當畠山駿河守等人勾結加賀一向一揆眾，並率大軍攻入能登之後，能登四郡以及北射水郡不少匠作畠山家的家臣們都認為此次畠山義續凶多吉少，因此紛紛擁兵觀望，坐視畠山駿河守等人圍困七尾城。
等到清水原之戰大捷的訊息傳來後，奧能登、北射水郡等地匠作畠山家家臣們紛紛率軍前來與八條景定所率的上杉軍合流。一時間，上杉·畠山聯軍勢力大增。
此時七尾城已經解圍，上杉·畠山聯軍遂乘勝長驅，接連掃平一向一揆軍在七尾城外圍所佔領的城池兵砦。
就連畠山駿河守之前派出去運輸糧草輜重的軍勢也全部被上杉·畠山聯軍一一殲滅。畠山駿河守等人見此情形，憂懣萬分，又不知道該如何應對，只得每天數次向神佛祈禱，又不斷的佈施周邊寺廟的僧人，希望自己能得到上天的保佑。
而此時此刻的一向一揆軍則因為糧草將盡，開始漸漸分崩離析。先前畠山駿河守佈置在羽咋郡、鹿島郡各處要地的守軍紛紛潰散逃離，爭先恐後的往加賀方向逃亡。能登四郡的形勢對於越後上杉家和匠作畠山家來說可謂是一片大好。
景定在切斷一向一揆軍的糧道之後則沒有急著去攻打固守在勝山城的畠山駿河守等人，而是派遣內山滿久率騎馬武士們不斷的襲擾勝山城內的守軍，並且讓軒轅眾加藤段藏等人潛入城內燒燬勝山城城內的所有府庫。這就使得勝山城內的一向一揆軍上下皆是惶惶不可終日。
另一方面，從清水原死裡逃生的畠山九郎可是非常清楚上杉軍的戰鬥力，深知己方的這些由門徒眾所組成的大軍根本不是上杉軍的對手，甚至還有了向匠作畠山家投降的想法。
與畠山九郎一同逃入勝山城裡的殘兵敗將們也都在清水原上見識過上杉軍那極其強悍的戰鬥力，在城內四處散播：“上杉軍至矣，當避其鋒！”
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隨著能登四郡的形勢對一向一揆眾愈發不利後，畠山駿河守自知難以與上杉·畠山聯軍繼續抗衡，只能棄守勝山城撤回加賀重整旗鼓。
然而，畠山駿河守並不知道先前主動投降自己的末森城城主土肥但馬守已被畠山義遠所勸降，能登加賀兩國的邊境一帶也被匠作畠山軍完全封鎖起來。
九月十五日，就當畠山駿河守、畠山勝禪寺、畠山九郎、下間賴清等人率僅剩的一萬餘門徒眾離開勝山城，意圖先退至羽咋郡的中川館收攏敗軍從長計議。但是，他們在撤往中川館的途中卻被上杉·畠山聯軍所發現。
景定當即下令內山滿久率四百五十餘名騎馬武士一路尾隨追擊一向一揆軍，並且於原山趕至一向一揆軍的前方，切斷一向一揆軍的前路。
同時，景定還率上杉·畠山聯軍一萬六千餘軍勢從一向一揆軍的後方發起了猛攻，內山滿久所率的騎馬武士們則是從一向一揆軍的正面發起突襲。其中，神保長職、神保氏張等越中神保一族的武將們表現極為活躍，他們深知此次若是作戰不力的話很有可能連南射水郡的領地都會被越後上杉家所沒收，故而皆身先士卒率部殺入一向一揆軍陣中。
本就士氣低落的一向一揆軍在遭到上杉·畠山聯軍的兩面夾擊之下瞬間潰敗，以至於相互踐踏，十多裡的範圍內全是屍體，被討取的多達三千餘人。畠山駿河守、畠山勝禪寺、畠山九郎等人也都在亂軍之中先後被討取，而下間賴清則是孤身一人逃回了加賀。
經此一役，加賀一向一揆眾元氣大傷。這也是加賀一向一揆眾自九頭龍川之戰後又一次對外戰事的慘敗，就連本願寺坊官下間家滴流的下間賴俊都在清水原一戰中被上杉軍所討取。
而瑞泉寺證心、勝興寺顯榮等人早就在境川之戰中見識過了上杉軍的實力，他們在裝模作樣的調集了五千餘門徒眾進駐鄰近射水郡的稻葉山後，就不再繼續前進，靜觀事態的發展。
他們一聽聞能登境內的一向一揆軍屢戰屢敗，以及本願寺坊官下間家的滴流下間賴俊被討取的訊息後，根本不願意再次與凶神惡煞一般的上杉軍交戰，當即遣散軍勢返回了各自的領地，再也不顧盟友的死活了。
景定在聽聞越中一向一揆眾首領瑞泉寺證心、勝興寺顯榮等人已經各自遣散軍勢返回本領之後就開始著手準備攻入佛國加賀了。
九月十九日，就當下間賴清僅以身免，孤身一人逃入尾山御坊之後，七里賴周、杉浦玄任、超勝寺實顯、光德寺乘賢、下間壽法等加賀一向一揆眾首領們便得知了三萬餘加賀一向一揆門徒眾全軍覆沒的訊息，一時間整個加賀四郡震駭。
“如今丹後法橋與三萬餘門徒眾皆陣亡於能州，越後上杉家與匠作畠山家的大軍隨時都有可能攻入加州，越前的朝倉家曾與府中長尾家結為攻守同盟，也不能不防。”超勝寺實顯說完便長嘆了一口氣。
“不如我等還是儘快派使者前往總本山，請法主出面調停吧，不然的話一旦上杉·畠山聯軍攻入加州，後果將不堪設想啊！”光德寺乘賢隨即想到了一個辦法。
“不可！加州四郡各地尚且囤積大量糧草輜重，位於邊境的城池兵砦也都在數年之前進行增築普請，如今只需調集石川郡、能美郡兩郡的門徒眾進入河北郡各地的城池兵砦固守即可。八條中務大輔所率的越後勢、越中勢孤軍深入，軍勢雖眾，內實空虛，意在速戰。我軍當籠城固守，以挫其鋒，待其糧盡技窮，自會退走。”作為加賀一向一揆眾中的主戰派，杉浦玄任已經看出來越後上杉軍的弱點。
“杉浦壹岐法橋殿說得倒是輕巧，不如你自率一軍前去能州便知上杉軍之實力了。”下間賴清聽完杉浦玄任的話後不禁冷笑了一下後說道。
“下間築後法橋殿此言謬矣，八條中務大輔麾下之精兵控鶴軍戰力強悍，如今揚名越後、巖州、磐州、佐州等地，八條中務大輔每戰更是必以控鶴軍為先手。眼下我等只能據險而守，以挫其鋒。若是出城迎敵必然與九頭龍川之戰、清水原之戰、原山之戰等合戰一樣慘敗收場。”杉浦玄任並不贊同主動出擊，加賀一向一揆眾歷次主動出城迎戰或是攻入他國幾乎都沒有什麼好結果，勝少敗多。
“八條中務大輔此次率越後上杉軍出陣能州可是水路並進，越後水軍眾幾乎是傾巢而出，我等如何抵禦？其麾下控鶴軍的騎馬武士更是陷陣卻敵，驍勇無比，恐怕加州四郡諸將之中沒有哪一家的騎馬武士能出其右者。若是讓其長驅直入，搗毀加州四郡的寺社，燒燬府庫，我等將難以為繼。”下間賴清搖了搖頭後無奈的說道。
“不如這樣吧，由杉浦壹岐法橋殿調集石川郡、能美郡兩郡的門徒眾前往河北郡駐防，下間築後法橋殿前去總本山請求法主出面與越後上杉家、匠作畠山家等北陸諸侯達成和議，前提是必須向法主說明我等也是為了保護能州四郡的信徒才不得已出陣能州的。讓上山田城城主廣瀨伊賀守出使越中，讓瑞泉寺和勝興寺出面勸說八條中務大輔收兵。”這時，加州大將七里賴周想到了折中的辦法。
一方面讓杉浦玄任率軍前往固守河北郡的防線，防止上杉·畠山聯軍攻入。另一方面，分別派遣使者前往越中和大坂本願寺，由他們出面仲介斡旋加賀一向一揆眾與越後上杉家和匠作畠山家的停戰一事。
“眼下那就只能如此了。”杉浦玄任也覺得七里賴周的提案很合理，畢竟加賀一向一揆眾在能登新敗，損兵折將，士氣低落，急需時間休養生息，無法持續與匠作畠山家、越後上杉家、朝倉家等這樣的北陸道大名交戰。
若是此次加賀一向一揆眾在能登取得大勝，並且將能登一國也像加賀一樣轉變為佛國的話，一向宗的總本山大坂本願寺方面也就默許了他們的所作所為。可是此次加賀一向一揆眾在能登的慘敗導致現任法主本願寺證如都無法繼續視而不見聽而不聞了。
就在這時，畠山義續所派遣的家中政僧安國寺留雲齋也剛好抵達了石山御坊，向本願寺證如說明了加賀一向一揆眾屢次介入能登四郡之事，希望本願寺證如能夠禁止加賀一向一揆眾的勢力進入能登。
本願寺證如也得知越中一向一揆眾在境川慘敗、加賀一向一揆眾在能登慘敗的訊息後，大驚失色。他其實也不希望加賀、越中兩國的一向一揆眾逐漸失控，隨即嚴令越中、加賀兩國的一向一揆眾禁止協助匠作畠山家的家臣們爭權奪勢，甚至不準擅自出兵進入能登四郡，違者將盡數破門處置。