楚黨和東林的交惡，當時的翰林院編修孫承宗是見證人，孫承宗把事情的來龍去脈跟朱由校講了一遍。
在妖書案中，郭正域受到當時的內閣首輔沈一貫的誣陷。自此之後，郭正域厭惡官場中的爾虞我詐，早已視功名利祿於浮雲，回鄉後即以講學為要，勸廷弼不要插手其間。熊廷弼不肯，他聯合楚人繼續努力。
然而，顧憲成為了讓李三才入閣，他寫了《救漕撫書》，這篇文章在邸報上傳開，局勢變得撲朔迷離，郭正域進閣更加渺茫。
失望之餘，熊廷弼也有了情緒，這讓吏部尚書孫丕揚很為難。
此時，因韓敬科考案波及江南，生員對官府極不信任，彼此間嚴重對立，矛盾難以化解。有人建議讓熊廷弼去：“南中人才盛，非文望莫能鑑；士風悍，非武望不能懾。熊科名高，有文武風，裁宜以往。”
為了緩解熊廷弼的情緒，孫丕揚特任命他去南直隸任提學御史，離開京城這是非之地。
後來，熊廷弼去南京上任。那時，他牽掛著邊防安危，痛苦多年積累的經驗、滿腹軍事韜略，從此埋入深淵無人識。更難以釋懷的是親家翁滿腹經綸卻倍受冷落，其中的滋味誰人知？熊廷弼的心充滿悲憤與無奈。
督學南畿的第二年，正逢東林書院領袖顧憲成的長子顧輿淳參加鄉試，一頭撞在了熊廷弼的槍口上。熊廷弼將他置於末等，名落孫山後，顯然就是不讓他進入仕途。
這說明什麼呢？熊廷弼恨顧憲成，恨他身為郭正域的密友，在入閣問題上竟站在了李三才身邊，讓郭正域滿腹經綸，卻沒有施展志向的機會。
萬曆四十年，郭正域去世，享年五十八歲。郭正域離世，對熊廷弼打擊非常大。他無法承受失去親家翁又是密友的沉重打擊，把怒氣發洩在東林身上。從考課至督導，只要生員犯錯，多半予以杖責。即使成績優秀者，只要感其心術不正還是要杖打，杖擊成了他的家常便飯。熊廷弼暴戾離奇的行為，終於引起學生家長的不滿，他們衝進督館，搶走受杖擊的兒子不說，還紛紛告到衙門。
然而，熊廷弼又很盡職，只要鄉試，他都要把舉子的試卷全部取來親自批閱，凡有高明者，都要拔擢出來。熊廷弼批閱試卷很奇特，他喜歡把幾條長凳連接起來，把試卷一字兒鱗攤於長凳上，再於長凳左右各置酒一罈，劍一柄。他手操硃筆，一目數行，每當讀得佳作，拍案叫絕，大樽痛飲。若遇荒謬劣作下品，則搖頭嘆氣，手揮劍狂舞一回，以抒胸中鬱氣。
熊廷弼還大量提拔寒微之士，又黜退江南許多名士及鄉紳津要子弟，其中尤以東林子弟居多。受其處罰的生員亦與東林有關，弄得怨聲載道。熊廷弼行事如此，確實令人匪夷所思。也許在他內心深處，無法忍受郭正域被人遺忘，從而遷怒東林。而郭正域被謀殺，更讓他恨東林入骨。顧憲成去世後，按例，作為名賢，顧憲成享有立祠的權力，熊廷弼對此卻十分勉強。只是迫於公議，勉強從之。
孫承宗講完了這番舊事，皇帝聽得連連點頭。
“孫先生，朕覺得最好和熊廷弼見一面，這樣遼東前線的很多事說得明白。”
“陛下所言有理，但是現在形勢危急，遼東經略駐守在沈陽城，他不能離開前線太長時間。否則容易給東虜可趁之機。”
“瀋陽離京城多遠距離？”
“回陛下，一千四百多裡地。”
“瀋陽離山海關多遠距離？”
“八百多裡地。”
“那朕去巡視山海關，讓熊廷弼到山海關來見朕。”
“皇上萬金之軀還是不要隨意出京。”
“朕心意已決，再說現在關內還是安全的。朕不能做宮闈中的金枝玉葉，經不起一點風吹雨打。你是朕選的內閣首輔，應該以朕之心為心。”
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“是，僕想得太迂腐了。”
“明日，你跟朕去巡視京營。”
“是，陛下，僕立刻安排。”
“不行，朕要瞧瞧地去，你提前知會官員，他們會把京營的問題藏起來，朕去巡視就沒有意義了。”
“這有些危險吧，萬一碰上士兵譁變怎麼辦？”
“譁變就譁變，朕就是看看真實的京營。有錦衣衛保護，沒有什麼好害怕的。”
十月初二，內閣首輔孫承宗陪同皇帝一起去京軍十二團營巡視。去之前，朱由校特意叮囑手下不要告訴將士們他皇帝的身份。
京軍最開始的編制就是三大營，土木堡之變以後，于謙改革軍事，將京軍編為十二團營，就一直沿革到現在。
來到京軍營寨，朱由校知道情況有多麼糟糕了。
皇帝來的時候，有的士卒在打傢俱做木匠活；有的則在打草鞋；還有的在道邊開茶館。幹什麼的都有，就是沒有在鍛鍊武藝操練陣法的兵。就這種水平的兵還缺員，孫承宗前幾天報告京軍有十萬人，現在看來怕是九萬都不到了。不光人是這樣，馬也是瘦小枯乾餓的只剩一口氣了。
朱由校又去檢查軍備庫，朱由校手抽一弓，正欲拉開，弓承受不了拉力自己斷了；取一支箭，箭只能抽出來半截；檢驗刀棍，刀不能殺雞，棍不能擊犬。檢查到一半，中午軍營開飯了，士卒們都跑過去吃飯。朱由校也去看了看，食桶裡都是一些爛菜葉一點葷腥都沒有，散發著難聞的味道。士卒們都吃的很開心，朱由校看得很難過。
朱由校覺得是時候顯露身份了，由內閣首輔宣佈皇帝今天來巡視軍營。大小將校和士卒都紛紛下跪行禮，皇帝讓他們免禮平身。
在將士們驚奇的眼光下，朱由校去嘗了嘗底層士卒所用的飯食，他感覺就像在吃泔水一樣。皇帝急忙命令軍隊的伙伕重新給士卒做菜，要有肉有菜。皇帝下令，有誰敢不
遵從，伙房立刻手忙腳亂起來。不多一會兒，伙房做好一葷一素給士卒們吃，皇帝先嚐第一口，雖然也不好吃，但總比泔水強多了。皇帝下令士卒們可以敞開肚子吃，士卒們感覺比過年還高興，再次集體跪拜，高呼萬歲。
這頓飯把京軍伙房儲備的豬牛羊雞鴨鵝肉消耗了一大半。等到士卒填飽肚子以後，皇帝站在高臺上向將士們訓話。朱由校封閉了廉泉閘，這可以放大他講話的音量。皇帝的話震耳欲聾，在場的上萬將士都能聽得見，在皇帝身邊的內閣首輔孫承宗耳朵被震得生疼。
“各位將士們，朕今天很後悔。朕很後悔不在即位的第一天就來巡視京營看望大家。朕很自責，朕不瞭解你們的生活，朕不瞭解我大明的將士生活的如此不堪。朕今天向你們保證向全天下的大明將士保證，朕一定會讓你們有足夠的錢糧……”朱由校講了很多很多，他也不知道底下的將士聽進去多少。
軍人的健壯體格需要足夠的營養，而今日所見的京軍士卒伙食，和餵豬的飼料差不了太多。軍隊打仗需要精良的兵器，今天皇帝見到的武器都不如農夫的鋤頭。
皇帝命人清點人數，紙面上的京軍總人數是十二萬人，現在已不足九萬。在這八萬多士卒當中，身體強壯的人都很少，更不要說騎馬作戰了。
朱由校晚上回到文華殿，繼續與孫承宗商討國事。
“孫先生，改革京軍時不可待，再這樣下去，京城即便有高高的城牆防守，面對敵人也是不堪一擊。”皇帝說話的語氣有些沮喪。
“皇上不要著急，今日巡視京營，陛下與將士們同甘共苦。臣大為敬佩，只要陛下願意配發足夠的物資，將校們加以嚴格的訓練，永樂年間無敵京軍的威風一定會重現的。”孫承宗今日陪同皇帝巡視兵營，對天子的那種實事求是平易近人的做法很是感動。孫承宗彷彿看到了大明的美好未來。
“這樣，讓兵部尚書崔景榮最近辛苦一點，多去京軍視察監督。有貪汙腐敗或是虐待士卒的將帥直接送到刑部，刑部處理的不好，讓崔景榮直接彙報給朕。這些天，孫先生你就優先處理軍務，內閣的其他事就交給劉一燝和韓爌來解決，你只要起到監督作用就可以了。”
“是，陛下。僕明白，僕一定會抓緊京軍的訓練。僕建議讓喜峰口參將滿桂來訓練京軍。滿桂為人忠誠勇敢，不同一般，不好聲色，能夠和士卒同甘共苦。最重要的是他擅長騎馬射箭，也很擅長訓練士卒。把京軍交給他訓練，陛下一定能看得到效果。”
“我聽說滿桂是蒙古人？”
“陛下，滿桂不是蒙古人。他的先祖是山東兗州府嶧縣人，因立有戰功，遂在宣府衛為官，至此世居於宣府。滿桂是正兒八經的漢人軍官。”
“好，朕批准了，調滿桂到京軍練兵。”
最後，朱由校與孫承宗商議了一下。熊廷弼要在十月十五日到山海關向皇帝述職，內閣首輔坐鎮北京城。