阿不思越來越孤僻，他討厭學校，討厭魁地奇，討厭霍格沃茲的一切，除了他的好友斯科皮。這種情況在接下來的幾年裡一直沒有好轉，儘管哈利儘量開導阿不思，但哈利和阿不思對霍格沃茲的感情不同，所以哈利並不能理解阿不思的痛苦，在不斷磨合中，父子間的裂痕越來越大，在四年級開學前的一次父子談話中，阿不思把哈利送給他的毯子扔到了羅恩送他的愛情魔藥中，哈利則大聲喊道他希望阿不思不是他的兒子，而阿不思則表示了同樣的願望。之後，在霍格沃茲特快上，阿不思和斯科皮跳火車，逃離了霍格沃茲。
在一間巫師養老院中，阿不思和斯科皮拜訪了阿莫斯迪戈裡，塞德裡克迪戈裡的父親。他曾多次哀求過波特(魔法法律執行司司長），希望他能夠利用時間轉換器改變過去，救回他因為是“多餘的”而被殺死的兒子。雖然，魔法部剛剛從黑市上繳獲了當時唯一的時間轉換器，但是哈利仍然拒絕了他。
阿不思說服了阿莫斯，發誓他們會把塞德裡克救回來。在護士多芬迪戈裡(阿莫斯的侄女）的幫助下，完善並實施了他們的計劃。
阿不思無意中聽到大人們討論，知道時間轉換器藏在魔法部長赫敏格蘭傑的辦公室裡。他們利用複方湯劑進入魔法部偷到了時間轉換器，期間為了引開赫敏，變成羅恩的阿不思不得不深情款款地請求赫敏不要進她的辦公室，雖然目的達到了，但對於親吻舅媽不下五百次這件事，斯科皮表示不知該對阿不思擊掌還是皺眉。
阿不思，斯科皮和多芬在禁林邊緣地帶練習繳械咒，然後阿不思和斯科皮說服多芬留下來，他們則穿著德姆斯特朗的校服，回到了三強爭霸賽第一場比賽:火龍。在賽場上，斯科皮錯把赫敏當成了羅絲，阿不思用繳械咒奪走了塞德裡克的魔杖，希望他因為失敗錯失最終和哈利一起奪得三強爭霸賽的機會，從而活下來。忽然間時間轉換器轉了起來，把他們帶回了未來。
在阿不思和斯科皮逃離了霍格沃茲特快後，哈利，赫敏，羅恩，金妮，德拉科四處尋找，最後有人發現他們兩在禁林，於是他們進入了禁林，在搜尋中，哈利遇到了馬人布恩，布恩為了種群利益，告訴哈利阿不思身處烏雲之中，並做出一個預言：“你會找到你的兒子，但之後你將永遠失去他。”
阿不思和斯科皮一回到當時，就被羅恩發現了，阿不思倒在地上（之後他們發現是因為他們的時間轉換器是仿品，只能回到過去5分鐘，超出時間就會強制回去，並造成傷害），阿不思在校醫院醒來，哈利大發雷霆，要求阿不思和斯科皮斷絕關系，表示他會請求麥格教授隨時盯著活點地圖，一旦發現兩個男孩在一起，就強行分開。
離開了自己最好的也是唯一的朋友，兩個男孩都很傷心，但很快，他們就發現不對勁的地方:阿不思在格蘭芬多而不是斯萊特林；塞德裡克沒有活下來；羅恩不再開玩笑商店；他娶了佩蒂爾而不是赫敏；他們的女兒羅絲消失了，取代的是羅恩和佩蒂爾的兒子本吉；而赫敏不再是魔法部部長，而是學校的黑魔法防禦課教師，變得有些歇斯底里。
哈利回家後，在金妮的勸說和德拉科的拜訪中意識到自己不該強行干涉阿不思的生活，他們三個來到霍格沃茲，希望麥格教授讓他們見見各自的兒子，然後在活點地圖上發現他們兩都在一樓的女生盥洗室裡。
由於麥格教授不贊成哈利教育兒子的方式，兩個孩子的隔離計劃並沒有被很好地執行。阿不思和斯科皮在疏遠，爭吵，和好之後，很快發現現實改變的原因：塞德裡克輸了第一場，反而激起他的鬥志，最終還是和哈利一起得到了三強爭霸賽獎盃；赫敏懷疑兩個德姆斯特朗的學生在威克多爾克魯姆的授意下暗算了塞德裡克，於是拒絕了他的聖誕舞會的邀請，而是和羅恩以朋友的身份參加了舞會，沒有威克多爾的介入，羅恩就不會吃醋，也就從沒發現自己對赫敏的感情，他們一直保持著朋友的身份。阿不思和斯科皮決定再次利用時間轉換器。他們在哭泣的桃金娘的指引下，利用鰓囊草，透過下水道進入禁湖，回到了三強爭霸賽第二場。
在禁湖中，阿不思對塞德裡克施了膨脹咒，並讓他飛出湖面，在天上拼出了“羅恩愛赫敏”，希望這樣的羞辱會讓塞德裡克退出三強爭霸賽。在時間轉換器的滴答中，他們回去了。
斯科皮回到未來的禁湖中，找不到他的朋友，他不在了，當一個女人斯科皮拉出禁湖，他驚訝地發現她是多洛蕾絲烏姆裡奇，霍格沃茲的現任校長。
接下來的時間裡，斯科皮發現一切都變了：哈利波特在霍格沃茲之戰中死了；阿不思從未出生；伏地魔掌握一切；塞德裡克成了食死徒；他的父親是魔法法律執行司的司長；他本人則是霍格沃茲的“蠍子王”，學生們都怕他，他是純種巫師的代表，優秀的魁地奇運動員，男學生會主席的候選人，烏姆裡奇甚至表示會把他推薦給伏地魔的心腹，卜鳥。
而斯科皮不喜歡這一切，他失去了最好的朋友。他想弄清這一切是怎麼發生的，他想修正這一切，然而他尋找答案的行為招致了德拉科的警告。
再一次在圖書館尋找答案時，他遇到了他在另一個未來的同學，此時他正因為可能不能按時替斯科皮完成斯內普教授的魔藥課論文而惶恐不已。這使斯科皮意識到，霍格沃茲還有一個人可以幫助他。
他衝進了斯內普的教室，希望斯內普可以幫助他，一開始斯內普認為他是在耍滑頭，對他冷嘲熱諷，但斯科皮提到了莉莉波特，提到了斯內普為莉莉的兒子做的一切，斯內普相信了他，並帶他到密室，見到了僅剩的鳳凰社成員：羅恩和赫敏。此時的他們正被攝魂怪全城追捕。斯科皮明白了一切的轉折點：塞德裡克因為被羞辱而加入了食死徒，在霍格沃茲之戰中，殺死了納威隆巴頓，而隆巴頓的死導致伏地魔的最後一個魂器，大蛇納吉絲存活下來，在最終哈利和伏地魔對決中，伏地魔殺死了哈利，改變了一切。
在瞭解了另一個未來之後，赫敏，羅恩和斯內普決定幫助斯科皮，他們需要回到三強爭霸賽的第一第二場，阻止阿不思對塞德裡克施咒。為了防止被攝魂怪發現，他們在密室中回到第一場比賽的時候，衝到禁林邊的賽場阻止了阿不思的繳械咒，但是時間不夠了，他們被強行拉回現實，羅恩受了傷，攝魂怪發現了他們，為了保護斯科皮，羅恩和赫敏對抗攝魂怪，被攝魂怪吸去了靈魂。斯內普護送斯科皮趕往禁湖的路上遇到烏姆裡奇的伏擊，她懷疑斯內普很久了，最後時刻，斯內普召喚出他的牝鹿守護神，護送斯科皮進入禁湖，自己則也被攝魂怪吸去了靈魂。
斯科皮在禁湖中回到第二場比賽中，阻止了阿不思對塞德裡克的第二次施咒，他們被拉回未來，原來的，沒有被修改過的未來。
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斯科皮向大家（哈利，金妮，德拉科，羅恩，赫敏以及麥格教授），麥格教授氣瘋了，她斥責斯科皮和阿不思不經思考就冒這麼大的風險，她要罰他們禁閉一整年，取消他們的假期，禁止他們再去霍格莫德，阿不思雖然沮喪，但知道自己的行為帶來的後果便坦然接受處罰，而斯科皮則因為再次看到好朋友而對直接把處罰忽略了。麥格教授繼續把幾個大人也罵得狗血淋頭。在追問時間轉換器的時候，斯科皮表示遺失在禁湖裡了。
在接下來的幾天裡，斯科皮仍然為回到熟悉的未來高興，他向好友講述他覺得現在是多麼美好，在另一個未來多麼令他厭惡，他們談到了斯內普，德拉科，羅絲。最後，斯科皮表示，由於他不相信魔法部可以保護好時間轉換器這麼危險的東西，阿不思和他應該秘密銷燬那個他藏起來的時間轉換器，並發表了一番激動人心的演講，當阿不思認為斯科皮一定對這段演講很滿意時，斯科皮表示他已經準備一整天了。
阿不思和斯科皮在貓頭鷹棚屋商議怎樣銷燬時間轉換器時，多芬出現了，斯科皮不高興，但阿不思表示作為塞德裡克的表親，她應該知道事情的始末。多芬知道了一切後，表示她可以幫忙想辦法，當她拿到時間轉換器時，斯科皮和阿不思發現了她的紋身，一隻卜鳥。
斯科皮要求多芬歸還時間轉換器，多芬拒絕了，她要求他們和她一起回到三強爭霸賽第三場：迷宮。當他們拒絕時，她收繳了他們的魔杖，將他們捆起來，殺死了一個誤入貓頭鷹棚屋的學生，並對斯科皮施鑽心咒，逼迫阿不思就範。
當哈利和金妮進入斯萊特林宿舍，發現阿不思和斯科皮再次消失時，可想而知大人們有多焦急了，一開始他們認為兩個男孩是因為處罰而再次逃跑，羅恩則表示他晚上和納威喝酒時回來的路上遠遠看到阿不思和一個年齡比他大的女孩在貓頭鷹棚屋約會，斯科皮充當電燈泡。當大家來到貓頭鷹棚屋時，只看到那個誤入棚屋的學生的屍體。哈利意識到那個比阿不思大的女孩是多芬迪戈裡，於是他們來到養老院和阿莫斯對質，阿莫斯則意外地表示自己沒有侄女。哈利等五人找到了多芬的密室，密室中發現一個預言：“當多餘的變得多餘，當時間開始轉動，當看不到的孩子殺死了父親，便是黑魔王迴歸的時刻。”四周牆上則寫著多芬的宣言:“我會讓黑暗重歸，我會讓我的父親重生。”
阿不思，斯科皮和多芬回到三強爭霸賽第三場的迷宮中，多芬以對斯科皮施鑽心咒為要挾，要求阿不思再次羞辱塞德裡克，這樣在塞德裡克和時間轉換器的作用下，阿不思的行為會導致他父親哈利的死亡，伏地魔將東山再起，但迷宮中的活動樹牆阻止了他，聽到聲音趕到的塞德裡克擊昏了多芬，他認為他們三個是迷宮中的測試。當塞德裡克離開後，多芬醒來，斯科皮告訴她預言並不一定會發生，是可以改變的。他們回到未來之後，多芬帶著他倆幻影移徙並再次時間轉換，到達目的地時，多芬摧毀了時間轉換器，然後離開。
哈利等人意識到阿不思和斯科皮被多芬綁架回到過去，但他們毫無辦法。德拉科來到哈利的辦公室，告訴哈利，他擁有一個他父親留下的，完整的時間轉換器，希望哈利和他一起找回他們的兒子。而哈利則表示，不知道集體的時間和地點，他們也無法找到阿不思和斯科皮。
阿不思和斯科皮發現他們被帶到了一九八一年十月三十一日的戈德裡克山谷，也就是伏地魔殺死哈利父母的那一天，他們認為多芬是要殺死哈利，改變那個關於伏地魔和哈利波特的預言，但他們沒有魔杖，沒有掃帚，無能為力。他們發現了莉莉留給哈利的毯子，很天才地從巴希達巴沙克的家裡偷到一些魔法酊劑，在毯子上留下求救信號。未來的哈利和金妮在阿不思的房間思念他們的兒子，哈利發現被阿不思扔進愛情魔藥的毯子上顯出字跡。循著線索，哈利，金妮，德拉科，羅恩，赫敏來到一九八一年十月三十一日的戈德裡克山谷。
他們找到了兩個男孩，金妮意識到多芬來此不是要殺嬰兒時期的哈利，而是要阻止伏地魔這麼做，為了引出多芬，哈利用咒語變形成伏地魔。