山海關一片石一戰，大順軍損失數萬人，大將劉宗敏也負了傷，李自成下令大順軍急速撤退，由於對吳三桂的勾引清兵叛變欺詐極為痛恨，行至永平府範家店時，李自成決定將吳襄處斬，四月二十七日，李自成從德勝門入東華門，又殺吳三桂家屬三十四口，唯獨捨不得殺藏在宮裡的陳圓圓。
大順軍敗回北京以後，李自成考慮過據守北京城，可大順軍將領們都想回陝西去，丞相牛金星和原明廷一些官吏急著勸進，大將劉宗敏也說：“若不正大位，即求還關中，不可得也”。李自成決定從速登基。
二十九日上午，李自成在武英殿內即皇帝位，接受群臣的朝賀，定國號大順，建元永昌，追尊七代祖妣為帝后，立妻高氏為皇后，但這個匆忙的即位典禮結束後，李自成立即率部西撤，李自成暫留幾千大順軍守城，離京前“分付闔城人民俱各出城避難”，同時下令放火焚燬大明宮殿和各門城樓，大順軍撤退時“城中扶老攜幼西奔者絡繹不絕”，明朝降官如龔鼎孳、塗必泓等人也自動隨大順軍西行。
多爾袞令關內兵民盡行剃髮，吳三桂首先遵令，自請作前驅，率二萬兵馬，星夜前進直抵北京城下，卻見城上擲下一顆血淋淋的首級，接連又擲下三十多顆首級，親兵把人頭一一拾給吳三桂看，拾起一瞧，正是他父母妻子的首級，吳三桂不禁捶胸大哭，後來想到不見陳圓圓首級，故此稍稍安心。
恰好清兵亦趕到北京城下，多爾袞安撫了一下吳三桂喪父亡母之痛後，與吳三桂商議了一夜，翌日黎明，多爾袞命令多鐸、阿濟格和吳三桂等帶領精兵火速追擊西逃的大順軍，目的是進一步重創大順軍，儘量截留被大順軍運走的金銀財物。
五月初八日清軍在慶都城東追上大順軍，大順軍被清軍擊敗，接著清軍又在真定再次獲勝，大順軍拋棄甲仗無數，擁積道旁，清軍、吳三桂軍搬不勝搬，移不勝移，著實發了一回大財，吳三桂也在亂軍之中得到了陳圓圓，這兩人終於破鏡重圓，而大順軍在畿輔已無法立足，經井陘退入山西，留下大將馬重禧這一支精兵扼守固關，追擊的清軍於五月十二日返回北京。
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五月二日，北京城裡的官紳士民並不清楚吳三桂已經投降清朝，紛紛傳說吳軍殺敗大順軍，奪回明太子朱慈烺，即將送回北京即位因此準備了皇帝的鹵簿法駕出城迎接，原明官吏立崇禎牌位於午門哭臨，並忙備車駕儀仗出朝陽門迎接太子，不久有數萬騎兵到來，臣民仰視，卻是清攝政王多爾袞，正在驚愕間，清兵已大隊入城，次日，故明官吏們決定改換門庭，上表勸進多爾袞為帝，勸進表雖然沒有被多爾袞接受，但多爾袞看到明官吏肯忠順清朝，於是著意籠絡和留用明朝大小官僚。
他按帝禮為崇禎發喪，諡崇禎為懷安端皇帝；地方官吏歸順者晉級，抗拒者予以嚴懲；明宗室來歸者，不奪王爵，繼續享有特權；安撫百姓，廢除明末三餉加派；凡投誠官吏軍民皆著剃髮；（是為剃髮令，這自然引起了漢族人民的強烈反對，二十四日，多爾袞鑑於清統治尚未穩固，宣佈收回成命，允許漢人照舊束髮）繼續鎮壓大順軍，派新封都平西王吳三桂、英親王阿濟格、豫親王多鐸率兵兼程追剿李自成、張獻忠，這就使剛入關的清統治者很快取得了京畿一帶官僚士紳的支援，清軍在京畿直隸站穩了腳跟。
大順軍在山海關戰敗的訊息傳開以後，原大順軍控制區內的明朝官紳，認為舉事的時機已到，紛紛糾集兵力發動起義，推翻當地的大順政權，這些發動起義的官紳絕大部分是以明朝為正統的，他們旗幟大抵是“擒賊復明”。
四月二十七日，山東德州鄉紳明朝御史盧世？、趙繼鼎、主事程先貞、大學士謝升之弟生員謝陛發動起事，推舉逃難到該地的明宗室慶藩奉國中尉、香河知縣朱帥？為盟主，假稱濟王號召遠近，山東和北直隸的許多地方官紳群起響應，不到一個月就佔領了山東省德州、濟南府、東昌府、青州府、臨清州、武定州、高唐州、北直隸的河間府、大名府等州縣。
大順軍撤入山西以後，清軍停止了追擊。返回北京休息整頓，所佔地方不過是京師附近一帶，李自成卻同劉宗敏等高階文官武將率領主力繼續西撤，於六月初渡過黃河返回西安，儘管他在固關留下了大將馬重禧，在大同、陽和留下了制將軍張天琳，在晉東南長治留下了大將劉忠，路過太原時留下姜瑄、姜有光守禦，在晉西北保德留下了降將唐通，晉南臨汾又有綿侯袁宗第統兵八萬人屯於掛甲莊。
田承嗣是四月初四日得到北京城失陷的正式訊息，於是派人通知了朱媺娖，只是沒有告訴她父皇已經在煤山吊死了，本來北京城回的來探子，也沒有得到崇禎皇帝死了的訊息，所以算不上是對朱媺娖的欺騙。
四月初八日，田承嗣才得到崇禎皇帝已死的訊息，由於朱媺娖起病倒了，田承嗣沒敢這個訊息告訴她，不過北京城被大順軍攻陷，錦衣衛也就不用急著北上勤王了，現在最重要是怎麼才能夠掌控江南半壁江山。
四月初十日，曹州紅娘子傳來訊息：搶劫田府財物的土匪，就是劉澤清的拜弟齊威，在鉅鹿被曹州錦衣衛圍剿，殲滅和殺俘一千二百多人，齊威兵敗不能脫身，最後只得自殺身死，錦衣衛一共取回來了一百萬兩銀子的財物，還有三百多萬兩銀子的財物被藏匿，或被別的土匪分走了，初三日，在鉅鹿北面的韓家寨附近，遭遇大順軍劉芳亮部數萬兵馬，曹州錦衣衛放棄繼續北上，全軍向南退回了曹州府。
隨著曹州錦衣衛的南撤，搜尋四皇子朱慈照和袁承志的計劃落空，田承嗣暗歎人算不如天算，自己一直打四皇子朱慈照的主意，到頭來還是竹籃打水一場空，田承嗣把目光盯在了朱媺娖身上，崇禎皇帝的三個兒子都不在的時候，讓朱媺娖以公主身份監國，應該跟一個可行的辦法吧！
而金陵城得到大順軍的攻克北京訊息，是四月初八日，淮安巡撫路振飛根據塘報，向當地官紳宣佈了京師失守的重大變故，並於初九日把這個塘報傳到金陵城，這個訊息在金陵百姓中震動很大，南京六部等高級官員，.當大順軍向北京進軍時，部分官員知道京師難保，已經作了從海路迎接太子朱慈烺來南京監國的準備。
南京（金陵城）六部等高級官員雖然得到了北京陷落的訊息，卻由於對崇禎皇帝和他三個兒子的下落不明，他們不敢輕舉妄動於是嚴密封鎖消息，金陵城在明朝初年是帝國的首都，永樂年間遷都北京以後，南京作為留都一直保留了六部、都察院等一整套與北京相對應的中央機構.這種兩京制度的特點是：皇帝和內閣大學士等決策人物都在北京，北京的六部等衙門是名副其實的中央權力機構，南京各衙門多為虛銜，公務清閒任職官員被稱為“吏隱”，但地位一般不低於北京相對應的衙門官員，在留都握有實權的是南京參贊機務兵部尚書、南京守備太監和提督南京軍務勳臣。
四月十七日，從北京逃出來的原大學士魏炤乘證實，北京朝廷已全部覆亡，作為留都的南京很自然地成了明朝的政治中心，這讓當政和在籍的大臣如雷轟頂，頓時亂成一團，對於他們來說當務之急是立君，而崇禎皇帝的三個兒子，有兩個被大順軍俘獲，只有四皇子朱慈照下落不明，這樣朱慈照就是大明皇帝最夠資格的繼承人。
就在所有的人把目光放在朱慈照的身上，期待著朱慈照出現在江南時，四月十九日，淮安巡撫路振飛有傳來訊息：據跟隨錦衣衛指揮使安建清南下的錦衣衛證實，隨安指揮使南下的四皇子朱慈照被大順軍俘虜；這樣崇禎皇帝三個皇子都未能逃出北京，在沒有直系皇位繼承人的情況下，南京及其附近地方的大臣、勳貴、太監、將帥們，對擁立哪一位藩王的問題上展開了一場勾心鬥角的鬥爭。
.以血統親近而言，崇禎皇帝的祖父神宗朱翊鈞的子、孫還有福王朱由崧、惠王朱常潤、桂王朱常瀛，神宗兄弟的兒子則有潞王朱常淓，按照封建倫序觀念，自然應該首先考慮福王、桂王、惠王，而在福、桂、惠三王中朱由崧又處於優先地位，淮安巡撫路振飛更是遺書南京兵部尚書史可法，謂倫序當在福王宜早定社稷主。
田承嗣也坐不住了，為了讓朱媺娖監國，先後給老師史可法、南京司禮監兼守備太監韓贊周、鳳陽總督馬士英、兵部侍郎呂大器、南京戶部尚書高弘圖、右都御史張慎言、詹事府詹事姜曰廣等通氣，除了司禮監兼守備太監韓贊周、鳳陽總督馬士英回信敷衍田承嗣，其他的人理都不理他，史可法更是嚴詞斥責田承嗣貪戀權力，並說大明決不允許出現女人主政的局面。
朱媺娖也病得很重，而且對監國一事並不很積極，田承嗣在朝廷裡就是一個孤家寡人，連阮大鋮都躲著不願意見面，這次田承嗣要面對不僅僅是東林黨，而是整江南的官僚士紳，誰叫田承嗣要逆天而行呢！
江南士紳中有部分東林黨人，因為朱由崧的祖母是備受神宗寵愛的鄭貴妃，從萬曆到天啟朝廷上圍繞著儲君問題展開的“妖書”、“梃擊”、“移宮”等鬥爭，使得神宗和鄭貴妃希望立福王朱常洵(即朱由崧的父親)為太子的圖謀才化為泡影，他們擔心一旦朱由崧登上帝位重翻舊，自己在政治上將會失勢，強烈反對由福藩繼統。
在籍禮部侍郎錢謙益被視為東林黨魁他兩次從原籍常熟趕往南京以“立賢”為名到處遊說，提議迎立潞王朱常淓，支援錢謙益的有南京兵部侍郎呂大器、南京戶部尚書高弘圖、右都御史張慎言、詹事府詹事姜曰廣等人，具有舉足輕重的南京兵部尚書史可法也傾向於東林黨的人物，他內心裡對擁立福王有所顧忌，但又認為應該按倫序迎立神宗的子孫。
關鍵時候福王府舊人，鳳陽監軍太監盧九德，說服鳳陽總督馬士英和高傑、劉良佐、黃得功、邱磊四總兵支援，馬士英立即以鳳陽總督和四鎮的名義，正式致書田承嗣和南京守備太監韓贊周宣佈擁立福王朱由崧。
當南京各大臣被韓贊周邀請到家中傳閱馬士英的書信時，雖然不少人感到震驚，但是他們既無兵權，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，這些人又不願意藉助田承嗣的力量，只好違心地表示同意，擁立潞王朱常淓的主要策劃人物錢謙益也態度軟化，東林黨魁的態度如此，其他原先追隨擁潞的人也可想而知了，福王繼統已成定局。
馬士英給田承嗣許了封侯和繼續總督河南、山西、山東三省，要田承嗣息了長公主朱媺娖監國的念頭，韓贊周受盧九德所託，說只要田承嗣願意擁立福王朱由菘，福王登基後給田承嗣封萬戶侯加武官一品。
田承嗣是嗤之以鼻，也沒給馬士英、韓贊周回信，而是給在鳳陽府附近的蔣尚武、蔡大山密令，要蔣尚武、蔡大山在鳳陽府搞出點動靜來，四月二十七日，蔣尚武、蔡大山對一旁監視錦衣衛的鳳陽官軍發起了攻擊，一舉打垮了錦衣衛當面之敵，監視錦衣衛的山東邱磊部傷亡三千多人，被俘虜四千多人，而邱磊被錦衣衛火銃打倒，被馬群踩成了肉泥。
錦衣衛和鳳陽駐軍發生衝突，震驚了整個江南，使得江南的官僚士紳百姓，不得不正視田承嗣的存在，忽視田承嗣的錦衣衛，會帶來不可想象的後果，田承嗣把這次行動，說成是錦衣衛和鳳陽駐軍長期摩擦造成的惡果，驚呆了的南京官員們，第一次沒有使出文人的大吵大鬧，而是一起抱團商量怎麼對付田承嗣。（未完待續）