劉辯在佈置完地方上的安排，就把精力放在了中央機構上，像楊彪，馬日單，蔡邕那批老臣都是放在了中央任職，各自的職位也均是按照原先在洛陽的那樣。其中原任漢中郡太守何昆被調回來之後，被劉辯任命為自己的情報兼保鏢機構錦衣衛的指揮使。處理自己的私事上，劉辯還是重用自己家人，何昆是自己死去的舅舅何進的次子，原先因為在軍事謀略上出眾被盧植舉薦做了漢中郡太守，當他聽說了自己這個表弟回到南陽老家拉起了隊伍準備和董卓死磕的時候，也送來大批軍事物資。最後直接交出了漢中太守的大印，到了自己身邊做了錦衣衛的指揮使。
穆桂英，楊延琪兩位大美女則是組建了自己身邊的保鏢性質的禁軍虎衛，廖化和周倉等一些招募的武藝高強之士紛紛補充道裡面來。
劉辯對於漢代的軍隊制度做出了很大的改變，在吸收了唐宋元明清和南北朝五代十國等時期的軍隊制度，劉堯將目光放在了隋唐時期的“府兵制”和明朝的“衛所制度”。因為歷史已經見證了在一個政權開始興起的時候，這兩種兵制法是尊容易調動軍隊全部實力和節約成本的制度。
府兵制原起於北魏時期鮮卑人當兵、漢人務農的政策。府兵全家可以免除賦役，當兵成為鮮卑人的專利，這政策明顯地帶有民族隔離的色彩。到了北周後期，迫於形勢，漢人也被募充作府兵。楊堅為北周大丞相時，就下令西魏受賜鮮卑姓的漢人可恢復漢姓，開始破除了鮮卑人當兵、漢人務農的規定。隋開皇十年(590年)，文帝又下令府兵全家一律歸入州縣戶籍，受田耕作，變軍籍為民籍，兵士本人則由軍府統領。這一措施不但使農業戶口大增，促進了農業的發展，而且更適應了民族融合和時代趨勢，有利於民族團結和國家統一。
衛所制度又稱衛所制為明朝的最主要軍事制度，為明太祖所創立，其構想來自於隋唐時代的府兵制。明代在與元朝及元末群雄爭戰期間，軍隊的來源，有諸將原有之兵，即所謂從徵，有元兵及群雄兵歸附的，有獲罪而謫發的，而最主要的來源則是籍選，亦即垛集軍，是由戶籍中抽丁而來。除此之外尚有簡拔、投充及收集等方式。此外，明朝中期以後又有強使民為軍的方式，不過都屬於少數，衛所制仍然是最主要的軍制。
明代自京師達於郡縣，皆設立衛、所，外統於都司，內統於五軍都督府。也就是說，衛、所分屬於各省的都指揮使司，各省的都指揮使司又由中央的五軍都督府劃片管轄(雲南都指揮使司隸屬於中央右軍都督府)。都指揮使司下轄若干個衛，衛下轄一定數量的千戶所和百戶所。
這兩種制度的缺陷就是軍人的土地問題，由於隨著人口的增長，一塊土地的糧食生產量不變，但是要養活更多的軍人家屬，再加上土地到後來越風月少，每個人得到的也就越來越少加上浩強地主的土地兼併，最終引起這兩種兵役法的奔潰。
宋朝軍制遵循“強幹弱枝，內外相維”的原則。禁軍中最精銳的殿前軍駐守在京城，侍衛親軍駐紮在各地。京城的人馬最為精強，各方鎮知道兵力不敵，不敢造反。這就是“強幹弱枝”。如果京城有變，在各地駐紮的禁軍聯合地方的兵力，也足夠對付變亂。這樣就“內外相制，無輕重之患”，這就是“內外相維”。
兵符出於樞密，而不得統其眾；兵眾隸於三衙，而不得專其制。”樞密院有調兵之權，卻不掌管軍隊；三衙掌管軍隊，卻無調兵之權；遇有戰事，由皇帝任命率臣領兵出征，從而實現了“發兵之權”與“握兵之重”的分離。這種體制對於消除中唐以來綿延200多年藩鎮割據的局面，確實起到了重大作用。在平定各地割據政權的過程中，各小國軍隊中的精兵被收編入禁軍，編入殿前司.北宋和南宋的軍事制度有許多不同之處，但總的是吸取晚唐、五代軍閥割據的教訓，皇帝加強集權，削弱大將兵權，以文臣御武事；集中大量財力、物力，供養大批招募來的軍隊，募兵制始終居於極其重要的地位。
劉辯結合這三種不同的制度，將衛所制度和府兵制裡面的民事管理部分切除，收歸於地方的太守手中。創立了帶有自己特色的“衛所制度”。將他變成了單純的軍事管理制度，另外一方面也成了以野戰軍團為中心的“中央軍”模式。地方衛所軍負責地方的安靖事物，打擊匪盜山賊，軍隊裡的士兵操練要達到五日一操的程度。
在各個大的周郡和關塞則是成立了禁軍，這些都是從各地臭選上來的精銳士卒，是以後劉堯征戰天下的資本。兩種軍隊的共同點都是直接接受皇帝下轄的五軍都督府和樞密院管理，均發放土地供給軍人的家人耕種。只是禁軍的土地很多都不是在附近，因為禁軍是要換防駐紮。
就這樣，劉辯透過自己的軍事改革，將各地的分散的軍事力量全部抓到了自己的手裡，成立以驍果衛，千牛衛，羽林衛，金吾衛，金蛇衛，驍騎衛，鍵銳衛，神機衛等八大衛為首的八大護衛。每個衛軍設定了衛都督，以下的是衛指揮使等機構。
為了防止出現宋朝時期禁軍缺少競爭機制而導致戰鬥力下降的問題，劉堯又釋出了在兩個陣營裡實行上下待遇調整的方法，在地方衛軍表現好的都可以到禁軍裡，二禁軍裡的官兵也會因為自己的原因調到衛軍裡。這些都是為了激勵官兵刻苦訓練，作戰勇敢的政策。
從登記到現在花了將近一個月的時間，劉辯總算把各種最新建成的制度推廣了下去，接下來的事就是交給楊彪，荀攸他們的時候了。處理完最後一批公文，劉辯對自己的表現很是滿意。還走到演武場上拿起兩極劍舞了幾遍，弄得滿身大汗後，人才停了下來。
靜悄悄的夜裡，腦海中的系統提示聲響起：“叮咚……豬腳獨立完成國家政務籌劃，政治大幅提升5點，目前的政治能力已提升到70.”
“嘖嘖……一下子增加了5點呢，不錯，不錯！”意外的收穫讓劉辯高興不已，繼續詢問系統：“朕幾個月來勤學武藝，游泳，登山，騎馬射箭各種運動做了個遍，還親手斬殺了不少山賊，不知道武力有沒有增加？”
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“叮咚……宿主一戰手刃賊兵三十八人，武力提升3點，勤學武藝加強身體敏捷和韌性，武力提升3點，目前的武力已經提升到了50.”
“叮咚……宿主用親手制定了具有自己特色的軍事制度，統帥和智力各提升5點，目前的智力已經提升到90，統帥值已經提升到了45.”
“叮咚……宿主威壓孫堅，增加魅力1點。施行仁政治理地方，解放被地主豪強壓迫的平民百姓，增加魅力1點。宿主依靠自己治國有方的文采影響陸康和嚴顏等地方官員投效，增加魅力3點。魅力總計增加5點，目前已經提升到了60.”
“目前宿主各項屬性如下——武力50，統率45，智力90，政治70，魅力60.”
聽完了自己的各項能力值，劉辯很是滿意：“不錯，不錯，各項數值都有所提升，看來朕果然在向‘上馬能橫槊，下馬能賦詩’的全能帝王發展！”
這一天，有些空閒的劉辯來到了穆桂英他們操練士兵的地方。不過，當劉辯來到穆桂英操練士兵的地方之時，卻是被眼前的景象驚呆了。
只見五千餘士兵組成地五十個小方陣正在操場裡迅速的組成一個個小方陣，隨後又合成五個整齊的大方陣，由五個方向朝著操場的中心彙集而去。穆桂英從腰上拔出了今旗，用力一揮，三聲短促地竹哨聲後，五千餘士兵，五個巨大的方陣突然起了變化，彙集成了一個巨大的長方體，最終全都站到了操場之上原地踏步了起來，變化之突然，軍容之肅整，五千人，沒有一個士兵出一個異常的聲響，也沒有喧鬧聲，筆直的對隊，就像是一條條的直線。
緊接著，就看見穆桂英惇對著士兵們大喊一聲：“稍息！”唰！五千名士兵分腿背手而立，剽悍的士卒，齊整的軍容軍紀，使得從沒見過後世軍隊陣容的劉辯為之大開眼界。
隨後穆桂英又是大喊：“起槍。”士兵們聞言，又是“唰！”的一聲紮起了馬步，隨後又舉起了手中的長槍。等到穆桂英大喊一聲：“刺！”之後，五千餘士兵猛地大喝一聲：“哈！”動作整齊而劃一的把手中的長槍向前一刺。那氣勢，劉辯只覺得就算是有同等數量的騎兵也衝不過這一片槍林。
看到這裡，劉辯忍不住自己心中的激動，走到穆桂英的身旁，急切的問道：“桂英，這些士兵你是怎麼訓練的，你是怎麼令他們做到這樣動作整齊劃一，如使臂喚的？”
聞言穆桂英說道：“陛下，什麼怎麼訓練的呀！這些都是臣妾的功勞，這幾年臣妾在家苦讀兵書，想出了不少訓練軍隊的妙招，就算是用這些新兵來看看子孝的成果如何？”
“那你們就不要辜負了穆王妃的成果，好好的把這群新來的傢伙給我煉成一隻鐵壁雄獅。”劉辯看著場中站起來猶如樹木的士兵，想到自己將會打出自己的一番天地。