9月20曰，最高首長釋出了，向臺灣進軍的命令：
粵閩前線指揮部全體指戰員同志們：
臺灣國民黨當局無理的拒絕中國[***]提出的和平解決臺灣問題的十條方針。國民黨匪徒在匪首蔣介石的命令下，置民族利益和人民利益而不顧，悍然發動“雷霆行動”，給我粵閩浙地區的人民生命財產造成重大破壞，企圖阻止中國人民解放事業和社會主義建設，阻止用和平方法解決臺灣問題。這充分的表示國民黨反動派不甘心自己的失敗，妄想奪回他們失去的天堂，重新騎在人民頭上作威作福，使廣大勞動人民受二遍苦，遭二茬罪。同時也表明了蔣介石集團，決心將他們反革命戰爭打到底。在此種情況下，我們命令你們：
（一）向臺灣奮勇前進，堅決、徹底、乾淨、全部地殲滅臺灣島內一切敢於抵抗的國民黨反動派，解放臺灣人民，保衛中國領土主權的讀力和完整。
（二）逮捕一切怙惡不悛的戰爭罪犯。不管他們逃至何處，均須緝拿歸案，依法懲辦。特別注意緝拿匪首蔣介石。
（三）對於任何願停止戰爭、用和平方法解決問題者，如能認清形勢，翻然悔過，確實有事實表現能夠推進臺灣解放和新中國建設的，你們即可參照1949年4月15曰中國[***]和平協議最後修正案的原則和他們簽訂協定。
9月20曰，粵閩前指在收到中央最高首長釋出的向臺灣進軍的命令後，隨即開始執行“解放臺灣作戰行動計劃”
對臺北進行了首輪空襲。這次空襲和上次對臺灣機場的空襲不同。規模並不大，只是一架J10和一架JH7飛豹戰機，對臺北的明陽山草上蔣介石的行宮，進行了一次突擊轟炸。徹底的摧毀了草山行宮，而且在進行這次空襲之後沒有再對臺灣實施新的進攻行動。
“解放臺灣作戰行動計劃”是基地作戰部，根據後世的現代戰爭國內外經驗，結合當前的人員，武器裝備情況制定的周密軍事行動計劃，並透過的型計算機模擬演習的方式對該項軍事計劃進行檢驗。是在鄧峰去年12月參加各大軍區和各大軍種主要負責同志會時，向軍委提交的。經過總參的多次論證，最後得到了最高首長的批准。但當時沒有考慮孫立人起義的因素。只所以停了了下來，就是再等孫立人起義的行動。
蔣介石是個讀才者，在臺灣絕對是大權獨攬。這次的“斬首行動”是否成功，對後面的軍事行動會產生極大的影響。蔣介石是否死亡對後面採取什麼樣的後續軍事行動是具有決定姓意義的。如果蔣介石及國民黨主要成員被襲身亡，臺灣陷入群龍無首，孫立人以趁亂奪去取軍權或取得部分軍權，那樣就可以不用戰爭手段或不完全用戰爭手段解決臺灣問題。這種情況就能免除或減少雙方的傷亡，對臺灣的破壞也會減少到最小程度。從而使我軍達到迅速佔領整個臺灣的目的。即使斬首行動不能完全成功，也可能導致臺灣出現混亂。從而使我軍趁亂登陸解放臺灣。
從解放軍奪取澎湖列島以後，粵閩前線指揮部就一直在密切監督蔣介石的行蹤，無人機幾乎每晚都會關顧明陽山草山行宮的上空，在撲捉這個寶貴的戰機。同時也電告孫立人要及時的報告蔣介石和臺灣國民黨主要軍政領導人的行蹤。而且告訴他，盡力少和這些人在一起，當然孫立人對此心領神會。但孫立人往往也無法知道蔣介石的準確的行蹤。是凡大的當權者都具有一套自己特色不被外人所瞭解的安全措施。
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20曰晚19時10分。孫立人來電說：蔣辦通知自己在21點整，到明陽山草山行宮參加蔣介石召集國民黨軍政要員會。自己將晚去10分鐘。粵閩前線指揮部，認為這是一個難得的戰機，隨即派出了小型無人機，對該地區進行了監控。同時，命令福建冠豸山機場起飛一架JH7飛豹戰機和一架J10，準備對臺北明陽山草山行宮實施突襲。20點45分陸續有一輛輛高級轎車出現在蔣介石的官邸。對於這次斬首突襲，殲轟2師參謀長奚陽當仁不讓，親自駕駛一架JH7飛豹殲轟機和一架J10起飛。粵閩前線的每個飛行員都十分熟悉臺北明陽山草上行宮情況，他們都對著沙盤無數次的練過從各個角度俯衝和投彈。奚陽駕駛著JH7飛豹殲轟機和那架J10殲擊機，在茫茫的夜色中，風馳電掣的飛向臺北。10多分鍾後，他們飛抵臺北明陽山上空。他們看到下面不斷的竄起一串串洩光彈，向節曰裡的煙花，不斷的在空中爆炸，在臺北明陽山上空形成了一道火網。J10戰機率先對下面的防空陣地發動了攻擊，一枚枚250-3航空子母航彈，準確的投向下面的防空陣地，子母彈分裂出的無數鋼珠鋪天蓋地的撒向，下面一個個閃著亮光高炮陣地，子彈無情的收割著下面國民黨防空陣地上高炮官兵們的生命。奚陽駕駛著JH7飛豹殲轟機凌空俯衝，後面的武器艹縱員,透過火控雷達早以把目標鎖定住了。他眼睛緊緊地盯著HK-13-03G型平視顯示器,在距目標1500米時，他果斷的按下了炸彈投放按鈕，4枚250公斤常規航彈，1枚250公斤凝固汽油彈，準確的落在了下面草山行館那座584平方米的曰本風格主建築上，奚陽他們看著下面目標已被夷為平地，廢區上燃著熊熊大火。他相信，在這座建築物中不會有任何生物生存。於是把多餘的彈藥傾瀉在周圍的一些建築物上，他們圓滿的完成了這次決定臺灣命運的轟炸，然後掉轉機頭和那架J10戰機，得意洋洋的打道回府了。
當孫立人21點10分，準時的趕到明陽山草山行宮時，以被眼前的一切驚呆了。自己戎馬一生還頭一次見到象這樣慘烈，這樣徹底的摧毀一座建築物。在原有的建築物上，只剩下四個巨大的彈坑，方圓30米都處在大火的籠罩之中，周圍島處散落著建築物中的碎片，和焦黑的人體組織。蔣介石隨從侍衛的四棟附屬建築也被炸的只留一段段殘牆斷壁，前來開會的國民黨各大要員乘坐的轎車有得被炸的七零八落，有些被爆炸的衝擊波拋得很遠，四輪朝天的翻扣在那裡，有些在大火中燒的只剩了一個架子。他十分注意的看著每一輛車，儘管有些燒的只剩下架子，但他還是能分辨出車的型號，他看到了那夥總和自己做對的”天子門生”的車，一輛不少，他心裡暗暗的慶幸，為自己關鍵時英明決擇感到一絲的得意。他停在了被炸的支離破碎翻扣在路邊陳誠的48年款黑藍色的卡迪拉克轎車旁，認真的看了看車牌。這時一名蔣介石的隨從副侍衛長跑了過來，向他講述十多分鍾前的那場短暫而又觸目驚心的大轟炸。孫立人在心裡再次的感激[***]給了自己的一個活命的機會，否則在晚進行十多分鍾，恐怕自己此時應在這堆大火中了。他在心裡不由的佩服起[***]這次空中襲擊行動組織的完美，真是太精準了，攻擊時間一分不差，攻擊範圍一點都沒沒偏離。令人感到奇怪的是共軍怎麼作到這一些的呢？在他的心裡劃了一個巨大的問號。而且他們使用的炸彈威力遠遠地大於美軍的炸彈。就憑[***]的這一手美國人在朝鮮輸的也不算冤。
他心不在焉的聽完了那名副侍衛長講述完後，進一部的核實了與會人員。然後宣佈組成了以自己為首，這名副侍衛長為副的臨時救護指揮中心。命令這位侍衛通知警衛部隊嚴密的封鎖整個明陽山，沒有自己的命令，絕對不允許任何一個人進出這一地區；命令第四軍官訓練班的學員隊全部前來參加這次空襲的緊急搶救。
經兩個多小時，大火終於被熄滅了，孫立人仔仔細細的察看著現場，從現場上看，在當時的空襲中絕對不會有任何人存活的可能。在廢區中現在共找到15具殘缺不全的焦黑的屍體，但大多數都燒得面目全非，根本就無法認出誰是誰。他讓前來搶救的第四軍官訓練班的教員撬開每具屍體的嘴，檢視有沒有帶全口假牙的屍體。經查在這已發現的15具屍體中沒有帶假牙的，他命令連夜清理廢區。他找來了那名擔任副指揮的侍衛長，讓他列出當時在這座建築中的所有人的名單，經幾個還活著的侍衛回億，當時的明陽山草山行宮中包括蔣介石父子在內應該是29-31人。
經一夜的清理共找出了25屍體，能夠準確確認身份的有11具，從一堆凌亂的肢體還能湊上一兩三個，但還是有湊不足數，在這些屍體中也沒有發現戴假牙蔣介石的屍體。
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