林丹汗的信函之後，還附有京師諸臣對此事的議論。其中大多數東林系官員認為蒙古與大明是敵對關係，林丹汗過去還數次犯邊，現在只是因為勢窮力蹙才向朝廷示好，而且語氣還頗不恭敬。一旦恢復元氣，則會翻臉不認人。因此不應理會，而應任其自生自滅。
也有一小部分官員認為應該聯合林丹汗共同對付建虜，為此可以答應林丹汗的請求，封他為順義俺答，反正朝廷也沒什麼損失，只是給他個虛名而已。至於互市和姻親，他們就不敢多說了，只說恭請聖裁。
朱由檢沉思片刻，提筆給禮部批示道：“敵之敵即為我之友。林丹汗雖然未必真心歸順，但只要能牽制建虜，亦有其用處。目下正在平叛關鍵時刻，不宜四面樹敵。因此可允察哈爾部互市，但應僅限榆林一地，不可放入關內，並著邊軍嚴加監督。
“至於其求封順義俺答，應明確告知不允。何謂俺答？既然求封，安得與朕平起平坐、兄弟相稱？求嫁公主更是斷然不可，我堂堂大明熱血男兒何其之多，豈可犧牲女子換取苟安？朕亦不娶蒙古公主，和親之事再也休提，以此永為定例！遣質亦大可不必，以蒙古人天性，若做出背信棄義之事，又何惜一子。簡而言之，彼若以誠待我，則我亦以誠待彼；彼若存心欺瞞，亦不過自取滅亡而已。欽此！”
看完有關蒙古的奏摺，朱由檢又拾起一份奏章，這一份卻是從登萊巡撫孫元化處轉來的，實是皮島總兵黃龍所奏。奏摺中向朝廷彙報了這大半年來皮島、遼東和朝鮮方面的動向，尤其是朝鮮，黃龍提到自從接任皮島總兵，按照朱由檢的指示從鐵山撤兵後，鐵山的控制權很快落入朝鮮手中。自從朝鮮投降後金以後，就開始在鐵山集結軍隊，還把朝鮮水師的一部分調到鐵山附近，頗有威脅皮島之意。
因此，在八旗軍入關之時，雖然黃龍極想趁機偷襲遼東腹地，但受到朝鮮軍隊牽制，只能派出很小規模的部隊，也沒取得多大戰果。更兼孔有德、耿仲明、尚可喜這三個漢奸在渤海上神出鬼沒，時常襲擾運輸糧草軍需的船隻，皮島水師防不勝防。黃龍為人忠厚老實，可沒有毛文龍那套把失敗吹噓成大勝的本事，只得上表請罪。
廷臣對此也是議論紛紛。以閣臣錢龍錫為代表的很多東林系官員都認為：朝鮮既然已與建虜沆瀣一氣，皮島孤懸海外兩面受敵，已無必要死守，不如裁撤東江鎮，把皮島的數萬軍民撤回登萊或山海關。也有一小部分官員認為朝鮮軍隊戰鬥力遠遜於建虜，不如以雷霆之勢閃擊朝鮮，先剪除建虜一翼。
朱由檢默默看完奏章，李貞妍的音容笑貌不禁又浮現在眼前。平心而論，他真想把李倧這個背信棄義、不知天高地厚的傢伙狠狠教訓一頓；但想到李貞妍生前的願望，他無論如何也下不了這個決心…
最後朱由檢思慮再三，給內閣批覆道：“太祖有明訓：朝鮮為不徵之國。李倧得位之前，彼國一直恪守宗藩禮數，今轉投建虜，亦為迫不得已。若大加征伐，不惟違反祖訓，且將朝鮮更推往建虜矣。禮部可傳書朝鮮，警告李倧勿輕舉妄動，勿以國運為兒戲，斷送三千裡江山和朝鮮百姓性命。若彼執迷不悟，阿敏雖未到漢城，朕半年可到！欽此！”
批完這三份奏摺之後，朱由檢的心情久久不能平靜。之所以是喜憂參半，這“喜”主要是滿清短期內沒有要再次大舉進攻的跡象，給了朱由檢一個千載難逢的良機，可以先騰出手來對付叛軍和流賊。看來，秋天的一場大戰，確實把皇太極打疼了。另外察哈爾部也向朝廷示好，雖然未必可信，總好過四面起火。
而他憂的則是朝鮮的局勢。一旦李倧一意孤行，決意進攻皮島，現在可是黃海的冰凍期，皮島離鐵山不過數十裡，軍隊可以涉冰而過。黃龍雖然是一員勇將，但皮島的軍隊卻主要是毛文龍的舊部，戰鬥力遠不像吹噓得那樣高。別說皮島失陷，就是陷入消耗戰，對大明來說都是嚴重的失敗。
再有就是大玉兒和李貞妍又刺得他心口發痛，覺得胸悶難當。朱由檢索性扔下奏章快步出門，立於福王府的後花園之中，仰望後半夜寂寥的星空。天上兩顆明亮的星星正在對他眨眼，那是崇瑤和貞妍麼？大玉兒在皇太極那裡過得可好？…
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狠狠呼吸了幾口清新凜冽的空氣以後，朱由檢強行把這股思緒壓了下去，腦子也變得更加清醒了。他信步返回房中，在內閣請他迴鑾京師的奏摺上批示道：“洛陽雖然收復，但逆賊朱常洵逃脫，可謂功虧一簣。不拿住朱常洵，朕絕不回京，各地奏摺每日遞來御營，朕即行批示，欽此！”
其實朱由檢根本就沒把朱常洵這個三百多斤的大胖子放在眼裡。之所以命令靳統武等人不許攻擊朱常洵，真正的目的就是以追擊朱常洵為由，可以長期留在宮外，讓京師那幫官員抓不著自己。身邊少了這些掣肘，他就可以大刀闊斧地進行幾項重要的改革了。
沉思片刻，朱由檢又在兵部的奏摺上寫道：“看情形建虜在開春之前，未必敢再來入寇。著即從京師再調五千步軍至彰德府，準備對流賊作戰。京師防務，不日朕即有安排，陸續從各地衛所軍中抽調兵員遞補。欽此！”
之後朱由檢又批閱了其他奏章，全國事務千頭萬緒，也無法盡述其詳。待批閱完所有奏章，雞已叫了頭遍。朱由檢疲倦地伸了個懶腰，剛伸到身體舒展最大的時候，突然想起一件事，就那麼僵在那裡：毛文龍、石春虎，還有那五百兵痞，現在怎麼樣了？天氣如此寒冷，他們在遼東能生存下去麼？