說是全國滅鼠，但朱由檢並未如同山海關那樣進行全民動員，只是降旨曉諭全國各地：“時疫”實為鼠疫，由老鼠和跳蚤傳播，各地府縣應督導當地百姓滅鼠、除蚤。除了這道聖旨以外，並沒有什麼實質性措施，真正大張旗鼓的滅鼠運動只在順天府、尤其是京師城內展開。
這並不是朱由檢厚此薄彼，實在是因為他深知各地官場**透頂，上至方面大員，下至普通胥吏，無不只知自己撈錢，根本不管百姓的死活。
而不論是任何改革，如果天真地認為只要皇帝聖旨一下，下面聞風而動，很快全國就面貌一新，那無疑是痴人說夢。究其最大的原因，就在於負責執行的這幫官吏，以及和他們勾結在一起的富紳集團。他們凡事都只會從自己的利益出發，沒好處的事絕對不幹，觸及到他們利益的更會陽奉陰違、暗中破壞。
如果朱由檢將山海關的經驗照搬到全國，恐怕下面那些歪嘴和尚就會把經念變了味。最簡單的，你不是捕鼠百隻賞銀一兩麼？我就找幾個人先抓些老鼠領賞，然後這些老鼠也不焚燬，前門送進去，後門偷著送出來，循環往復領賞，直到腐爛光了為止。如此舞弊，就是有多少銀子也不夠他們糟蹋的。
而朱由檢現在有在全國範圍內制約舞弊的手段麼？答案顯然是否定的。雖然內帑銀現有數千萬兩之多，但這些銀子是一次性抄檢出來的，並非經常性收入，用一點便少一點。該花的錢，一次支出幾十萬、幾百萬兩，朱由檢眼都不會眨一下；可不該花的錢，尤其是明知道會被貪汙掉的錢，他可是少一個子也心疼。
所以這次滅鼠運動，朱由檢不以官府為主導，而是讓包玉憐的太醫院去做，官府只起輔助作用，尤其是不讓他們碰錢。
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朱由檢這麼做還有另外一個目的，就是以此為契機，不顯山不露水地開始政府機構改革。
明代的政府機構設定算是封建王朝的集大成者，體系完整，結構復雜。然而與現代社會比起來，那就太過寒酸了。中央只有六部五寺，十一個機構就涵蓋了天下所有事務；地方政府就更簡單，尤其是到縣這一級，一個縣衙，大事小情全歸他管。
權力的高度集中，必然導致兩大後果：一是行政能力弱，效率低下，二就是**。發展到明末，整個官場已經是**透頂、積重難返，朱由檢想要逆轉乾坤拯救中華，非得進行一次從人事到制度的徹底改革不可。
但改革談何容易，尤其是政府機構改革，更是直接觸動官員集團的利益，稍有不慎就會激起猛烈反彈。所以朱由檢只好先從不起眼處入手，這太醫院就是個極好的切入點。它既不屬於六部五寺，職能又極為重要，可以說是集現代社會的衛生部、環保部、藥監局職能於一身，而這些職能恰恰是現有政府機構缺失的一環。
這樣，朱由檢命包玉憐協理太醫院，就有了一箭雙鵰的效果：既解決醫療衛生等實際問題，又在現有政府機構之外，另組了一套班子。當這樣的機構越來越多、職能覆蓋越來越廣、掌握的資源也越來越豐富時，再擇機進行大規模機構改革，阻力就會小很多了。
因此這次滅鼠運動，就先在包玉憐的主持下從京師開始。當然，成功的經驗可以複製，太醫院很快在全城各處張貼佈告：不論男女老幼，捕鼠百隻，可領賞銀一兩。同時在內、外城各城門外設兌換點，當場清點、當場兌現。
這招經濟刺激果然立竿見影，當天就有大批百姓扛著一口袋一口袋的老鼠屍體，趕來兌換點換銀子。也難怪他們如此積極，因為這些處於社會底層的百姓，既無產業亦無特長，只能從事一些簡單的手工業，或是為達官貴人提供各種服務。所謂“販夫走卒”，即是他們賴以為生的職業的生動寫照。
而他們的收入也非常微薄，每天從早忙到黑，也僅能勉強餬口而已。現在京師的米價是四兩一石，這一石糧食，也就是一百二十斤，勉強夠一家老小吃兩個月的。也就是說，如果一戶人家每個月能收入二兩銀子，日子就能湊合著過；如果連二兩銀子都沒有，那就免不了時常捱餓了。
而太醫院這項“以鼠換銀”的措施，在廣大窮苦百姓看來，無疑是天上掉餡餅！誰能想到人人討厭的老鼠，居然還能換成白花花的銀子！
於是不用任何人動員，老百姓自發地就興起了一場聲勢浩大的滅鼠運動，捕鼠方法自是八仙過海，各顯其能。在太醫院貼出告示的第一天，就有一千多兩銀子被領走。與之對應的，則是十萬多只老鼠屍體被收繳，並在城門外挖好的大坑裡付之一炬。有些百姓一時抓不到那麼多老鼠，就把幾家捕獲的老鼠湊到一起，領賞之後再回去換成銅板細分。一時之間，京師百姓見面打招呼，都不再問“吃了麼”，而變成了“今兒個抓了多少耗子？”
全城百姓都因為捕鼠換銀而喜氣洋洋，可是偏有些官員，連這個也看不順眼。禮部尚書來宗道就上疏勸皇帝停止滅鼠，理由一是老鼠亦為生靈，大量捕殺有違天和；二是老鼠數量實在太多，百鼠換一兩銀子，萬一內帑銀不敷使用怎麼辦？
朱由檢看了嗤之以鼻，連回覆也懶得回覆，直接將奏章留中了。捕鼠的意義他也不想反復強調了，太醫院的告示寫得很清楚，什麼“有違天和”，純屬扯淡，老鼠又不是珍惜動物，而是典型的害獸！
至於老鼠數量的問題，朱由檢也早心中有數。他知道一個城市家鼠的數量與人口密切相關，一般是人口的三到九倍。京師人口不下百萬，那麼老鼠的數量大概就在一千萬只左右。如果一兩銀子換一百只老鼠，即使把這一千萬只老鼠全捕殺了，也不過十萬兩銀子而已。比起老鼠帶來的極大危害，這十萬兩銀子花得絕對值！
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