貴縣木梓墟本是一處不大的商鎮，位於武思江下游，廣西潯州府、廣東廉州府交界處。兩省交界的地方，官府統治往往比較薄弱。黑旗軍選擇在木梓墟駐營休整，起先並未引起官府的注意。
和廣西其他商鎮一樣，木梓墟的商業多由來人壟斷。去年貴縣大墟地區發生來土大械鬥，木梓墟雖然遠離大墟，當地來人也都人心惶惶。
馮可欽率領黑旗軍來到木梓墟，對外宣稱是械鬥中戰敗的來人，受到當地來人歡迎。官府正忙著鎮壓太平軍，只派了少量團練前往木梓墟，監視馮可欽部黑旗軍。
馮可欽麾下有一千八百多名黑旗軍、四千多名來人新兵，得以從容不迫地訓練新兵、編練部隊。
楊烜、羅大綱、石達開三部人馬攜手抵達木梓墟，與馮可欽會回。此時的黑旗軍人馬已經接近一萬五千人，楊烜立馬開始大刀闊斧地整編部隊。
其要點有：
一、擴大編制。
黑旗軍由陸師、水師組成，均為師級單位。
陸師人馬有一萬一千人，編為步兵一團、步兵二團、步兵三團、步兵四團，另設炮兵營、騎兵營、偵察營、工兵營、輜重營、警衛連、通信連等直屬部隊。
陸師、水師首長稱司令，馮可欽為司令，陳虹為參謀長。陳虹原為黑旗軍二營長，在三個營長中能力最強，戰功最大。
步兵團是陸師的主力部隊，可以單獨執行任務。步兵一團團長為楊田，二團團長為楊國瑞，三團團長為張運賢，四團團長為石達開。
大致上，一、二、三團由原先的步兵一營、二營、三營擴編而成。二營長陳虹升任陸師參謀長，二團團長改由偵察科長毛人傑擔任。四團則為新成立的部隊，由石達開擔任團長。
水師以羅大綱為司令，陸雨晨為參謀長。
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水師下設三個支隊：一支隊主水戰，支隊長為張墨；二支隊主登陸作戰，支隊長為陸順德；三支隊主水上運輸，支隊長為黃濤。
二支隊原支隊長蘇三娘改為負責管理黑旗軍家眷，支隊長之職由陸順德繼任。陸順德追隨羅大綱多年，是羅大綱的心腹愛將。
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二、完善指揮系統。
司令部制度是黑旗軍的獨創，也是黑旗軍戰鬥力提升的重要保證。
華夏傳統，部隊通常設定營務處、糧臺。黑旗軍司令部的參謀處、後勤處便類似於營務處、糧臺，相當於參謀機關、後勤機關，一個負責指揮打仗，一個負責後勤補給。
為保證軍隊領導權的集中統一，楊烜在參謀機關、後勤機關之外，增設一個軍政機關，稱之為軍政處。軍政處主要擔負宣傳、教育、監察、人事、獎懲、防奸、保密等職能。
黑旗軍在師、團兩級設立司令部，下轄參謀處、軍政處、後勤處三大機關。陸師、水師以上，設立總司令部，下設參謀部、軍政部、後勤部三大機關。
總司令部是黑旗軍的最高領導機關，首長稱總司令。毋庸置疑，楊烜為總司令，薛昊仍為副總司令。陸師司令馮可欽兼任參謀部部長，楊烜兼任軍政部部長，薛昊兼任後勤部部長。
參謀部堪稱是總司令部的核心部門，下設作戰處、偵察處、測繪處、火力處、通信處、機要處等下屬部門。
軍政部排序在參謀部之後，下設人事處、敵工處、紀檢處、保衛處等部門。敵工處顧名思義，主管對敵工作，包括處置俘虜、策反敵人、情報獲取等。
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軍政部敵工處與參謀部偵察處工作職能上存在重疊，這也是楊烜有意為之。搞情報工作，權力容易失控，進而反噬母體，故而需要分權。
另外，情報工作極其重要，惹有疏忽，關乎戰局成敗。同時設定偵察處、敵工處，可以形成某種程度的競爭、查漏補缺，完善情報工作。
大體上，參謀部偵察處主要側重於軍事偵察，尤其重視交戰前線的偵察。軍政部敵工處主要負責策反敵人、處置戰俘、防範間諜、肅清內奸等工作。
就職權上講，敵工處的權力明顯大於偵察處。
後勤處除了負責保障軍餉、糧草、彈藥，還要負責打造軍械、鑄造火炮、製作火藥、修理戰船等工作。相比參謀處、軍政處，後勤處的人員更為龐雜，工作更為具體。
除了參謀、軍政、後勤三大機關，總司令部還下設很多直屬單位，比較重要的有辦公廳、近衛營、軍法處、憲兵隊、講武堂、教導隊等。
辦公廳是總司令部的協調機關，對總司令負責。但凡召集開會、確定總司令行程等工作，多由辦公廳承辦。
近衛營編制五百人，負責保衛總司令部，位置極為緊要，首任營長為楊烜親信徐作新。
軍法處負責制訂軍事條例、審判重大軍事案件等工作。
憲兵隊負責維持軍紀，執行軍法處的裁決。
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講武堂負責研究軍事理論，培訓正營級以上軍官，相當於黑旗軍的軍校，側重於戰略教學。楊烜親自負責講武堂的工作。
教導隊專門負責輪訓副營級以下軍官，側重於戰術教學。
師、團一級司令部，參照總司令部設定，但機構、人員更為精簡。
三、實行官兵平等。
官兵平等包括政治上、經濟上的平等，軍官愛護士兵、士兵尊重軍官，團結互助，同甘共苦，增強軍隊凝聚力。
鑑於黑旗軍隊伍壯大，餉銀耗費大，楊烜決定進一步壓縮津貼。普通士兵津貼不變，仍為每月一兩銀子。班長以上骨幹，津貼在原有基礎上減少。楊烜為總司令，餉銀最高，為二兩銀子。
這樣一來，從士兵到最高統帥，津貼變化不大，官兵在經濟上趨於平等。士兵津貼一兩銀子，與最普通的綠營兵相當。
但黑旗軍的伙食、衣服等費用都由公費開支，官兵家眷也都由後勤部統一供養。官兵的津貼成了純收入，實際收入比綠營士兵略高一些。
除了津貼，黑旗軍軍官在衣、食、住、行上都與士兵保持一致。士兵吃什麼，軍官就吃什麼。行軍宿營，軍官與士兵一樣擠在大通鋪裡。所有人不得乘轎，不得吸食鴉片。
黑旗軍官兵在政治上也是平等的。軍官不得打罵體罰士兵，上級軍官對下級軍官亦不能打罵體罰。官兵犯有錯誤，主要透過兩種途徑制裁：
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情節嚴重的，軍法論處。犯多大的錯，治多大的罪，由軍法處獨立裁判；情節較輕的，批評教育。上級不能徇私包庇下級，下級亦不及誣告上級，凡事以軍法為準繩。
士兵有功，可以提拔為士官，士官可以逐級晉升為士官長。士官長輔助連長、營長管理部隊，在基層部隊有著不容忽視的影響力。
特別優秀的士兵，可以破格提拔為軍官。譬如李秀成的侄子李世賢，才加入黑旗軍不久，卻因表現優異，被提拔為排長。
士兵提升為軍官，通常離開原來的連隊，到其他營連任職。李世賢原是近衛連的戰士，超拔為排長後，到步兵一團任職。
四、發揚軍事民主。
華夏傳統軍隊，通常由主帥獨斷專行。這可以提高工作效率，卻不利於集思廣益。主帥一旦犯錯，輕則損兵折將，重則危及戰局。此外，主帥專斷，容易把持兵權，尾大不掉。
清朝為了把控兵權，通常由中樞簡派欽差大臣，從各省抽調軍隊，交由欽差大臣臨時指揮。皇帝透過軍機處，遙控戰局。
這種指揮體制已經完全落伍，早在第一次鴉片戰爭中便暴露出無數弊端。太平軍興，清廷不思進取，仍然沿用這種落後的指揮體制。
楊烜創造了司令部制度，完善了指揮體制。在部隊層面，則充分發揚軍事民主，提高部隊凝聚力。
營、連一級成立軍人委員會，通常由副營長、副連長擔任委員會主任，士官長擔任副主任。軍人委員會定期召開會議，就部隊管理、伙食、戰術等問題展開討論。討論結果不具有執行力，供營長、連長參考。
總司令部，師、團司令部成立執行委員會，簡稱執委會，由總司令、師司令、陸師團長、水師支隊長擔任執行委員會主任。副司令、副團長、副支隊長為執行委員會副主任，參謀機關、軍政機關、後勤機關負責人為委員。
如果說司令部是部隊的領導機關，執委會則相當於司令部的領導機關。但凡部隊重大事項，都由執委會討論決定，交由主任簽發。情況緊急時，由主任臨時專斷。
營、連一級參照設立執行委員會，由軍官、士官長組成。
設立執行委員會、軍人委員會，可以在制度層面保證軍事發主。
五、黑旗軍要履行多種職能。
除了行軍打仗，還要組織政府、平均地權、開礦設廠、大辦學校、宣傳教育等。
譬如，黑旗軍攻佔南寧，就要組織軍政府。為了提高效率，政府應由軍隊接管，採取軍政府的形式。
要實行“均田免賦”，就要把地主的土地平分給農民。這就要統計人口，測量土地，設計分地方案。這些工作，也只能由軍隊來承擔。
再譬如，要大辦學校，但一時招募不到許多合格教師，就要組織教學培訓，從軍中選拔教學骨幹，從民間遴選優秀知識分子，把民間知識分子培養成合格教師。