北路軍打垮了清軍江北大營，任務遠未結束。江北一帶，還有另外一個棘手的敵人：捻軍。
若說是敵人，也並不恰當。因為大部分的捻軍都是反清的，算是革命軍的天然盟友。但捻軍是民間武裝，帶有根深蒂固的落後性，與帝國綱領格格不入。帝國要想在江北建立穩固的基層政權，必須除去捻軍。
捻軍起源於“捻子”。“捻”是淮北方言，意思是“一股一夥”。捻子亦民亦匪，所謂“居者為民，出者為捻”，農忙為民，農閒為捻。
1851年，捻子在豫南聚眾鬧事。
1852年，皖北大旱，入捻農民增多。當年，捻眾在安徽亳州雉河集歃血為盟，推張洛行為盟主，起義抗清，號稱“十八鋪聚義”。捻子正式成軍，建立黃、白藍、黑、紅“五旗軍制”。
黃河決口後，淮北一帶洪水滔天，農民流離失所，被迫入捻。淮河南北，遍地皆捻。各路捻子會盟，公推張樂行為盟主，正式組建捻軍。
太平天國時期，張樂行接受太平天國封號，但拒絕收編，“聽封不聽調”。
楊烜建號稱帝後，派情報局特工招撫捻軍。張樂行願意歸順革命軍，被授予陸軍上校軍銜，但捻軍內部意見分歧。
1855年初，黃旗主張樂行、白旗主恭得樹等人主張南渡淮河，配合革命軍作戰。其他各旗反對。
張樂行一怒之下，襲殺了很多反對者。儘管如此，其他各旗主仍然帶著各自的捻軍返回淮北。
步一師渡江後，捻軍積極配合。攻破江北大營後，步一師與並肩戰鬥的捻軍發生了一場嚴重的衝突。
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事情雖然平息了下來，卻傳到了楊烜耳朵裡，促使他下定決心：必須徹底收編捻軍，肅清蘇北。
當時，步一師正在猛追江北大營敗兵。一支捻軍聽說清軍潰敗，乘夜前往清江浦劫掠。
清江浦是滿清南河總督駐地，位於今淮安市主城區，是京杭大運河畔的商業重鎮，有一條二十裡長的沿河街市。滿清朝廷在清江浦設有皇倉，專門儲存糧食，隸屬於戶部，還有四個大型造船廠，隸屬於工部。
這裡是南北交通要衝。北方人南下往往走陸路，在此換乘船隻走水路，南方人反之。革命軍在此駐有一個連的兵馬。
一千多個捻軍打算搶劫清江浦的街市，被革命軍阻攔。雙方擦槍走火，爆發了嚴重衝突。
事件導致二十四名革命軍人陣亡，捻軍則擔心受罰，連夜逃往皖北，背叛了革命軍。
捻軍一向唯利是圖，首鼠兩端，楊烜對他們素無好感。但捻軍又是一個複雜的群體，有張樂行、龔得樹這樣的行俠仗義之人，也有李昭壽、劉餓狼那樣的見利忘義之徒。
大部分捻軍在革命軍、清軍之間首鼠兩端，革命軍強時便投靠革命軍，清軍強時便投靠清軍。
譬如，捻軍出身的李昭壽，一度割據滁州。此人毫無底線，在太平軍、革命軍、清軍之間左右搖擺，臭名昭著。曾國藩曾一針見血地評價他“暴戾險詐，最難馴馭”。
除了捻軍，淮北還有大量的地主團練，以抵禦捻軍為名，行割據地方之實。
最典型者莫過於苗沛霖。苗沛霖人稱“小周瑜”，以“築寨”、“積粟”、“治兵”為方針，“高築寨，廣聚糧，先滅賊，後稱王”，勢力迅速膨脹。
他一度割據皖北，在太平軍、清軍、革命軍之間左右逢源，佔據臨淮、潁上、壽州等濱淮地區。
（歷史上，太平天國英王陳玉成就死於苗沛霖之手。當時，陳玉成在安慶戰敗，太平軍損失很大。陳玉成急於恢復實力，向苗沛霖借兵，孤身輕入苗沛霖的老巢。
（苗沛霖俘虜陳玉成，把他獻給清朝欽差勝保。不過，苗沛霖狡詐反覆，最終被清朝僧格林沁剿滅。苗沛霖割據皖北，一度擁軍十餘萬，被公認為中國近代史上第一個軍閥。）
不管是捻軍還是地主團練，他們都取得了當地基層政權，控制了當地社會。
只要本地的農民加入捻軍或者團練，就可以得到捻軍或者地主團練的保護，官府不能收稅，盜匪不能侵擾。他們還插手基層糾紛，代行官府之權，百姓為之信服。
清軍佔據皖北重鎮，派官差向當地農村收取賦稅。捻軍和地主團練就發起“抗糧殺差”運動，襲殺官府派來的糧差，使官府威信蕩然無存。
尤其是捻軍，隱隱控制江北農村。不除掉捻軍，革命軍就不能在江北建立穩固的基層政權。
楊烜認為，捻軍擅長游擊戰，又控制了基層農村。要對付捻軍，必須循序漸進，不能太過著急，防止他們狗急跳牆，倒向清軍陣營。
（歷史上，捻軍在長期抗清作戰中，形成一套獨特的流動戰法，常能克敵制勝。就連威名赫赫的僧格林沁，也死在了捻軍手下。
（僧格林沁死後，清廷派曾國藩平捻。曾國藩以平定太平天國之餘威，在剿捻問題上卻屢遭敗績。後來，左宗棠與李鴻章聯手，左宗棠平西捻，李鴻章平東捻，總算剿滅了捻軍。）
捻軍給清朝統治以沉重打擊，但也給北方的老百姓帶來了深重的災難。有些紀律敗壞的捻軍，每到一地就搶劫商戶、錢莊、酒樓等；女人被強暴、蹂躪，男人則被亂刀捅死。
當時的皖北、蘇北，捻軍所經之地，很多女人為了不被凌辱，在捻子闖進家門之前，自焚上吊、跳井跳河，母親帶著女兒、姑嫂、姐妹同縊同亡者比比皆是。
革命軍來到蘇北，不僅要打垮江北大營，還要控制廣大鄉村，消除捻軍、團練對基層鄉村的影響力。
按照楊烜的指示，楊田將率領步兵一師，繼續進攻徐州，佔領整個蘇北，並在蘇北建立牢固的基層政權。
對於如何肅清蘇北，楊烜要求革命軍堅持以下原則：
一、堅決收編捻軍、地主團練、太平軍。
中華帝國治下，只能存在一支武裝力量，那就是革命軍。步一師奪佔江北後，不管是捻軍、清軍、太平軍、團練，包括天地會、白蓮教、漕幫等其他秘密會黨，要麼解散為民，要麼接受收編，決不允許單獨存在。
為了保證革命軍的純正性，收編其他武裝必須是徹底的、不留任何餘地的。若有不從，則以敵軍處之。
在軍隊問題上，態度必須堅決，必須旗幟鮮明，具體實施起來，則要講究方式方法。
二、要循序漸進。
江北變亂為時已久，要想平復江北，難以一蹴而就。因此，楊烜強調，態度要鮮明，步驟要秩序漸進，不能激起大變。
具體來說，就是要集中精力肅清蘇北，暫不涉足皖北。皖北的情況比蘇北複雜，捻軍主力也集中在皖北。
預計革命軍佔領蘇北後，大量捻軍、團練將逃往皖北。太平軍在皖北有一支大軍，由䂊王胡以晄率領。胡以晄已經接受革命軍改編，將負責對付皖北的捻軍。
同時，要下大力氣治理淮河，興修水利，減少水患，恢復農業生產。
三、要區別對待。
捻軍派系林立，要區別對待。
張洛行、龔得樹都是講信義、知廉恥的好漢。兩人抗清意志堅決，沒有什麼門戶之見，贊同革命軍的主張。自1854年底開始，兩人便大力支持革命軍，率軍渡過淮河，與革命軍並肩戰鬥。
張洛行、龔得樹是革命軍的朋友，主動懇求革命軍派代表指導工作。對於他們這些人，革命軍要採取親近態度，極力籠絡，爭取收編他們。
苗沛霖、李昭壽都是些見利忘義之徒，企圖割據一方，做個土皇帝。他們對自己的地盤控制較嚴，頑冥不化，首鼠兩端，必須堅決打擊之。
除此之外，還有大量的中間分子。他們大多受到裹挾，只想保住眼前的利益，沒有太大的野心，應儘量爭取改編他們。
四、武力支援土改。
歷史上，清廷先後調集曾國藩、左宗棠、李鴻章三個大員平復捻軍。他們使用過查圩、保甲連坐、河防等方法堅壁清野，孤立捻軍，也給北方經濟社會帶來了極大的破壞。
革命軍肅清蘇北，關鍵在於贏得百姓支援。要想贏得百姓支援，關鍵在於均田。老百姓得到捻軍的保護，故擁護捻軍。要想爭取民心，就得靠均田，授予老百姓土地。
土改是解決晚清社會矛盾的金鑰匙，也是革命軍在江北建立政權的重要舉措。為此，革命軍要以武力為後盾，堅決推行均田。