由於六角義賢、六角義治父子二人是趁著新年過後以及三好軍突襲本國寺之際舉兵，故而導致留守南近江諸郡的織田家諸將、淺井家諸將對此皆是措不及防。
雖然織田信長身在美濃岐阜城，但並不代表他對南近江前線的敵我雙方態勢一無所知。
織田信長深知六角家餘孽意圖在於速戰，因為六角義賢、六角義治父子根本沒有穩固的後方，更沒有充足的糧草補給，一旦戰事遷延日久，那麼與烏合之眾無異的六角軍必然會上下離心，不戰自潰。
故而，織田信長一面迅速徵召軍勢；一面要求留守在南近江各處重鎮要地的柴田勝家、左久間信盛、中川重政、森可成等人聯合南近江諸郡的國人領主儘量堅守不出，等待己方援軍抵達。
而南近江諸郡的局勢發展也正如織田信長所料想的那樣，六角義賢、六角義治父子在大肆招攬舊臣、浪人之後，雖然兵力擴充至八千餘眾，但是六角軍的糧草輜重很快就供應不上了。
六角義賢、六角義治父子為了解決己方的糧草問題，很快就將目光轉向了屯有大量糧草輜重的長光寺城。
永祿十一年，二月。
六角義賢、六角義治父子集中兵力向長光寺城攻去，一路連克箕作城、佈施山城、馬淵城等地。進藤賢盛、永原重康等人得知箕作城、佈施山城、馬淵城等地陷落的訊息後，更不敢攖其鋒芒，連夜帶著馬廻眾放棄後藤城逃往長光寺城、八幡山城等地。
因淺井家重臣淺井山城守、淺井井規、樋口直房等人放棄觀音寺城、尹庭城、山崎城等地，導致織田軍的側翼處於不設防狀態，而長光寺城中也只有柴田勝家、進藤賢盛、永原重康等人所統轄的一千兩百餘守軍。
柴田勝家在六角軍不斷迫近的情況下急中生智，命麾下守軍往返傳呼、吹響法螺，裝出大量軍勢正在集結的樣子。
而六角義賢、六角義治父子卻不知是計，還以為織田·淺井聯軍已經大舉南下。最後，六角義賢、六角義治、三雲定持等人在商議一番後決定退兵返回鯰江城進行休整。
柴田勝家為了提升己方士氣以及削弱六角軍實力，就趁著六角軍在後撤之際發起夜襲，並在夜襲中擊潰六角軍一部，並討取自六角家重臣三雲定持以下兩百餘人，這才穩定了長光寺城、八幡山城一帶的戰線。
之後，柴田勝家見六角軍本隊遠去，就立即出兵奪回了箕作城、佈施山城、馬淵城、後藤城等地。
六角家家臣真光寺周揚、大原高賢、三井治秀等人見麾下軍勢士氣低落，根本不願與織田軍交鋒，就先後敗走鯰江城，前去與六角義賢、六角義治父子合流。
柴田勝家在奪回失地後並不打算孤軍深入，反而是下令堅壁清野，同時令左久間信盛、森可成等將麾下的騎馬武士不斷抄掠六角軍的糧草輜重。
如今的六角軍欲戰不得，軍糧又難以及時供給，軍心很快開始動搖，不少人起了思歸之心。
可以說此次六角義賢、六角義治父子幾乎是押上了所有本錢，他們不僅招攬了不少舊臣，甚至還招募了不少浪人、尹賀眾隨其一起行動。
但是六角軍並沒有順利攻落屯有大量糧草輜重的長光寺城，再加上他們的糧道還被織田軍切斷了。
不久之後，六角軍糧盡，軍營之中又疫病叢生，每天都有餓死、病死者。六角義賢、六角義治父子在萬般無奈之下只得命永原遠江守、真光寺周揚、大原高賢等人分兵對附近村落、城下町進行濫妨狼藉。
至於六角義賢、六角義治父子則是繼續率主力前去包圍長光寺城，並切斷了長光寺城的水源。
長光寺城在被六角軍切斷水源後僅剩下三瓶水，但柴田勝家並沒有因此而感到絕望，反而發覺破敵的時機已至，決定對士氣低落、糧草告罄的六角軍發起總攻。
三月十五日，大雨晦暝，柴田勝家不待織田信長所率的援軍抵達，就打破城中僅剩下的三瓶水，並下令全軍出陣。
柴田勝家本人更是一馬當先，接連擊潰六角軍永原遠江守、真光寺周揚、大原高賢等部，一時間六角軍大潰，被討取者更是多達兩千人。
就連六角義賢本人在準備逃往鯰江城之時被森可成所擒，後被柴田勝家下令押送至岐阜城。
而六角義治、六角義定、六角賢永等六角一族則是僥倖躲過一劫，並在收攏殘部後退入尹賀的深山之中。
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柴田勝家在戰後並沒有因擅自主動出擊被織田信長怪罪，反而以寡敵眾擊潰六角軍以及生擒前任六角家家督六角義賢。隨後，柴田勝家就被織田信長加封長光寺城周邊九萬石知行地，並擔任南近江眾旗頭。
經此一役，柴田勝家獲得了“瓶割柴田”的稱呼。同時，六角家意圖恢復南近江諸郡舊領的希望也徹底破滅了。
而這時的上杉家正忙於招撫離散、修繕御所，以及在原足利將軍家奉公眾中挑選一批賢能之人作為奉行眾，並勉勵督促山城、攝津、河內、和泉、紀尹等國的領民發展農業、絲織等手工業。
在上杉家輕徭薄賦的政策下，不到數年的的時間，山城、攝津、和泉、河內、紀尹等國的公私富庶，幾復承平之舊。
可就在京畿諸國正恢復以往的繁榮之時，葛西義定、今川氏定、四條虎定三人在穩定阿波、讚岐、澹路三國局勢以後，倒是不忘給他們的父親八條景定送來了一份大禮一一岡本小少將。
“你們三個是什麼意思？難道為父在你們心中就是一好色之徒？”景定在走進已經重修完成的二條城（原二條御所）本丸的寢殿裡，就看到一位有雙烏熘大眼、眼尾上翹，並身著盛裝十二單的美女端坐在一旁。
“父親大人，您誤會了，兄長他只是不知該如何處置發起本國寺之變的逆臣之一筱原右京進的家卷，這才將其帶至二條城中，交由您來決斷。”今川氏定見景定有些氣憤後，立即上前做出解釋。
“我不是早就說過，罪大惡極之人的家卷盡數流放至奧州嗎？！難道我的話你們都在當耳旁風嗎？！”景定立即走出寢殿，並將門合上，開始訓斥站在走廊上還在偷著笑的三個兒子。