高幹南下之後又參與在河東一帶的叛亂，當時朝廷準備調走原河東太守王邑，任命杜畿為新的河東太守，這一讓河東郡很多人不服，於是他們在高幹以幷州背叛曹操後，與之響應，遂反。
【杜畿入河東】
在袁尚派高幹、郭援等人討伐河東之後，曹操集團對於河東郡的重要性有了進一步的認識，於是決定加強對該地區的統治，當時的河東太守王邑雖然站在朝廷一邊，並且深受當地百姓愛戴，但畢竟不是曹操的嫡系，於是曹操就對荀彧：“關西的那些將領憑藉險要的地形和騎兵，要是去征剿他們一定會引起叛亂。張晟在山、澠水之間燒殺搶掠，向南聯絡劉表，衛固等人也效法張晟，我擔心他們為害太深。河東郡依山繞河，四周的鄰郡總是發生變故，是當今天下的戰略要地。請您為我推薦像蕭何、寇恂那樣的人去鎮守河東。”
荀彧：“杜畿能夠勝任。”於是曹操追授杜畿河東太守的職務。
這下王邑就不幹了，他在河東做土皇帝做的好好的，一沒作亂，二沒得罪曹操，換誰也不願意啊，於是他聯合部下衛固、範先等人，先是派出部隊阻斷黃河渡口，不讓杜畿入境上任，更是讓衛固、範先去找鍾繇談判，表達民意，要求把自己留下來。
結果鍾繇不但沒有答應，反而要求王邑快辦好交接手續，王邑一氣之下，自己帶著印符也不給杜畿，就跑到許昌找朝廷講理去了。後被朝廷任命為大司農，這才善罷甘休。
但衛固、範先等人依然不服杜畿，並且有作亂的準備，為了讓杜畿順利上任，當時朝廷甚至準備讓夏侯惇率大軍幫助杜畿。
【鑑於大環境如此，本站可能隨時關閉，請大家儘快移步至永久運營的換源App，huanyuanapp.org 】
然而杜畿卻道：“河東郡有三萬戶人家，決不是人人都想作亂。現在如果大兵壓境，把他們逼急了，想做好事也找不到帶頭的，就一定會因為懼怕而服從衛固。衛固一旦消除後顧之憂，必然要拼死抵抗。我們討伐他如果不能取勝，四周的鄰郡就會響應他，天下的變亂就平息不了了。如果我們能夠取勝，也是摧殘一郡的百姓，況且衛固等人還沒有明目張膽地抗拒朝廷，表面只是以請求過去的太守為名，一定不會加害新太守。我單身前去，出其不意，衛固為人計謀很多，但缺乏決斷的能力，一定會假裝接受我的指揮，我只要在郡城呆一個月，就能設法用計困住他，時間足夠了。”
於是杜畿進入河東，準備赴任。
【戲耍衛、範】
杜畿和衛固是老相識，而範先應該和杜畿沒什麼關係，所以範先要殺杜畿藉以威懾部下，就想先觀察一下杜畿的動向，便在門前連續殺了郡中主簿以下的官吏三十多人，杜畿目睹慘狀，若無其事。衛固就：“殺了他也不能損害他什麼，徒然給咱們樹立惡名，況且控制他的權力在我們手裡。”範先一聽也覺得有理，便承認了杜畿的太守身份。
杜畿見此，對衛固、範先：“你們二位，是河東的希望，我不過靠你們坐享其成罷了。但君臣之間有固定的規矩，成敗都一樣，遇到大事應當平等地一塊兒商量。”杜畿任用衛固為都督，讓他兼任郡丞，又代理功曹。將軍、校尉吏員、士兵三千多人，都歸範先統管。衛固等人很高興，雖然表面上服從杜畿，但心裡面卻慢慢的不把他當回事，放下了戒心。
而後衛固要大舉發兵，杜畿就裝作很擔心，勸衛固：“想成就非凡的大事，就不能輕易地動搖軍心。現在倘若發動大軍，部下一定會騷亂，不如慢慢用錢來招募士兵。”衛固認為他得對，就聽從了，用錢來徵調，過了幾天才排程停當。而部下的將軍卻因為貪圖錢財只招募了少於預定人數的士兵。
杜畿於是又去面見衛固，為他分析：“人情都顧念家屬，可以分別讓將軍和掾史們回家休息，有緊急情況再召他們回來也不難。”衛固等人不願意失去人心，又聽從了杜畿的勸告。
杜畿就這樣一步一步牽著衛固等人繞圈子，把他們的心腹爪牙，都成功遣散了。而杜畿本人，私下裡又做了許多服工作，悄悄團結了一批支援自己的人。
【平定河東】
高幹背叛曹操之後，河東郡也大受影響，當時曹操親自討伐壺關，高幹向南匈奴求援不成，遂南下。
高幹進入河東郡濩澤，適逢張白騎進攻河東東垣，弘農反曹勢力張琰也劫持曹操所置的太守，衛固、範先等人也響應高幹，但因為將校已散，匆忙之間召集不起來。
杜畿則趁此機會逃離，並且與衛固等公開決裂，赴張闢拒守，以河東太守身份數十天就得到四千餘兵。衛固和範先帶著自己勉強糾集起來但部隊，夥同高幹和張晟的軍隊，聯手進攻杜畿，不能取勝，又跑到各縣搶掠，也沒有什麼收穫。
此時張既西征馬騰等涼州兵，加上鍾繇的士兵，都聯合在一起。鍾繇率領諸將與高幹等人開戰，高幹再次敗在鍾繇之手，高幹和張晟敗走，衛固和範先、張琰都被殺。
高幹此時進退失據，只能南下荊州，準備投靠劉表，但在途中被司隸校尉王琰所殺，獻首於曹操。而在杜畿的建議下，衛固和範先的黨羽被曹操赦免，回家各操舊業。河東郡的局勢，就此基本平定。
杜畿是一個相當有謀略的傢伙，在進入河東之後把衛固、範先耍的團團轉，而在平定河東內亂後，杜畿作為河東太守成就一都不虛於前任王邑。他結合了儒、道兩家的特，既寬惠愛民，又清靜無為。先是以農業生產為重心，督促百姓，努力耕織，多養牛馬。把農業搞上去後，杜畿又開始提倡教育，甚至親自擔任教授，傳授儒家經典，多年之後，河東郡出現許多的大儒，這和杜畿的努力是密不可分的。