楓葉飄落，塵埃落定，南京紫禁城的新主人坐穩了龍椅，大清算即將開始。
朱棣即位後，首先改了年號，將建文年號廢除，更改為洪武年號（洪武為朱元璋即位時的年號。）此舉意味著建文帝是不被承認的。在洪武年號複稱一年後，朱棣再繼起永樂年號，從此稱其為永樂帝。
這一年，朱棣做了很多事，第一件是恢復建文帝修改洪武年間的一切措施，意即恢復祖制。他打著靖難的旗號起家，如果建文帝做的是對的，那朱棣何來的理由清君側。姚廣孝如下棋般安排著這些措施，一步一步的穩固朱棣的皇位，也越來越受重用。
在靖難一役後，各地的藩王也基本投降了，本來寧王擁有朵顏三衛，實力在各諸王中最為強大。但朵顏三衛已經死在天地羅華手上，從此寧王無所依靠，也無所求。
朱棣還有一個人要解決，那就是人稱天下讀書種子-方孝孺。
朱棣特地去看了方孝孺。方孝孺思念建文帝，惹得病重，被一干錦衣衛圍著。方孝孺見永樂帝進來，既不跪拜，也不行禮，怒發衝關，瞪著永樂帝。
朱棣被瞪著不好意思，訕訕的說：“先生，怎麼老想不通呢，何苦給自己找罪受呢？我這是仿效周公輔佐成王。代理天子職權，一心朝政，排內憂，徵外患，鞏固王朝統治。”
方孝孺怒道：“那成王現在呢？”意為成王至少還活著，那建文帝呢？
永樂帝嘆氣說：“他竟然想不開，自焚而死。”
方孝孺更怒，又咄咄逼人問：“為何不立成王的兒子為皇帝？”
永樂帝四兩撥千斤的回答：“國家需要一個成年的君王。”
“那成王的弟弟呢？”方孝孺說的沒錯，理應由嫡系來繼承。
永樂帝這次無言了，含糊地說：“這是我們朱家的事。”
方孝孺憤而掀被而起，露出裡面的白麻孝服，要掉頭而出，被錦衣衛攔了下來。
在過往，背對君王是殺頭的罪。永樂帝心中怒火燃燒，他死盯著方孝孺的背影，姚廣孝知道朱棣已經忍不住了，但是他還是想救救方孝孺一把。因此他神情凝重的暗示永樂帝壓下怒火。
朱棣站了起來，煩躁走了幾圈，要卸掉心中的恨。
此時姚廣孝站出來說了一句，“先生乃文壇領袖，是否能替永樂帝草擬即位詔書。”朱棣看著方孝孺，心裡期盼他能答應，這樣雙方都有臺階下。
方孝孺偏頭一看，大笑三聲，竟欣然同意。當朱棣和眾人以為方孝孺終於回心轉意時，方這硬骨頭竟然在詔書上揮灑自如的寫下：“燕賊篡位”四個大字。龍鳳飛舞的草書彷彿在嘲笑朱棣的心病。
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永樂帝怒不可及罵道：“信不信，我誅你九族！“，將詔書摔在方孝孺頭上，這墨汁尚未幹，濺得方孝孺的白麻孝服一點一點飛星。方孝孺淡然自若，只俯首說：“死就死，誅我十族都不怕。國家只有一個皇帝，建文帝。”
種種言語，將永樂帝氣的心中錐痛，大開殺戒，當場說道：“就成全你，誅你十族。“喝令兩旁錦衣衛將方孝孺押綁赴刑部，不日凌遲處決。
在攻打南京城前，姚廣孝曾建議永樂帝不要殺死方孝孺，因為方孝孺是文壇領袖，讀書種子，一旦殺死方孝孺，恐怕明朝文風後退數十年，且永樂帝將揹負永世罵名。而在姚廣孝的其內心深處，很佩服方孝孺的氣節和文筆。這一次，姚廣孝還是想救方孝孺。
但永樂帝搖手拒絕姚廣孝的提議，他再也聽不進去了，如果能忍，當初他就不會造反，追殺建文帝。永樂帝意志堅決，對方孝孺恨之入骨，要求刑部提出了誅十族的刑罰。
古有雲，誅九族，來自於秦朝的夷三族法，上自高祖母，下自母族、妻族。永樂帝氣急，竟提出誅十族。刑部尚書心驚膽跳上奏詢問，“何來十族？”
永樂帝怒答，“那就把他的學生也殺了。”
刑部尚書及滿朝文武上下震驚，但是皇帝的旨意，無人敢不從。
就這樣，刑部列出了八百七十三人的名單，送抵皇城。朱棣大筆一揮，“全殺了。”史上牽連最廣的滅族刑罰產生了，八百多人一夕間灰飛煙滅。