明軍士兵突然發現，敵方的火力一下子稀鬆了很多，而且衝上城牆的難度大大降低了。
流寇的箭矢、鳥銃、火炮突然之間變成啞巴了，很多雲梯也沒人看守了，官軍爬雲梯就跟爬自己房梁一樣輕鬆。更沒想到的是，他們登上城牆之後，發現這些流寇要不跑得比兔子還快，要不一碰就“死”，敢拼死抵抗的頂多十有二三罷了。
他們這才確信，北門之流寇依然崩潰！
魔教五行旗在武林聯軍和十大高手的圍剿下，很快只剩下一百多了。在無法施展陣型的情況下，說白了他們只是一群玄通境三等的好手，而秦書淮等高手且拋開不說，武林聯軍之中玄通境三等的好手也不少，他們不佔什麼便宜!
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魔教五行旗眼看著這些爛泥扶不上牆的流寇兵四散潰逃，不由都蔚然一嘆：我堂堂日月神教竟然與這些烏合之眾為伍，真是奇恥大辱！
但是事已至此，如今他們陷入重圍，便是想跑也跑不得了，反正這麼多弟兄都去了，那便拼了一死，與他們同去吧。
我日月教徒，有死無降！
在五行旗爆發最後的能量進行決死一戰之時，大批的流寇兵從城頭沿著牆階撤了下來。下頭的督戰隊一開始還殺幾個阻攔一下，但是城牆上的流寇兵像流水一樣衝下來，把督戰隊都衝的七零八落。為什麼？因為督戰隊也怕了啊！
於是，很快出現了督戰隊和逃兵一塊跑的奇景。
六月二十日凌晨卯時一刻，在渭南慘敗後的第六天，官軍從西、北、東三面攻入高迎祥的老巢商洛城。
而此時，渭南城的李自成、劉國能以及一眾流寇剛剛集結完畢，正準備趕去增援渭南。
商洛城內的高迎祥做夢都沒有想到，官軍竟然能在一夜之間就攻入了商洛城。驚慌失措的他立即安排大軍進行巷戰，阻擋洶湧而來的官軍。
但是此時城內流寇士氣已崩，加上他們本來就不是官軍對手，哪裡還有勇氣與官軍死戰？拋去死在城頭的流寇，此時城內還剩下近四萬兵馬，但是真正在拼死作戰的，只有張妙手手下的八千餘嫡系。
但是張妙手這些人，大都集中在城東，賀人龍部在奪取城東城牆後，沒多久就開了城門，以至於張妙手這八千餘人根本來不及佈防，只能與官軍硬碰硬，接過可想而知。打了不到兩刻鐘，賀人龍手下這群如狼似虎的兵就已經合圍了張妙手的部隊，以摧枯拉朽之勢展開圍剿。沒過多久，張妙手就發現大勢已去，只得組織隊伍突圍。
而其他流寇部隊就更不經打了，往往沒抵抗幾下就向官軍投降了！
在城內某處的高迎祥知道大勢已去，急忙從一條密道出城，因為情況緊急他只帶出去了一千多兵馬，但是不巧的是，官軍吸取了安康城的教訓，在城外遍佈馬哨，他這一千多人出了暗道後還沒走多久，就被馬哨發現了。
馬哨飛速跑去稟報洪承疇，洪承疇二話不說，立即派了兩千騎兵上去追。傻子都知道高迎祥出了商洛之後只有渭南一城可去，所以騎兵直接向南追就好了。
高迎祥部從狹小的暗道出來，自然沒有馬匹，因為不多久就被騎兵追上了！
一千步兵遇上兩千騎兵，其結果可想而知。官軍馬兵只一個衝鋒就衝散了高迎祥的部隊，這些人立即作了鳥獸散，往附近的山丘跑去。
好在天還沒亮，夜幕給他們的逃跑製造了便利。高迎祥在兩百多忠心的親衛保護下，也慌忙逃進了一處中山。
馬兵的統領的是張嘯，他又豈會放過這個立大功並且給弟兄們報仇的好機會，立即命令所有馬兵下馬，進山搜捕，同時又派人回城去報信，要洪承疇派更多的兵馬來搜山！
高迎祥在親衛的保護下，拖著略肥的身軀，沒命地在山上跑。官軍也很有經驗，雖然在他進林子的時候沒能看清他是誰，但是就憑他身邊護衛最多這點，就認定他就是高迎祥，於是把主要兵力都集中起來，就追他。
逮住賊首高迎祥，這可是天大功勞，可以說誰抓住他誰這輩子吃穿就不用愁了，所以官軍都像脫了韁的野狗一樣拼了命。
高迎祥的體態略胖，自然跑不太快，於是他的親衛只好揹著他跑。
不過就算這樣，官軍還是追了上來。為了拖延官軍，一部分親衛抱著必死的決心，留下來阻攔官軍。
靠著親衛的拼死護衛，加上高迎祥部長期盤踞此地，對此地的地形比官軍熟悉，高迎祥終於擺脫了官軍的追捕。然而此時，他身邊也只剩下四五十人了！
商洛城內的局勢很快平定下來。原先四萬多流寇守軍，約一萬六千多人戰死，五千多人失蹤或者逃跑，剩下的兩萬三千多人全部投降，做了俘虜。
官軍還是第一次俘獲這麼多降兵，一時間竟然不知道如何安置。後來洪承疇吩咐，這些降兵先一律解除武裝，隨後用繩索捆住他們的雙手，再集中到西城城下，由一萬官軍將他們包圍，聽候發落。
此時城內大火越燒越大，由於城內大都是木製結構的建築，所以很快向民居蔓延，救火成了比尋找漏網之魚更加緊迫的事情。於是秦書淮立即下令，撥出兩萬兵去滅火。但此時用水滅火的辦法已經行不通了，只好採用拆除過火地帶邊緣建築，製造隔離帶的辦法。
一時間，兩萬多兵如狼似虎地闖入居民家中，先是不管三七二十一地把裡頭的百姓全架出來。然後就開始扒屋子，拔不動就用炸藥炸。城中百姓不明白原委，呼天搶地地大罵官軍，好在秦書淮嚴令官軍不得毆打百姓，要不然這些人非挨官軍揍不可。
經過的“強拆”，火勢終於被控制住了。秦書淮為安民心，迅速派人挨家挨戶去統計損失，但凡受災的住戶，他都一律按照市場價的1.5倍進行賠償。粗粗一算，這筆賠償金怎麼也得三四十萬兩，讓他不禁又一陣心疼。
不過，很快他就又不心疼了。因為孟威來報，在高迎祥的府上發現了一個巨大的密室，裡頭堆滿了白銀、黃金以及各種珠寶，粗粗一算起碼價值一百萬兩！而在城中的銀庫，也發現了約三十多萬兩的軍餉。原來，高迎祥走得急，根本來不及搬這些沉重的財寶，所以就全留給了秦書淮。