劉辨比劉協年長，而且是皇后所生，論理太子位置非其莫屬。但是劉辨舉止輕浮，沒有國君應有的威嚴氣質。
劉協自小在永樂宮長大，由董太後悉心撫養，舉止端莊，深得靈帝喜愛。再加上其母王美人死於非命，靈帝難免有隱惻之心，因此他心下傾向於立劉協為太子。然而這又有違於立嗣以嫡長為先的皇室傳統，所以遲遲下不了決心。
中平六年(公元一八九年)，靈帝病重，遺詔將劉協託付給宦官上軍校尉蹇碩。四月，靈帝去世，立劉辨為帝，是為少帝。
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何皇后也改稱為何太后，臨朝處理政務。但國家大權實際上已為何進掌握，從此，內宮宦官和朝中重臣展開了爭權奪利的鬥爭。
先是何進捕殺蹇碩，接著是宦官張讓、段等殺死何進，司隸校尉袁紹、虎賁中郎將袁術和何進的部將帶兵反攻，一下子又殺宦官兩千人。
張讓、段圭等無力還擊，劫持少帝和陳留王劉協逃去。尚書盧植率軍追到後，殺死張讓、段圭，又把少帝和劉協迎回宮內。
董卓自認為和收養劉協的董太後同族，加上劉協本身比劉辨有才能，於是從這時起，董卓就想廢少帝，另立劉協為皇帝。
回到京城後，董卓的軍隊完全控制了局勢。於是董卓逼著少帝策免了司空劉弘，自己身居其位。接著，董卓又以司空的身份召集百官開會，議改立陳留王劉協為皇帝。
百官們大驚失色，但懾於董卓的淫威，誰也不敢表示反對。第二天，董卓宣佈廢除少帝劉辨，立陳留王劉協為帝，是為獻帝，時年9歲。從此，劉協開始了他作為傀儡皇帝的漫長生涯。
立獻帝後，董卓自封為相國，後又加封為太師，完全控制了中央政權。董卓的軍隊在洛陽劫掠財物，奸**女，無惡不作。
次年即初平元年(公元一九零年)春天，各地的州郡牧守以討伐董卓的名義紛紛起兵。
由於起兵的州郡都在關東(潼關以東)，所以史稱“關東軍”。許多地方豪強響應了這次起兵，帶著自己的私兵萬里相赴，自此正式拉開了東漢末年軍閥混戰的序幕。
關東軍共推渤海太守袁紹為盟主，從北、東、西三面來包圍洛陽。董卓因受關東軍的威脅，挾持獻帝由洛陽遷都長安。
這時，王允任司徒，主持具體政務。他表面上依附董卓，暗中心向漢室，身邊聚集了一批朝中官員。
初平二年(公元一九一年)，關東諸侯為了爭奪政治上的領導權，以袁紹、韓馥為首，倡議立幽州牧劉虞為帝。
但這個建議遭到袁術、曹操的反對，最後作罷。劉虞的兒子劉和在長安獻帝處任侍中，獻帝想憑藉關東軍的力量還都洛陽，以擺脫董卓的控制，就派劉和潛出武關求援。
但這時關東州郡牧守正熱衷於互相兼併以壯大自己的力量，擴張地盤，無意西討董卓。長安方面就轉而依靠內部的力量來推翻董卓。
初平三年(公元一九二年)，司徒王允與司隸校尉黃琬、僕射士孫瑞、中郎將呂布密謀刺殺董卓。呂布本為董卓的親信，兩人曾結過義父子關系。
董卓性格暴烈，有一次呂布為一樁小事違背了董卓的意圖，董卓拔出手戟就向呂布投去。
呂布慌忙躲開，事後又向董卓俯身請罪，才算作罷，由此二人有了隔閡。董卓被刺死後，王允錄尚書事，呂布晉升為奮威將軍，二人共同主持朝政。
王允得手後，驕傲自滿，加上氣量狹小，未能維持住關中的局勢。不到一個月，公元一九二年六月一日，董卓部將李等人擊敗呂布，佔領長安，殺死王允，控制了東漢政權。
李升為車騎將軍、開府、領司隸校尉、假節、池陽侯，後李又升為大司馬，郭汜為後將軍、美陽侯，樊稠為右將軍、萬年侯，張濟被封為鎮東將軍、平陽侯，外出屯駐在弘農。
興平元年(公元一九四年)，三輔大旱，谷價騰貴，一斛谷值錢五十萬，長安城中甚至發生了人吃人的事件。
劉協命令侍御史侯汶出太倉米豆煮粥救濟百姓，但因為糧食不夠仍然有很多人餓死。
劉協懷疑侯汶沒有如實用全部糧食賑濟災民，而是趁機侵佔公糧，於是派人取米、豆各五升在自己面前熬成粥，最後可以煮出兩盆，證實是侯汶作弊，於是責打侯汶五十廷杖。之後長安城中饑民終於得到了救濟。
興平二年（公元一九五年），李殺樊稠而與郭汜相攻。劉協趁李、郭汜二人內訌之際逃出長安，在楊奉、董承等的護衛下，進駐安邑。
次年，時任兗州刺史的曹操迎接劉協入駐洛陽，劉協賜曹操節鉞，標誌著了曹操“奉天子以令不臣”的時代開始了。
隨後曹操脅迫劉協遷都到許，改稱許都。但劉協依然是一個沒有實權的皇帝。
曹操雖然利用劉協來試圖實現他統一華夏的目的，卻不敢直接取代他而自立為皇帝。
興平二年(公元一九五年)，李、郭汜發生內訌，在長安城中各自擁兵相攻。獻帝派尚書、侍中去為李、郭二人和解，二人不從。
為了爭得政治上的主動權，郭汜陰謀將獻帝劫持到自己的軍營，不料未等郭汜下手，訊息已經走漏，李搶在前面，派兵將獻帝、皇后、宮人及大臣們劫去。
李、郭汜相攻數月，死者萬數，長安城幾乎變成一片廢墟。不久，獻帝在原李部將楊奉、牛輔部曲董承等的護衛下，擺脫了李、郭的控制，逃往弘農。又輾轉東行，於次年(建安元年，公元一九六年)到達洛陽。
這時中原地區袁紹和曹操兩大勢力正進行著頻繁的政治和軍事鬥爭。孫策佔據了江東，劉表佔據了荊州，劉璋割據益州，涼州為韓遂、馬騰佔有，公孫度盤踞遼東。
獻帝東還，無疑是一面可利用的旗幟。曹操搶先率軍進駐洛陽，取得了“挾天子以令諸侯”的地位。接著，他挾持獻帝遷都許昌。
建安五年（公元兩百年）劉協不滿曹操大權獨攬，不甘心作為傀儡，乃暗下衣帶詔，令董貴人的父親車騎將軍董承設法誅殺曹操。
董承遂與左將軍劉備、長水校尉種輯、將軍吳子蘭、王子服等一起密謀，結果事情敗露，董承等人都被曹操誅殺，懷孕的董貴人也被絞殺。
伏皇後畏懼曹操，於是寫信給她的父親伏完，盡數曹操殘暴不仁之事，希望伏完能夠效仿董承，剷除權臣，但伏完始終未敢行動。
建安十九年（公元二一四年）伏皇後要求其父伏完誅殺曹操的密謀敗露，曹操要挾獻帝廢黜伏皇後，並代獻帝寫好了廢黜伏皇後的詔書。