，恰逢袁術去世，袁術的從弟袁胤、女婿黃猗等人因為畏懼曹操，不敢駐守壽春，於是遂率領袁術部曲並帶著其靈柩及妻子到皖城並投奔在皖城的廬江太守劉勳。
但劉勳糧食也不多，養不起那麼多的人，於是他派遣自己的從弟劉偕求助與豫章太守華歆。而豫章郡一向不富裕也沒有多少糧食，就華歆派遣官吏和劉偕一起去了海昏上繚，讓哪裡的諸位宗帥一共出三萬斛米給劉偕，結果劉偕去了數個月，最後才弄了數千斛米，劉偕於是向劉勳報告，把事情都告訴了他，希望劉勳帶兵來取糧。劉勳得到劉偕書信之後，親自率軍到了海昏邑下，結果被宗帥們知道了，他們棄城而逃，領走帶走幾乎所有東西，劉勳一無所得。
而另一方面劉勳收攏袁術舊部之後，勢力大為增強，已經引起了孫策的警惕，在得知劉勳求糧在上繚碰壁之後，孫策派出使節特以卑下的言辭和財寶要求劉勳代為攻打上繚城，劉勳相信孫策，更因收得財寶而十分高興，輕易中的孫策的計謀，甚至沒有聽進旁邊劉曄的勸諫。
劉勳攻打上繚之時，孫策正在西征討伐黃祖，在石城得知訊息之後，他先派從兄孫賁、孫輔帶領八千士兵去彭澤等待劉勳，自己和周瑜帶領二萬人去襲擊皖城，因為劉勳出征在外，內部虛弱，孫策一擊得手，袁術，劉勳的家眷及其部曲等一共三萬多人都被俘虜。後孫策上表汝南人李術為廬江太守，給了他三千士兵守衛皖城，將其他人全部遷徙到了吳郡。
在皖城孫策和周瑜還得到了大喬姐妹，其中大喬歸孫策，喬歸周瑜。
劉勳得知訊息後急忙回援，在彭澤被孫賁、孫輔擊敗，於是退入入楚江，從尋陽步上到置馬亭，得到皖城已經被孫策攻克的訊息，就去了西塞，到達沂縣之後，築壘自守，派人向劉表告急，向黃祖求救。黃祖於是派兒子黃射帶領船軍五千人幫助劉勳，孫策於是重新率兵討伐，擊破劉勳，黃射亦逃走。這一戰策收得劉勳麾下士兵二千餘人，大船隻千艘，劉勳和劉偕也因此失敗離開南方，北上投靠曹操。
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廬江郡就此歸孫策所有。
【擊敗黃祖】
歷史上劉表，黃祖和孫策有殺父之仇，孫策對此一直念念不忘，有心復仇。而後朝廷下令他討伐袁術，劉表，孫策本來準備先行討伐袁術，但恰好袁術已經病逝，遂轉而討伐荊州，在途中得知劉勳攻打上繚的訊息後又立刻轉向奪取了劉勳的廬江郡，並且擊敗了來幫助劉勳的黃射，孫策乘勝追擊，討伐黃祖。
建安四年（199）十二月八日，孫策進至沙羨（今湖北嘉魚縣北）。劉表派侄兒劉虎和南陽人韓唏帶領長矛隊五千人趕來支援黃祖。十一日，孫策率周瑜、呂範、程普、韓當、黃蓋、孫權等將領同時並進，與黃祖軍大戰，黃祖幾乎全軍覆沒，劉虎、韓唏戰死，黃祖隻身逃走，士卒戰死兩萬餘人，溺死者達萬人，孫策繳獲戰船六千艘。（注1）
黃祖此後幾乎一蹶不振，再也無法對孫策形成威脅，只能在江夏固守，而黃祖作為劉表的左膀右臂，他的失敗對於劉表而言也是很難接受的巨大打擊。
【關係漸變】
孫策在攻克皖城後，不僅乘勝追擊攻打黃祖，還同時派出孫權進攻徐州廣陵的陳登，大有將勢力範圍擴張到徐州的意圖。
在消滅劉勳之後，揚州北部袁術的舊有勢力已經基本被清除，而徐州廣陵郡和揚州的吳郡只有一江之隔，地理位置非常重要，而且廣陵陳登還是當年暗中謀劃對付孫策陳瑀的侄子，所以孫策對於其也不可能放心。
但陳登並不是劉勳，孫權也不是孫策，雖然陳登也只有一郡之地，可是他要比劉勳難纏的多，陳登早年不僅幫助劉備登上了徐州牧之位，而且後來還幫助曹操消滅呂布，也是能文能武的強力角色。所以孫權儘管兵力佔優還是在廣陵郡吃了個大苦頭，結果無功而返。
而這件事情也標準著曹操和孫策關係的改變。
在早先孫策剛剛從袁術哪裡獨立，急需要外援，所以對於朝廷畢恭畢敬，需要天子大義，需要曹操的的支援，而到了建安四年（199），江東已經基本被孫策掃平，這個曹操因為袁紹的威脅還不太想和孫策翻臉，但曹操顧及孫策的潛在威脅仍然沒有任命孫策為揚州刺史或揚州牧的意思，使得孫策在於江東地區的統治名不正言不順，而且曹操在袁術死後還派嚴象為揚州刺史，直接接管了壽春以及九江郡一帶，為了顧及朝廷的聲望，孫策迫不得已停住了北上的腳步，但孫策對於江北的渴望並沒有停止，這也是為什麼孫策會讓孫權出兵攻打廣陵郡。
孫權失敗後孫策並沒有停下北上的腳步，他擊敗了黃祖緩解了西面的威脅，孫策相信自己總有一天還是會回來的，同時他也很自信區區的江東只不過是自己的起而已。
注1：吳錄載策表曰：“臣討黃祖，以十二月八日到祖所屯沙羨縣。劉表遣將助祖，並來趣臣。臣以十一日平旦部所領江夏太守行建威中郎將周瑜、領桂陽太守行徵虜中郎將呂範、領零陵太守行蕩寇中郎將程普、行奉業校尉孫權、行先登校尉韓當、行武鋒校尉黃蓋等同時俱進。身跨馬櫟陳，手擊急鼓，以齊戰勢。吏士奮激，踴躍百倍，心精意果，各競用命。越渡重塹，迅疾若飛。火放上風，兵激煙下，弓弩併發，流矢雨集，日加辰時，祖乃潰爛。鋒刃所截，猋火所焚，前無生寇，惟祖迸走。獲其妻息男女七人，斬虎、(狼)韓晞已下二萬餘級，其赴水溺者一萬餘口，船六千餘艘，財物山積。雖表未禽，祖宿狡猾，為表腹心，出作爪牙，表之鴟張，以祖氣息，而祖家屬部曲，掃地無餘，表孤特之虜，成鬼行屍。誠皆聖朝神武遠振，臣討有罪，得效微勤。”